最新进展:西湖大学率先用冷冻电镜解析出新冠病毒细胞受体ACE2的完整空间结构

上周日,美国德克萨斯大学奥斯汀分校的研究团队,利用冷冻电镜技术,在全球范围内首次解析了新型冠状病毒的S蛋白结构

他们还发现ACE2蛋白与新型冠状病毒的亲和力竟是SARS病毒的10到20倍。这在一定程度上揭示了新冠病毒具备很强传染性的原因。给新冠肺炎的防治,贡献了来自基础科研领域的力量。

咱们国家有句老话叫,“知己知彼,百战百胜”。遗憾的是,我们现在虽然知道了新冠肺炎的S蛋白长啥样,但是竟然还不知道我们细胞表面被新冠病毒劫持的ACE2蛋白究竟长啥样。

好消息是,就在今天凌晨,西湖大学周强实验室利用冷冻电镜技术成功解析ACE2的完整结构。这也是全球范围内首次解析出ACE2的完整结构。这项研究成果今天凌晨发表在预印版平台bioRxiv上,论文第一作者是西湖大学生命科学学院博士后鄢仁鸿。

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从左到右:鄢仁鸿和周强(图源:西湖大学)

我们都知道,在新冠肺炎疫情爆发之后没多久,中国科学院上海巴斯德研究所[2]和武汉病毒研究所[3]的科学家先后分别发现:新型冠状病毒和SARS病毒一样,也是通过利用S蛋白结合人体细胞表面的ACE2蛋白进入细胞的

从那之后,新冠病毒的S蛋白和我们细胞表面的ACE2成为科学家们的研究重点。这才有了德克萨斯大学奥斯汀分校和西湖大学的研究成果。

实际上,ACE2这个蛋白并不是什么新发现。它的中文名字叫血管紧张素转化酶2,主要功能是促进血管紧张素(一种控制血管收缩和血压的激素)的形成,广泛存在于肺、心脏、肾脏和肠道等的细胞表面[4-6]。

完整ACE2蛋白包括两部分,一部分在细胞外面,科学家把它称作PD;另一部分在细胞里面,科学家把它叫做CLD,这个CLD有部分穿插在细胞膜里面

被新冠病毒和SARS病毒劫持的就是ACE2摆在细胞外的PD那部分

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新冠病毒图(图源:NIAID-RML)

因为SARS病毒进入细胞也需要“抓住”ACE2留在细胞外面的部分,因此,很早之前就有科学家研究过ACE2的PD部分结构,甚至还分析了SARS的S蛋白如何与PD结合的[7-10]。

不过,之前的研究都是把ACE2的PD部分单独拿出来研究的,压根儿不知道ACE2整体怎么与病毒的S蛋白相互作用的

基于以上的研究背景,周强实验室发起了对ACE2完整结构的紧急攻关。

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ACE2-B0AT1复合物的冷冻电镜密度图

不过,要想研究完整的ACE2还真不容易,因为ACE2是个跨膜蛋白,很难在体外获得稳定结构。

于是周强和鄢仁鸿查阅了大量的文献资料,发现一个叫做B0AT1的氨基酸转运蛋白,极有可能稳住ACE2[11]。

没成想,把ACE2和B0AT1在HEK293F细胞中共表达,真的获得了优质稳定的复合物。

于是,他们基于西湖大学的冷冻电镜平台成功解析了ACE2和B0AT1复合体的三维结构,分辨率达到2.9埃(埃:0.1纳米),细胞外面那个识别病毒的PD部分的分辨率达到2.7埃

经过一番分析,周强等发现,这个ACE2原来是以二聚体的形式存在,也就是说两个ACE2抱在一起,而且用来稳定ACE2的B

0AT1不参与ACE2的二聚化。这个现象,之前只研究ACE2的胞外部分是发现不了的。

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上图是两个ACE2蛋白聚合在一起,很像一双挥动的拳头

那么冠状病毒的S蛋白三聚体究竟是如何与ACE2二聚体结合的呢?

周强团队用SARS病毒的S蛋白做了一番研究。结果再次刷新认知,ACE2二聚体摆在细胞外面的两个PD,分别可以与一个S蛋白的三聚体结合。也就是说,一个ACE2二聚体,结合了两个S蛋白的三聚体。

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ACE2的两个PD部分与两个S蛋白三聚体结合

研究人员认为,S蛋白三聚体与ACE2二聚体的这种结合方式,可能对细胞膜内陷和病毒颗粒的内吞有非常重要的作用

这次研究与之前相比,还有一个新发现。由于之前研究ACE2的胞外PD部分是在昆虫细胞中表达的,所以不能反映ACE2的PD部分糖基化情况

这一回他们是在哺乳动物细胞内表达的ACE2,

在PD部分的表面发现了更多的糖基化位点(多了4个)。可别小看了糖基化修饰,这些细小的变化极有可能会影响S蛋白和ACE2之间的结合。

前不久,中科院病毒所和军事科学院军事医学研究院的研究人员发现,抗疟疾和治疗自身免疫性疾病的磷酸氯喹(Chloroquine),能在体外有效抑制新型冠状病毒[12]。早就有研究表明,氯喹可以干扰ACE2的末端糖基化[13]。当然,氯喹会不会通过这个机制干扰ACE2和S蛋白的结合,还有待进一步研究。

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新冠病毒图(图源:NIAID-RML)

此外,周强团队还有个重要的发现:虽然B0AT1不参与ACE2的二聚化(也就是说,在体内的情况下,即使没有B0AT1的存在,ACE2也是可以二聚化的),但是B0AT1的存在会影响跨膜丝氨酸蛋白酶2(TMPRSS2)对ACE2的切割。

为什么说这个研究很重要呢?因为TMPRSS2对ACE2的切割,可以增强病毒进入细胞的效率[14]。现在你应该明白了吧,如果表达ACE2的细胞同时表达B0AT1的话,病毒进入细胞的效率可能会因此大打折扣。

那哪些细胞表达B0AT1呢?肾脏和肠道的B0AT1表达水平高,而肺部细胞B0AT1的表达水平就非常低,甚至是没有表达。

那么这个发现是不是就解释了新冠病毒主要感染肺呢?这需要科学家进一步去探索。

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ACE2的结构(旋转着看)

“总体而言,ACE2全长结构的解析,将有助于理解冠状病毒进入靶细胞的结构基础和功能特征,对发现和优化阻断进入细胞的抑制剂有重要作用”,清华大学全球健康与传染病研究中心主任张林琦教授说[15]。

[1].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.17.951848v1

[2].http://engine.scichina.com/doi/10.1007/s11427-020-1637-5?slug=abstract

[3].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v2

[4].Donoghue M, Hsieh F, Baronas E, et al. A Novel Angiotensin-Converting Enzyme–Related Carboxypeptidase (ACE2) Converts Angiotensin I to Angiotensin 1-9[J]. Circulation Research, 2000, 87(5).

[5].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927806v1

[6].Zhao Y, Zhao Z, Wang Y, et al. Single-cell RNA expression profiling of ACE2, the putative receptor of Wuhan 2019-nCov[J]. bioRxiv, 2020.

[7].Li F, Li W, Farzan M, et al. Structure of SARS Coronavirus Spike Receptor-Binding Domain Complexed with Receptor[J]. Science, 2005, 309(5742): 1864-1868.

[8].Towler P, Staker B L, Prasad S G, et al. ACE2 X-ray structures reveal a large hinge-bending motion important for inhibitor binding and catalysis.[J]. Journal of Biological Chemistry, 2004, 279(17): 17996-18007.

[9].Song W, Gui M, Wang X, et al. Cryo-EM structure of the SARS coronavirus spike glycoprotein in complex with its host cell receptor ACE2.[J]. PLOS Pathogens, 2018, 14(8).

[10].Kirchdoerfer R N, Wang N, Pallesen J, et al. Receptor binding and proteolysis do not induce large conformational changes in the SARS-CoV spike[J]. bioRxiv, 2018.

[11].https://www.fasebj.org/doi/10.1096/fj.08-107300

[12].https://www.nature.com/articles/s41422-020-0282-0

[13].https://virologyj.biomedcentral.com/articles/10.1186/1743-422X-2-69

[14].https://jvi.asm.org/content/88/2/1293.long

[15].https://www.westlake.edu.cn/info/1017/4353.htm

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本文作者丨BioTalker

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