為確保捕訴合一辦案模式順利運行，紫陽縣檢察院檢察業務綜合部結合辦案實際，創新科學分案機制，最大化實現了辦案效率和質量的統一。
在實行捕訴合一辦案模式後，員額檢察官人數和案件數量同時增多，如何讓系統“自動輪案”進一步科學化分案，真正實現公平合理、公開透明地分配案件，是案管部門的一個重要課題。這不但涉及檢察官及助理辦案數量、工作難易度的均衡問題，也是司法體制改革以來辦案權責配比的第一道關口。系統自動輪案機制在實際運行中，因隨機分案無法甄別案件辦理的難易程度以及分案的“隨意”性，往往會出現一名檢察官總是分配到案卷三、五冊甚至七、八冊的重大、複雜案件，而一些“運氣”好的檢察官就總會分到相對簡單的案件。這樣，就出現了分案“不平衡”的現象。但是在對檢察官的績效考評機制中，是以“辦案數”來體現檢察官的業績，並未將案件本身難易程度以及帶來的工作量去科學地量化，這就導致“辦什麼案件都一個樣”的局面，承辦檢察官因為案件分配不平衡而產生的矛盾和怨氣也時常發生，系統自動輪案的公正性受到了挑戰。“如何通過細化案件分配標準等具體措施，實現案件均衡分配，讓檢察官更公平地多辦案、辦好案？檢察業務綜合部門為解決這個問題，做了大量調研，在廣泛徵求意見的基礎上，結合《陝西省檢察機關推進刑事案件繁簡分流工作指導意見（試行）》，參考各地出臺的捕訴合一辦案模式，出臺了《紫陽縣檢察院刑事案件科學分案規則(試行)》，主要從確定案件分類、優化辦案力量、細化輪案規則三個方面加以明確，相對合理地解決了不同類型案件的分配問題，並與現行的績效考評機制有序銜接。
一是明確案件分類。將案件以“證據卷”的冊數作為劃分標準，將案件分為簡單案件（1-2冊）、複雜案件（3-5冊）、疑難案件三類（5冊以上）。並將這三類案件分別對應為簡單案件輪案組、複雜案件輪案組、疑難案件輪案組三個輪案組。
二是確定輪案人。為每一名檢察官配備一名專職檢察輔助人員，構成若干固定的辦案單元，確保檢察官和檢察輔助人員能夠各司其職，實現每個辦案單元在上述三個輪案組中均衡輪案。
三是設置輪案規則。對參與輪案檢察官（辦案單元）實行區別對待：（一）辦案部門檢察官參與簡單案件、複雜案件、疑難案件三個輪案組，輪案比例為1:1；（二）副檢察長參與上述三個輪案組，輪案比例為1:2；
四是特殊案件指定分案。對於未成年人案件、職務犯罪案件、刑事執行檢察案件、提前介入案件、追訴同案犯案件等案件，由按規定成立的專門辦案組或檢察長指定檢察官辦理，即“多數普通案件科學輪案為主，少數特殊案件指定辦案為輔”。
自實施新的分案機制以來，該院所有案件均按照新的分案模式，每名檢察官均“隨機”但卻“科學”地輪到了不同難度的案件，一名檢察官連續輪到大案要案的不合理問題迎刃而解。這一新的科學分案制度的順利推進，既解決了部門間辦理的案件類型不同而導致忙閒不均，又解決了檢察官之間的辦案量均衡問題，從而有效地激發了檢察官辦案內生動力，提高了辦案質效。紫陽縣檢察院檢察業務綜合部的這一做法得到了市院、省院的充分肯定，並在全省的“案件管理工作情況”上予以轉發。
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