明朝末年正值中國歷史的小冰期時代，而此時的明朝也處於內憂外患的時期，內部流寇肆虐加上災荒徭役，百姓苦不堪言。被誤殺餓死的百姓數不勝數，使得遍地遺骸，寥無人境。隨處可見的殘骸使得對於衛生沒有具體概念的古人而言就是災禍。而在明朝經濟重心的江南“鼠疫”施虐，稻苗被老鼠盡數糟蹋。天啟年間還多次發生大地震，“鼠疫”逐漸遍及全國，使得瘟疫盛行，十室九空，造成大批人員死亡。
而當時對於瘟疫的醫治措施多是一般治療外感病的方法或是治療傷寒的方法，這些治療方法往往無法有效的治療，有的還會導致疫情更快的擴散，進一步向病情的危險階段發展。 在這從背景下姑蘇人吳有性開始潛心專研，加上他又親歷幾乎每次疫情，所以在不斷的總結中，提出了一套新的對於瘟疫的認識。
《大明劫》吳有性劇照
他並認為瘟疫並非是風寒，暑熱所致，而是由天地間存在的一種異氣感人所致，與傷寒暑熱之病絕非一類，不論從病因，病機到診斷，治療均與傷寒暑熱之病分開而論。此後他又深入的總結分析，多次進行醫學實踐，結合自己的經驗，總於在崇禎15年（1642年）60歲高齡寫成《瘟疫論》（又稱《溫疫論》）。《瘟疫論》一書首次提出了當時對傳染病的稱呼疫病的病因是非其時而有其氣，認為傷寒等病是由於感受天地之常氣而致病，而疫病則是感天地之疫氣致病，將瘟疫與其他熱性病區別開來，從而使傳染病病因突破了前人所說的六氣學說的束縛。是我國第一次建立了以機體抗病功能不良，感染戾氣為發病原因的新論點。還提出戾氣的傳染途徑是通過空氣與肢體之間的接觸，由口鼻進入體內而致病。《溫疫論》也十分重視人身體抵抗力的重要性。該書認為:人體內正氣充滿，而邪不可入，身體的抵抗力強，則雖有接觸傳染的可能，但不大會發病。如果本氣適逢虧欠，在呼吸之間，外邪因而乘之，身體的抵抗力降低，又受到了傳染，則很大可能會發病。
《溫疫論》一書作為我國第一部治療傳染病的專著的貢獻是很大的。直至今天，我國應用溫病學說的理、法、方、藥治療一些傳染病，如流行性乙型腦炎、流行性感冒、麻疹、猩紅熱、痢疾等急性傳染病的治療，很多地方就是繼承和發揚了《溫疫論》的理論和經驗。
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