歸元禪師由浙江僧人白光、主峰兩位法師於清順治十五年(1658年)興建。系出禪宗曹洞宗，取佛家《楞嚴經》中“歸元無二路，方便有多門”偈語，故名歸元禪寺。經歷明末天下大亂，清初，天下初建，民心未定。歸元寺弘法行善，感化民眾，從此香火日旺，聲名日隆。
至光緒十三年（1887年），光緒皇帝敕賜“歸元禪寺”四字匾額以及《龍藏》一部，由此，歸元禪寺由民間寺院提升至皇家寺院，聲譽地位更盛。
1911年10月10日武昌起義爆發，革命黨人迅速佔領武漢三鎮，成立湖北軍政府，推舉黎元洪為都督，改國號為中華民國，同時，各省革命黨人紛紛起義響應。隨即，清政府迅速組織軍隊鎮壓起義，啟用袁世凱，督辦對武昌起義的“剿撫事宜”。在武漢進行了激烈的“陽夏保衛戰”。據《歸元禪寺志》記載：陽夏保衛戰中，總司令黃興率民軍在漢陽與清軍激戰，將戰時總指揮部及後勤基地設在歸元寺與其南側的昭宗祠內。因而一些殿堂樓閣屢遭清軍炮火轟擊，損失慘重。斯時歸元寺方丈雲巖長老率眾僧人參加民軍，成立“和尚大隊”開赴前線作戰。漢陽失守時，為使大批糧秣不落入清軍之手，革命軍決定點火焚寺，雲巖長老以身殉法。
歸元寺幫助革命黨人抗敵，為“陽夏保衛戰”做出了貢獻，做出了犧牲！
武漢革命精神，民主首義，敢為人先，堅持戰鬥，這種信仰與力量，深入各階層人心，所以武昌起義能夠得到廣大民眾的支持，包括歸元寺僧眾的支持；武漢的首創精神，為國開路，推翻2000多年封建帝制，成立民主政府，約法三權分立。武漢是共和先鋒！
“陽夏保衛戰”在力量懸殊情況下，革命黨人堅持戰鬥，41天！為全國革命局勢的發展發揮了關鍵性作用。牽制清軍主力，全國各省紛紛獨立響應，革命黨各省代表召開會議決議成立民國中央軍政府，黎元洪為軍政府大都督，袁世凱也慢慢獲得清政府內閣總理職權。在各方力量平衡下，最終達成南北停戰協議，開始和談。
1912年，時任民國副總統黎元洪感念歸元寺眾僧相助革命，帶頭捐錢，重建歸元寺，建成後，民國四年（1915年）親書兩款牌匾，“歸元古剎”、“勝大宏闊”，民國十一年（1922年）任大總統後，又親書橫匾“三乘廣運”。
文革期間，紅衛兵運動，破壞寺廟，昌明長老寫信周恩來總理，請求保護歸元古剎，總理回覆明令保護歸元寺。雖然歸元寺大部分建築得到了保護，但是在總理批覆前，還有部分遭到了破壞，其中黎元洪題的牌匾“三乘廣運”就被毀滅了。
現在，“歸元古剎”牌匾懸掛在歸元寺韋馱殿門額，“勝大宏闊”牌匾懸掛在藏經閣門額。
觀黎元洪題字書法，遒勁秀媚，結體嚴密規整，筆法圓熟老辣，字體骨氣勁峭，四角舒展，於平正中又見飄逸之風。
至今“歸元古剎”、“勝大宏闊”牌匾仍在，思考著時代的變遷，召喚著武漢！
黎元洪1915年題：歸元古剎
黎元洪1915年題：勝大宏闊
昌明老和尚書：應如是觀
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