無論是哪個學術領域的大師，他們都信奉兩個字，“自由”。有名的京派學者，汪曾祺先生就曾經說過，自己的聯大生活美好在“自由”。在生化學領域，取得很大成果的聯大院士鄒承魯先生，也說過自由是聯大輝煌的原因所在。有名的歷史學者，何兆武先生也更是對自由二字稱讚不已，他說，自由是學術的生命源泉，而何兆武先生也是聯大人，還在聯大讀過四個不同的專業。這幾位都出身於聯大，而且都是響噹噹的人物，也都對聯大的自由氣氛讚不絕口。
在抗戰的特別時期，清華、北大、南開這三所著名大學組成了西南聯合大學，位於昆明。嗯，一起，但他們並沒有喪失自己原本的風格，他們依然保持著相對的獨立性，有著各自的理念思想以及風氣。所以在外界看來，他們已經聯合成一所學校，但是實際內部裡他們依然保持著三個學校之間的獨立性。從每年發給新老師的聘書來看，就能知道這一點，老師的聘書一共有兩張，一張是聯大發給的，另一張是這三所學校其中的一所發的，至於是哪一所，就得看這個老師是應聘於哪個學校了。
學校合併之前的那些學生們，也依然保留著自己之前的學籍、學號，不做更改，畢業時領的證書也是自己之前大學的證書。老生們的學號開頭，都會用三個不同的字母標註，來區分是哪個學校的學生，字母P代表北大，字母T代表清華，字母N代表南開。而新生則不做這種區分，統一用a字母開頭代表聯大，頒發畢業證書的時候也是西南聯大證書。除此之外，三個學校依然保留著自己原本的學校制度，有自己處事的風格，培養學生的方向也是不相同，具有自己的特色。
西南聯大一共設有五個學院，文、理、工、法商、師範這五個學院。除了工學院是清華的，師範學院是和雲南省教育廳合辦的，其他三個學院都是聯合的。那時候因為教育還不普及，所以那時學生也不多，就算文法理三個學院加起來也只有幾百個學生，教師人數是清華學院佔的比重最大，經費儀器也是清華出資最多，在這三個學院當中，清華算是佔有主導地位。
整個西南聯大的風氣，更多的是受到北大校長蔡元培的影響，主張自由與包容。汪曾祺後來也說過，他當時之所以報考西南聯大，就是因為它的自由風氣。
在聯大的學者教授，上課前不用準備教綱，只要按照自己的心意來即可，想準備什麼材料就準備什麼材料，想講什麼樣的課就講什麼樣的課。這裡的老師都很隨心所欲，劉文典經常遲到30多分鐘，上半年課也就講半篇《海賦》，脾氣上來就罵人，但學生們依然對他推崇萬分，特別喜歡聽他講課。聞一多上課來了興致，就邊抽菸邊跟學生講離騷，學生們也聽得津津有味兒。這樣極大的自由，讓老師和學生都不再受到束縛，讓思想充分得到解放，思維活躍起來。
對於學生們來說，也同樣具有自由的權利，想學什麼課程就能學什麼課程，只要修夠學分就夠了，想要轉系去學習也是可以的。而且在這裡，學生的地位和老師是相同的，在學術上面有疑問，學生也可以跟老師有爭議，當時有個姓熊的學生就和老師周培源就爭的十分激動，但也不會有人認為這樣有什麼。而且也沒有什麼人數不夠，就不能開課這一規定，只要有一個學生來聽課，那麼老師就必須開課。當時金嶽霖有一門課，來聽的學生就很少，整個課堂有時候就他和弟子王浩二人，這樣反而讓王浩學得更好了，王浩後來只花了一年多時間就拿到哈佛博士學位。
抗戰時期十分追求實用性，所以甚至想要將聯大的文學科給拿掉，但是聯大認為文化課極為重要，要真正的使讓學生得到教育，那麼人文課是一定要上。
雖然聯大的自由氣氛濃重，但是並不代表會放任學生，給你自由並不是要你放縱自己，學校對學生的要求還是很高的，考試都是接連不斷，容不得任何人有渾水摸魚的現象。要知道，每年能考上聯大的有8000多人，但是最後能夠畢業的只有3000多。
聯大能夠真正的做到求同存異，抱有不同主義的人，大家也可以和平共處，整個學校的氣氛自由而且寬容。
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