《傷寒論》的治療原則，總的說來，不外祛邪和扶正兩個方面，而且始終貫串著“扶陽氣”、“存陰液”和“調整陰陽”的基本精神，以達到邪去正安，陰陽平衡的目的。此外，在病情錯綜複雜，表裡證混同出現的情況下，還府根據隨證施治的精神，權衡病情的表裡先後和輕重緩急，制定出先表后里、先裡後襲，或表裡同治之法。
扶正祛邪六經病的產生均是在正氣不足的前提下因感受外邪而引起的，“邪之所湊，其氣必虛”，因而六經病的治療自始自終圍繞著扶助正氣，驅遂病邪這個基本原則。所謂扶助正氣是指扶陽氣和存陰液兩個方面，陽氣是指機體正常的生理活動機能，陰液則是維持機體活動的物質基礎，它們共同維護生命、保持機體的健康。正氣旺盛，就能抵禦外邪。因此說，扶正就是調動人體抗禦病邪的能力，以消除病理上的損害。祛邪則是藉助藥物力量，將引起致病的外邪通過一定的途徑驅除出去。扶正是為了有效的祛邪，祛邪是為恢復健康創造條件。
調整陰陽祖國醫學認為陰陽平衡的失調是引起病理改變的重要原因，因此調整陰陽就成了治療上的重要原則。如《素問·至真要大論》說：“謹察陰陽所在而讕之，以平為期。”其具體方法主要包括扶陽抑陰和存陰制陽。在六經病中，凡陰盛陽虛的病證，治療時都應該用“扶陽抑陰”的方法。如陰證，寒證多以陽氣的盛衰和存亡來決定病勢的進退和吉凶，因此在治療上時劉都要注意固護陽氣。《傷寒論》中的理中湯，四逆湯、白通湯、附子湯、真武湯等方劑，都是為扶陽、回陽、抑制陰寒之邪而設。相反對於陽盛陰虛的病證則當採用“存陰制陽”的方法，如在陽熱亢盛的時候，用清熱法時就應考慮保存津液。白虎湯的作用，主要在於清熱、制止陽邪，但目的是保津；承氣湯的作用是通裡攻下，但目的在予存陰。又如少陰熱化證在病理上是陰虛陽亢，治療更是以存陰為主，因為陰液的存亡，對預後吉凶有非常密切的關係。由此可見，扶陽押陰和存陰制陽有同等重要的意義。
表裡先後治則在疾病的形成和發展過程中，各種證候往往混同出現。當表裡同病時，應按表裡證的先後緩急，採取相應的治療措施。一般的說，表熱裡實之證宜先解表後治裡，若先治其裡，必致表邪內陷，則可造成下利、結胸、痞證等變證。而表熱裡虛之證宜先補裡虛，後解表邪，如先後顛倒，不惟表邪不能外解，而且會傷及正氣，使裡虛之證加重，甚至引起亡陽虛脫之變。但在表裡同病，緩急比較均衡的情況下，又應表裡兼治。如太少兩感脈沉、四肢不溫、發熱、無汗，治療上就應使用麻黃附子細辛湯或麻黃附於甘草湯溫裡達表。又如裡有蘊熱，外感風寒，症見惡寒發熱、不汗出而煩躁，則可用大青龍湯解表清裡。
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