日本城郭最早的起源可以追溯到彌生時代(公元前300年—公元250年)，這時候的日本城郭多以防禦外敵環濠聚落為主。環濠聚落多以二重或者三重以上的壕溝（以幹壕為主）所環繞，同時還搭配由木頭組成的城柵包圍整個聚落，以及較為原始簡易的瞭望臺來偵查敵情（未來戰國城郭櫓的原型）。古代日本多以此類建築來抵禦外敵。
圖1彌生時代的環濠聚落
進入古墳時代（公元250年—公元538年）以後。統治聚落的首領開始發展出自已獨立的居住空間，這就是豪族居館。豪族居館是古墳時代地方豪族居住以及地域的政治統治的遺蹟。這種豪族居館在原本環濠聚落的基礎上，有些勢力較大的豪族在居館之下的土臺的基礎上增加了簡易石頭堆砌起來的最古老的石垣。同時為了防禦，把原本聚落時代壕溝加以擴展，並且引入水源變成護城河。並且增加了城柵的數量，同時在居館的出入口（虎口）的位置出現了最早的馬出防禦結構。
圖2群馬縣群馬町三ッ寺遺跡
譬如在榛名山南山麓的三ッ寺遺跡 ，就建出了壕溝寬30米，四周約為90米的方形居館，其石垣高度為三米。主要部主要劃分為兩個區域，右上部分為生活區域，右下部分則是祭祀用的空間。在居館附近分佈有聚落，遠方則是古墳時代代表性建築豪族古墳。
進入公元7世紀後（601年—700年，飛鳥時代），由於白江口之戰的戰敗，日本開始在百濟流亡將軍的指導之下在九州以及西國等地修築朝鮮式山城以及中國式山城（大陸式山城）。朝鮮式山城多建在同時源於中原的版築土壘技術也於此時傳入日本,朝鮮山城一般修築在群山之間,核心部分位於山間的盆地或者平原,外圍利用山體並且修築土壘以及石垣結構,在城內會設置有倉庫用來保存軍糧，也會設置軍隊駐紮時需要的屋子，不過由於年代久遠，朝鮮式山城仍舊有很多不明的地方。
圖3太宰府的防禦山城 大野城
中國式山城的建造則是有區別，中國式山城不像朝鮮式山城直接在群山之間修建，而是一般都是在在山體的側面以及靠近山體的平地進行切削以及修築土壘，同時也會在城內設置軍事用的設置，以及儲存軍糧用的矢倉，和朝鮮式山城一樣都是使用山體的傾斜以及海拔高度來輔助防禦。同樣因為年代久遠，對於其構造還有很多不明的地方，有待日後研究發掘。
圖4中國式山城 怡土城
圖5中國式山城和朝鮮式山城的構造區別
從飛鳥時代開始到平安時代（593年—794年）開始，因為受到大陸文化影響，日本開始學習中國建造規劃整一的大都市，作為國家的首都。同時在地方也開始修建地方的統治機構。國府，亦或者叫國衙由此誕生。作為各地令制國的中心。各國國府在構造規劃上都有些許差異，不過大都是方形結構，在正中央的為正殿，並且在其左右配置東脇殿以及西脇殿共同組成，整體構造為門字型，同時設置有迴廊。這就是國府的核心結構也是國司處理地方政務的地方。正殿與之相對的南大門出去後會在周邊設置附屬建築物，比如國司的居館，倉庫等其他設施規劃。同時居民住宅區以及軍隊的住所都分佈於國府周圍。
圖6上野國國府復原圖
同時在天平13年（741年，奈良時代），聖武天皇下達“國分寺建立詔”要求各地國府修建國分寺和國分尼寺。國分寺的構造和國府類似都是方形構造，設置通常是按照南大門，中門，金堂，講堂，北面僧房這樣為一條直線進行設置，中門和中央的金堂呈門字形構造，並且和國府一樣設置有迴廊。
圖7國分寺平面規劃圖
圖8國分寺復原圖
同時在門字形迴廊外會設置有五重或者七重塔，國分寺佔地面積不算小，其中譬如上總國分寺，東西長500米，南北寬600米，可以說是相當巨大的東西。國分寺以及國分尼寺通常都設置於國府附近，因為國府附近人口較多，比較利於寺廟發展。
在公元7世紀至11世紀（飛鳥時代—平安時代）。日本大和朝廷開始朝日本東北地區的越後，陸奧，出羽等地的原住民蝦夷人大規模用兵。為了控制從蝦夷人手中奪得的土地以及鎮守這些地區，同時還要滿足駐軍等需求，城輪柵開始出現在歷史的舞臺上。城輪柵和國府類似，多為正方形構造，但是比起國府，城柵在外圍會設置一圈城牆。這種城牆如果是建在靠近溼地的地方會使用材木塀，而且如果在乾燥的地面則是使用版築。同時在版築或者材木塀上回設置舞臺狀的櫓。在中央會設置政廳，政廳的構造和國府類似。在政廳外會設置有儲存軍糧的倉庫，也會設置軍隊駐紮居住的軍營，以及設置打造武器的工坊還有養馬場等，同時版築土壘或者材木屏會把居民居住的地方也包圍進來，以此保護民眾免受蝦夷人進攻帶來的危險。有些後期的城柵會建在靠近河流的絕壁附近並且會挖設土壘以此提升防禦力。
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圖9多賀城柵，位於中央的政廳，以及分散在內的居民區和役所區
圖10版築城柵，上方設置有舞臺狀的櫓，以此進行瞭望和遠程攻擊敵人
圖11材木塀，通常都是由大型粗木加工後製成
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