有腐蝕作用的肥料
碳酸氫銨具有揮發性和腐蝕性，易燻傷種子和幼苗，過磷酸鈣含有遊離態的硫酸和磷酸，對種子發芽和幼苗生長會造成傷害，一般不宜做種肥。
有毒害作用的肥料
尿素在作物的生長過程中，常生成少量的縮二酸，縮二酸的含量若超過20%，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，使蛋白質變性，對種子發芽和幼根產生毒害。
含有害離子的肥料
氯化鉀等含有氯離子的化肥，施入土壤後會產生水溶性氯化物，對種子發芽和幼苗生長不利，容易燒種、燒苗。硝酸銨、硝酸鉀等肥料所含的硝酸根離子，對種子發芽有毒害作用。
未腐熟的農家肥
農村常用廄肥、人糞尿水等做種肥，如果未腐熟，在發酵過程中釋放大量熱能易燒根系，釋放氨氣灼傷幼苗。所以未腐熟的有機肥不要施用，經過堆漚高溫發酵、充分腐熟後才能做種肥。（信息來源：宜農）
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