一、消除安全库存可能造成缺货成本
精益生产的存货制是一种“零库存”模式，是在通过降低原材料和产成品的库存量，尽可能消除供应链和生产上不必要的浪费。可根据顾客的需求来生产、供货，以减少与之相关的供应链成本及管理费用，通过该管理模式能减少一大笔应用于存货的资金。
此种模式的优越性在于：
-减少存货资金的占用量，减少机会成本和材料贬值损失
-降低存货方面的储存费用和管理费用；有助于增强对质量的控制
二、预算实施过程中与目标出现偏差
精益生产方式所采用的目标成本管理作为一种预算管理，是在企业预算的基础上，根据企业的经营目标，在成本预测、成本决策、测定目标成本的基础上，进行目标成本的分解、控制分析、考核、评价的一系列成本管理工作。
因此，实施精益生产方式的企业往往通过预算来监控战略目标的实施进度，有助于控制开支以及预测企业的现金流量和利润，因此由市场环境变化所带来的不确定风险以及资源的稀缺在一定程度上给企业增加了难度。
三、忽视质量问题导致增加质量成本
任何一家生产企业都必须重视质量成本。应当将企业中质量预防和鉴定成本费用与产品质量不符合企业自身和顾客要求所造成的损失一并考虑。而实施“零库存”模式的企业大多都与供应商有着长期的生意往来，供应商对企业的生产零部件的属性和数量了如指掌，像日本丰田对产品追求舒适、美观，往往对零部件是量身订造的，在丰田迅速扩展的同时，对零部件的需求大幅增加，原有的供应商无法提供足够数量的零部件，使得丰田必须与之前所不熟悉的供应商合作，此时又没有对产品质量进行严格把关，才会导致丰田召回事件的发生，造成一大笔在质量方面的成本。质量成本是实施精益生产的企业所必须注意的问题，无论是在平缓发展阶段，还是在快速扩展阶段，都必须对产品质量进行把关。
引起质量事件发生的原因主要有以下两点：
第一，质量管理并不是独立存在的，必须贯穿于企业采购、生产、出库的全过程，在实行质量管理的过程中，必须重视质量成本的核算与考核。这种管理涉及到质量成本数据的收集和统计分析、预防性工作、评估性工作、补救性措施等等，这一系列复杂的质量管理过程会直接导致成本的支出，因此往往很多企业在质量事件发生之后才想方设法要补救，给企业挽回信誉。
第二，既然实施一系列的质量成本管理会直接造成一大笔支出。那么，对于一个生产企业而言，是应该权衡这笔直接费用带来的支出与质量监管得当所减少的支出，还是应该时刻把住产品质量为顾客树立一个品牌形象呢?这点应当由企业管理者去权衡，但从长期来看，保证质量、树立品牌是必须的。
四、未引入合适的成本核算方法
基于精益生产方式诸多特点，它所适合的一套成本管理模式比较复杂，企业在引入精益生产方式往往是长期的事情，这种改革不是一蹴而就的，所以建立起一套适合自身的成本管理模式和信息系统，除了要投入一大笔资金之外，还要经过长时间的摸索。另一方面，我国加工型企业基本处于国际产业增值链的低端环节，真正体现科技水平和要素按量的设备和中间投入严重依赖进口，在这种情况下，根本无需考虑产品生命周期成本以及对目标的预算，只需要按指令进行加工生产，完成任务。
传统的成本核算方法已经无法应用于精益生产方式。但国内很多企业对精益生产方式认识不到位，仅仅学到表面的看板管理和零存货模式，而没有制定一系列与之相匹配的成本管理模式，传统的成本管理模式偏向对成本进行事中控制和事后控制，归集直接材料、直接人工和制造费用，不能揭示与各生产步骤有关的成本动因，也就无法对产品生产的每一道工序辨别出增值作业和非增值作业。精益生产方式是从产品研发时期开始对产品的生命周期成本进行跟踪，从而对成本进行有效的事前控制，如果采用传统的成本核算法对产品成本进行计算，将难以达到对产品的事前控制。
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