兵部、軍機處、內閣，這三個部門的設立時間並不相同。這三個機構最早設立的時間並不相同。兵部起源於魏晉隋唐，內閣設立於明朝，軍機處設立於清朝。所以，要對比這三個部門的地位高低、權力大小，只能把分析時間集中在清朝。
先來說說兵部。清朝兵部沿襲明朝制度，設立於皇太極時期，當時清朝實力增加，八旗原有機構無法適應處理日益複雜的事務，皇太極聽從漢人大臣意見，設六部及相應官員，當時由諸王貝勒兼領事務。
直到順治年間，兵部才設立尚書，並停止諸王貝勒兼任部院事務的慣例。作為全國最高軍事機構，很長一段時間內，兵部所能處理的職權並不固定。
順治年間，朝廷還把京城治安的事務交給兵部負責，直到康熙年間，才又把這些事務劃歸到刑部。而兵部職權也是在不斷調整中，到雍正、乾隆以後，才形成定製。在《光緒會典》中記載，兵部“掌中外武職官之政令”“凡除授封蔭之典，乘載郵傳之制，甄核簡練之方，士籍軍實之數”。
具體來說，就是兵部掌握全國武將人事調動權力，士兵真實數量，調發兵役、頒佈軍律，檢查物資兵器，進行圍獵演習等事務。
從兵部的職權可以看出，這個部門主要執行具體事務，而在決策上，並沒有太大發言權。如果按照過去的規例，朝廷決策權在內閣。清朝內閣起源於明朝，雛形來自皇太極時期的內三院。
當時內三院只是皇帝的秘書機構，不在朝廷正式機構範圍內，也沒有太大權力。順治時期，才將內三院改為內閣。只是當時並不穩定，直到康熙九年，才正式沿為定製。
按《大清會典》記載，內閣“表率百寮”,“掌議天下之政,宣佈絲綸,釐治憲典,總均衡之任。”也就是說，清朝將內閣列為朝廷最高機構，權力範圍極廣，地位極高。
具體而言，內閣可以提出參考意見，供皇帝選擇。對於皇帝的交待下來，允許他們討論的事情，內閣也可以充分討論，甚至提出不同意見。而且，內閣還可以草擬詔書，保管皇帝的印信。
對於其他官員提交的題本，內閣可以直接處理，給出意見，由皇帝批閱。對於奏本，則由內閣遞交皇帝。而且，內閣還要負責科舉監考，以及秋審核定，這兩項都是過去朝廷重要事務的一部分。
如果以地位來說，內閣屬於正一品部門，而兵部只是從一品部門，級別稍低。以朝廷官制來說，內閣甚至高於軍機處。因為軍機處並不在朝廷正式官制中，它在名義上一直是臨時機構。不過，真正掌握朝廷執政實權的還是軍機處。
雍正年間，朝廷為了處理軍務設立軍機處後，便將這個機構一直保留下來。跟過去的內閣相比，軍機處辦事效率更高，也更聽話，而且還不容易洩密。雍正年間的軍機大臣張廷玉，他在辦事的時候，從來不對雍正提反對意見。
出現這種變化，主要是因為軍機處可以幫助清朝皇帝，更好集中權力。而內閣只是一個按照章程辦事的例行機構，兵部作為內閣的下屬機構，自然也是執行機構，而不是決策部門。
乾隆曾經說得很直白：“夫宰相之名，自洪武以後時已廢而不設，其後設置大學士，我朝亦相沿不改。然其職僅票擬旨，非如古秉均執政之宰相也。”
如果說，過去內閣設立時，名義上還能跟皇帝有一絲相抗衡的機會，那麼清朝設立軍機處後，軍機大臣只能跪著秉旨辦事。
但實際上，這三個部門常常是互相打通的，並不是分得那麼清楚。雍正元年開始，內閣大學士兼任部院事務成為慣例。而內閣大學士又常常入選軍機處。
總結而言，兵部、軍機處和內閣這三個衙門，從實際地位來講，兵部權力最小，內閣只是執行日常事務的機構，只有軍機處才能處理國家軍政事務。從名義地位而言，軍機處屬於臨時機構，兵部屬於從一品衙門，內閣屬於正一品衙門，地位最高。
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