治水除患、興利安民，自古以來就是當政者的大事，南京歷史上有過多次治水的記錄。其中值得一提的是晚清名臣左宗棠在南京的治水事蹟。
左宗棠
在清代的兩江總督中，左宗棠（1812-1885）是任職時間較短的一位。從光緒七年十二月二十二日（1882年2月10日）在南京正式接印，到光緒十年三月十三日（1884年4月8日）交印給繼任者曾國荃，只有兩年零兩個月的時間。而這位年已七旬、身患疾病的老將卻在海防、鹽務、水利、礦業以及文化建設上都做了諸多實事。
對江南的水利建設，他在給朝廷的《病勢增劇懇恩開缺回籍折》中表示：“此次蒞任江南，慚無報稱，惟農田水利一事躬親相度。”因此，他一上任便設立水利局，並巡視各地，察看水道，瞭解災情，統籌規劃。他運用長期治理西北的經驗，依靠部隊，在南京地區建成赤山湖、朱家山河、通濟閘等一批在當時可說是大型的水利工程。
首戰赤山湖
赤山湖位於秦淮河東邊源頭句容河的上游，主要匯積茅山、浮山、虯山等下來的諸水，緩衝夏季的山洪，歷史上灌溉農田曾達萬頃。由於年長日久，水土流失，湖床淤墊，加上週邊不斷地圍墾造田，湖面越來越小。據相關資料，三國孫吳開挖的赤山湖周長在120裡以上，到明代縮為60裡，晚清時僅有40裡。湖身縮小，容量銳減，每年夏季難以蓄存暴發的山洪，造成下游圩堤潰決，農田受淹，高淳、江寧諸縣均受其害，上游也因水流不暢，積澇成災，成為當時一大水患。
赤山湖溼地
據《南京水利志》等書所記，光緒八年十月，左宗棠在親自踏勘後，決心整治赤山湖水道。由於當時缺少經費，百姓又民窮力困，他毅然決定調動駐防的湘軍和淮軍共五千餘人，承擔疏浚河道、挑挖土方等任務。歷時一年四個月，將淤塞的新舊水道逐段疏通，“計長二十里有餘，均一律挑浚深通，圩堤加高培寬，捶築堅固，沿埂栽種桑秧以護堤而興利，其下游之三汊族業經開浚，再行接挑秦淮河道，以暢其流。又修建陳家邊閘及陳家村木橋各一座。”整個赤山湖水利工程共用銀二萬八千四百餘兩。
大戰朱家山
滁河是南京長江北岸的一條重要河流，它承收安徽滁州、來安、全椒地區下注的山水以及定遠、合肥等地的部分來水，繞六合二百餘里而通向長江。由於缺少分洪渠道，每當山洪陡發、大量山水經支流驟至之際，本就彎曲狹窄紆緩的滁河又受長江大潮的頂託，難以及時洩洪，常常造成洪災，致使滁州地區和江浦、六合兩縣的數十萬頃的圩田悉成澤國，百姓深受其苦。從明代中期開始，就有開挖朱家山河分洩滁河洪峰的議論，但直到晚清，終因權勢之爭、工費艱鉅，尤其是朱家山岩石堅硬難以開挖而成為紙上談兵。
朱家山河
左宗棠經過調查訪問，決定開挖朱家山河，這是在浦口地區為滁河開鑿一條通達長江的分洪工程。上自滁河張家堡起，經板橋，穿過朱家山，至浦口南門出老江口進入長江。這朱家山“山石高數十丈，橫亙十餘里”，左宗棠一面奏準朝廷動用“鹽票”積款十七萬七千八百多兩白銀為工程費用；一面派舊部王德榜專攻朱家山；同時調派十一個營的兵力用於河工。王德榜所率的清兵曾是整治北京永定河的主力，他們依照以往的經驗，鑿石穿孔，充填火藥，引信爆破，層層轟炸，終於打通朱家山。不到兩年，朱家山河開挖完成，共挑土331萬立方米，運石近26萬立方米，對滁河中下游流域的旱季引水、雨季洩洪起到了很好的作用。
苦戰通濟閘
源自句容和溧水的秦淮河，流至南京通濟門外九龍橋處分為兩支，一支（旁支）沿明城壕向南，經長幹橋，至賽虹橋又分兩支，分別沿石頭城經三汊河入江和過江東橋經北河口入江，稱為外秦淮；一支（正支）由東水關入城，穿過市區南部，與珍珠河、青溪諸水匯流，出西水關與外秦淮河複合，稱為內秦淮，也就是人們常說的“十里秦淮”。
東水關閘口舊影
從明末開始，內秦淮河就日見淤積，隨著沿岸人居增多，插樁建屋，侵佔河道，拋撒垃圾，河身變窄，水流不暢，水患頻發；清代康熙、嘉慶年間都曾清淤整治，但收效甚微。至光緒年間已嚴重淤塞，春夏水漲，氾濫成災，秋冬水涸，舟楫不通；更有甚者河水被高度汙染，穢濁不堪，難以飲用。在左宗棠之前，當政者曾多次商議疏通，均未有結果。
秦淮河東水關
光緒八年十月，左宗棠又一次動用兵力，疏浚河道，他接受候補道員王詩正的建議，在通濟門外中和橋下築建石閘，秋冬季節閉閘蓄水；同時修復東、西兩水關的閘板，相機啟閉。開東水關灌以清流，開西水關以洩濁水，讓內秦淮河水逐漸變清。修建水閘時，正當寒冬，又遇到土質鬆軟，必須加打木樁。他在《新建通濟門外石閘碑記》中寫道： “樁深至二尺餘，鱗次密排，始能築石。又兼天雨不時，諸將士日事畚掘（盛土和抬土的工具），經營於烈風淫雨之中，勞瘁週一寒暑，至九年十二月而閘工始成。命曰：‘通濟閘’。”新建的通濟閘長二十四丈，寬三丈六尺，高二丈六尺。有閘門五道，上面建屋五間，派專人掌管。“於是水源以清，又無礙舟楫，人稱便焉。總計工料所需為銀四萬數千兩。”
除以上三大工程外，左宗棠還在金川門修建了調控金川河的水閘，整治門內外河道；並在位於龍潭鎮的江中帶子洲上開溝、架橋、築堤、建閘，惠及一方民眾。
對左宗棠在南京治水除患一事，《秦淮感舊集》有這樣的記述和評論：“左太保（指左宗棠）駐節金陵時，曾通青溪秦淮之利。上元秦伯虞（即秦繼唐，上元縣人）稱為數百年封疆大吏，所徬徨瞻顧、屢舉屢輟、有志而未逮（及）者，公則毅然為之。排浮言，考故道，於費無所惜，於力無所靳（吝嗇）。規復秦淮之景者曾太傅，規復秦淮之水道者左太保也。”文中所謂“規復秦淮之景”，是指清軍攻佔南京後，曾國藩為振興經濟，恢復秦淮畫舫、不禁歌伎之事。
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