購進農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品買價和11%的扣除率計算進項稅額，國務院另有規定的除外。
《關於簡併增值稅稅率有關政策的通知》（財稅〔2017〕37號），2017-7-1取消13%稅率，併入11%。此前，一般納稅人從農業生產者手中購進免稅農產品，按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品買價和13%的扣除率，計算進項稅額；伴隨13%稅率的取消，13%扣除率沒有取消.
一般納稅人購進已稅農產品——憑票抵扣進項稅額11%
1.取得增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書：法定扣稅憑證上註明的增值稅額為進項稅額（11%）；
2.取得小規模納稅人主管稅局代開的增值稅
專用發票，以專票上註明的金額和11%扣除率計算進項稅額；【例如】超市（一般納稅人）從果品公司（小規模納稅人）購進水果後銷售，取得稅局代開增值稅專用發票：進項稅額=專用發票上註明的不含稅銷售額×11%
一般納稅人購進免稅農產品——計算抵扣進項稅額（11%、13%）
1、按11%計算抵扣進項稅額
一般納稅人從農業生產者手中購進免稅農產品，取得農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上註明的農產品買價和11%的扣除率計算進項稅額。
【例如】超市（一般納稅人）從果園購進水果後銷售，進項稅額=購進水果的買價×11%
2、按13%計算抵扣進項稅額
購進用於生產銷售或委託受託加工17%稅率貨物的農產品，維持原扣除力度不變，按13%計算抵扣進項稅額 (體會國家的良苦用心)。
【例如】食品加工企業（一般納稅人）從果園購進水果加工生產果汁，進項稅額=購進水果的買價×13%
納稅人購進農產品既用於生產銷售或委託受託加工17%稅率貨物又用於生產銷售其他貨物服務的，應當分別核算，否則從低扣稅（11%）。
註解：已稅農產品是指上一環節已經交過增值稅，一般為經營企業。
免稅農產品是指上一環節免交增值稅，一般為農業生產者（在之前的文章中我們介紹過）
納稅人購進流通環節全免稅的農產品
納稅人從批發、零售環節購進適用免徵增值稅政策的蔬菜、部分鮮活肉蛋而取得的普通發票，不得作為計算抵扣進項稅額的憑證。
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