气通督的过程中，意念的使用有两大阶段，在大椎以下时，意念主要是处在内气的后面起一个督导和推动的作用。当内气的主流过了大椎穴以后，已经不用再担心它会下降消散了，这时就将意念收回到泥丸，对玉枕到大椎这一线正在腾腾上升的内气起一个微微招摄的意思，这样，内气就会像驾“牛车”一样奋猛而上。
内气到达泥丸之后的功夫，是金丹法与世俗的小周天最大的不同点所在，世俗的小周天往往是内气从百会一冲而过，只是接通了一个任督二脉而已，但是金丹法中的小周天，内气运行至此，要进行一个重要的工作就是完成乾坤交，也就是用内气之“阳”去化泥丸之“阴” 。这是具有决定性意义的一个不同点。
内气开始到达泥丸之时，就如同锅炉房烧的热腾腾的水蒸气经过一个管道（相当于督脉）后，往一个空旷的空间（就是泥丸）里放，使泥丸宫里如同充满了云雾一样。此时人则有一种昏昏然、飘飘然，似醉非醉的感觉。这时要注意观察气入泥丸的情势，总的口诀是要等待内气全部进入泥丸之后（一般应该是督脉中不再有内气往泥丸宫里注入的感觉） ，就要行“入混沌”之法，口诀是“入泥丸，虚对空；不净明，不放松” 。也就是将整个的明神真意完全地化合于泥丸的内气之中，也就是在泥丸宫行神气合一之法。这一过程在丹法中称为“以汞投铅” 、 “铅汞混合” 、 “性命相合”等。实际的作用是用阴神（一般所说的意念）去合阳气（由督脉上行来的内气） ，作用是以阳气之“火”去化去神中之阴。这个过程也叫“乾坤交” ，至此才是人体内真正的真阴真阳的相合。
黄元吉先生对这段的解释为：到得药气已上泥丸，尤当一意不散，一念不起，凝聚精神团于一处，温养片刻，然后脑中阴精化为甘露神水，滴入绛宫，冶炼片时，而后化为金液，归于丹田，温养成珠。此处务须温温铅鼎以行封固可也。然此封固，内想不出，外想不入，人则知之；若泥丸宫内凝聚一时，烹炼成药，人少知也。夫以此个宫内极是清虚玄朗，落于后天，致有渣滓之窒塞，所以其神不清，其心不灵，常不免于昏愦。若能凝聚半晌，则浊气自降，清气自升，常与天地轻清之气相通。苟能久久温养，则清气充而浊气去，不但身体康强，颜色光耀，而金液大还，亦无非由此静养之功积成也。
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