结肠镜检查是一个相对比较安全的检查。然而，如同任何医疗干预，它确实有一定的风险和并发症。结肠镜检查后的主要并发症是出血和肠穿孔。单纯的结肠镜检查后，出血的发生是极其罕见的，对于需要结肠镜下治疗的患者，如息肉摘除或活检，出血发生率约为0.3%。对于使用非甾体抗炎药，如阿司匹林、布洛芬和抗凝剂如肝素、华法林的患者结肠镜检查，出血并发症的发生率较高。因此，患者最好停止服阿司匹林和其他非甾体类抗炎药物像布洛芬一周后进行结肠镜检查。息肉切除术后几乎所有的出血都会自行停止，无需进一步治疗，但罕见情况下的持续出血，需要其它干预，如再次结肠镜检查，血管造影，甚至手术治疗。
结肠镜检查导致肠穿孔更是罕见的，发生在只有0.1%。它有两种形式：一种是“微小穿孔”，它是由息肉切除时电灼器过热烧灼所致的，可以通过密切观察，饮食控制，和抗生素应用而治愈，通常不需要手术。另一种是在肠道弯曲严重的地方进行结肠镜下治疗操作时发生的较大穿孔，虽然极为罕见，但一旦发生，需立即手术探查和修补，在严重的情况下，可能需要临时造口。
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