說起歷史上的起源，大家都會有一個想法：日本是中國所傳。大家都會講講徐福下東洋的故事，徐福東渡確有事實，但是到沒到日本得兩說，況且那時日本已經有土著，從基因上說，學界也不能證明人種是從中國傳過去的。
人類的歷史就是不斷遷移、擴散、融合的過程。日本和中國是鄰國，之間的關係雖然密切，但日本起源於中國的說法不嚴密。
日本於二十萬年前出現人類，最早的人類化石是十萬年前。以我國最早元謀人化石距今160萬年和藍田人化石距今70萬年相比，日本人類化石年限過短。而且一萬年前，日本是與亞歐大陸板塊相連，只是因冰川期渡過，海平面上升導致隔斷。
日本人祖先究竟是誰的問題，可以追溯到數萬年以前。從地質學的角度來講，現如今所屬日本的島嶼，最開始和東亞大陸本來是一體的。瞭解地理知識的讀者們大都知道，地殼一直都進行著緩慢的運動，慢慢的，日本列島就和亞洲大陸板塊逐漸分離開來。
《山海經》是人類歷史上最重要的地理文獻典籍之一，它記錄了中國及其周邊地區的山川地形地貌、物產和民族分佈，以及相應的歷史故事，涉及的年代包括周朝、商朝、夏朝直至先夏時期（可以追溯到一萬年前）。其中周朝文獻《海內北經》明確記有：“蓋國在鉅燕南，倭北。
而《山海經》的其它篇章則記述著中國人多次向東海諸島嶼遷徙的事蹟。根據上述能夠見到的並且能夠解讀的遠古信息來說，華夏居民向日本島遷徙的重大活動，至少有如下數次。一 、帝禹時代的遷徙活動：對東海島嶼的考察
如今在日本的很多地方還是有關於徐福的一些蹤跡而且還有墓碑，日本人也曾經說過，徐福以前是他們神聖的天皇。而在當地還有很多人曾經為了慶祝徐福到達當時的日本而舉行過很多的活動。這也充分地證明了日本人的老祖應該就是當年秦始皇派去找仙藥的徐福。
日本人現在有很多人聲稱自己是徐福的後代，他們也很尊重自己的祖先，而關於日本人祖先的謎題也就此解開。
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