枯草芽孢桿菌是一種生物製劑，對作物、對土壤都有很好的生長調節作用，基本是多功能的，重要的是它的使用效果是累加的，是單純的肥料或激素達不到的。
研究表明枯草芽孢桿菌對改善土壤、提高農作物品質有以下7種作用。
1、抗生作用：是指抗微生物通過產生代謝產物，在低濃度下，就能夠對病原微生物的生長和代謝產生抑制作用，從而來影響病原微生物的生存和活動。
2、溶菌作用：主要表現在是通過吸附在病原菌的菌絲上，並隨著菌絲生長而生長，而後產生溶菌物質造成原生質洩露，使得菌絲體斷裂。
3、誘導植物產生抗性及促進植物生長：指枯草芽孢桿菌不但能夠抑制植物病原菌，而且還能夠誘發植物自身抗病機制，從而增強植物的抗病性能的作用。
其中以枯草芽孢桿菌的抗逆性最強、功能最多、適應性最廣、效果最穩定。枯草芽孢桿菌能夠產生類似細胞分裂素、植物生長激素的物質，促進植物的生長使植物抵抗病原菌的侵害。
4、保護環境：枯草芽孢桿菌大量應用於生物肥料。當作用於作物或土壤時，能夠在作物根際或體內定殖，並起到特定肥料效應。
目前，微生物肥料在培肥地力，提高化肥利用率，抑制農作物對硝態氮、重金屬、農藥的吸收，淨化和修復土壤，降低農作物病害發生，促進農作物秸稈和城市垃圾的腐熟利用。提高農作物產品品質和食品安全等方面表現出了不可替代的作用。
5、枯草芽孢桿菌對土壤微生物的呼吸強度的影響：土壤呼吸強度作為土壤生物活性指標之一，能夠在一定程度上反應土壤營養物的轉化和供應能力，其呼吸速率變化及變化方向也反應了生態系統對脅迫的敏感程度和響應模式，是環境安全評價的一項重要指標。
當土壤受到外來汙染物汙染時，微生物為了維持生存可能需要更多的能量，而使土壤微生物的代謝活性發生不同程度的響應。
研究表明各質量分數處理的枯草芽孢桿菌均表現為對土壤呼吸作用的刺激效應，並且土壤中枯草芽孢桿菌質量分數越大，對土壤呼吸強度的刺激作用越大，即刺激強度和施藥質量分數呈正相關。
6、枯草芽孢桿菌對土壤脲酶活性的影響：應用土壤酶作為監測指標，評價農藥的生態毒理效應已成為環境科學領域的研究熱點之一。
而脲酶屬於土壤中研究得比較深入的一種水解酶類，是惟一對尿素在土壤中轉化及尿素利用率有重大影響的酶。
尿素施人土壤後，在脲酶的催化作用下，迅速分解成二氧化碳和氨，所以土壤脲酶活性的降低，不僅可使尿素水解減緩，令其水解產物更多地被土壤吸附而有效減少尿素水解產物氨的揮發損失，也可能相應減少水解產物NH硝化作用潛勢。
7、枯草芽孢桿菌對鹽鹼地的改良：土壤內鹽分積累的危害 土壤結構黏滯，通氣性差，容重高，土溫上升，好氣性微生物活動差，養分釋放慢，滲透係數低，毛細作用強等，導致表層土壤鹽漬化進一步加劇，造成土壤冷、硬、板現象。
一般說來，當土壤表層或亞表層中的水溶性鹽類累積累超過0.1％，或土壤鹼化層的鹼化度超過5％，就屬於鹽漬土。
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