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誠如題主所言，兩個朝代相比，中原漢民族更願意接受清朝。這是因為蒙古和滿洲的統治者對於漢文化和農耕文明截然不同的兩種態度造成的。
元朝（1271年—1368年），由蒙古族建立，是中國歷史上首次由少數民族建立的大一統王朝，定都北京，傳五世十一帝，歷98年。清朝（1636年—1912年），由女真滿族建立，是中國歷史最後一個大一統封建王朝，也是定都北京，傳九世十帝，歷276年。
從成吉思汗起兵的那天起，蒙古人的目標就不是中國，而是全世界。從順序上也是，1206年成吉思汗統一漠北，建立大蒙古帝國，然後開始對外擴張，先後滅西遼、西夏、花剌子模、東夏、金等國。蒙古大軍橫掃歐亞大陸，最遠抵達東歐，建立了四大汗國，最後才開始對南宋的征伐。
所以，針對入主中原，蒙古人並沒有特殊的思想準備。他們以更加宏觀的視角看待中原漢文化，對漢文化和農耕文明有意忽略，抹殺它們之間的聯繫，也不在意儒家傳統對於統治者有利的因素。於此同時，他們仍然固守草原文化傳統，甚至拒絕漢化。
代表中原漢文化的南宋是最後被滅的。1279年，在忽必烈即汗位的19年以後，南宋守軍崖山兵敗，陸文夫揹著8歲的皇帝趙昺投海，南宋滅亡。在這個過程中，忽必烈付出了巨大的代價，因此，他在治術上對南方漢人實施報復。他把全國人口分為四等，第一等人是蒙古人，高高在上。第二等人是色目人，待遇僅次於蒙古人。第三等人是北方漢人，因為他們歸順得早。最下等的是南方漢人，因為他們中有陸文夫那樣的人。
色目人就是來自中亞的阿拉伯人。蒙古農耕不發達，大部分生活資源要依靠貿易來獲取，因此蒙古人一直保有商業傳統，對以國際貿易為生的阿拉伯人很依賴，也很友好，所以他們在元朝的待遇高於漢人。不僅如此，在元朝統治中原的98年中，幾乎所有的宰相和朝中重臣都是蒙古人和色目人，這是中國古代史幾千年朝代更迭中絕無僅有的現象。
蒙古的這種做法是對中原漢人的歧視和羞辱，自然不會得到他們的認同。實際上，在元朝統治時間裡，漢族的反抗一直都很激烈。
正因為如此，元朝在中原地區的統治維持時間很短，遠遠低於清朝的276年。除了開國的忽必烈（23年）和末世的元順帝（35年）外，中間的30年竟然換了9個皇帝，其中充滿了謀逆、暗殺、篡位的戲碼。
蒙古汗位繼承傳統與漢文化的嫡長繼承完全不一樣，他們一直堅持軍事酋長制的傳統，同時在家族文化上，奉行幼子守灶，即由最年幼的兒子繼承家業，其餘的兄長要出遠門自己創業。
這就造成了蒙古人對國家和社會治理的基本態度:以實力為尊，以鎮壓為主，不重教化，忽略或者不重視社會秩序，忽略文化和道德建設，不尊重規則和契約，以戰爭狀態應對和平時期的社會治理，缺乏長治久安觀念，種族歧視和文化歧視。
由此，蒙古人的統治就一直處在動盪中，這種狀態一直伴隨著他們在中原失敗，退到大漠草原中。以至於他們的國家和部族治理模式形成了惡性循環:一方面能征慣戰，開疆拓土，另一方面朝局動盪不安，汗位繼承規則不明，隨時有可能被篡奪。北元大汗脫脫不花與太師也先的紛爭，瓦剌和韃靼的此消彼長，漠西蒙古衛拉特的分裂，和碩特和葉爾羌汗國被滅，準噶爾汗國的崛起和滅亡等，都是這種結論的證明。後世的蒙古人依然彪悍，從也先開始，到固始汗、達延汗、噶爾丹、策妄阿拉布坦、羅布藏丹津等，強人輩出，但幾乎都是死於非命，沒有一個能成就忽必烈那樣的基業。
清朝的做法與元朝相比則完全相反。
皇太極在入關之前就注意到了向中原漢文化學習這個問題。他接納漢大臣范文程、寧玩我的建議，號召滿洲親貴學習漢族文化，下令滿人8-15歲必須學習漢人的四書五經。他認為，“就學者眾，我等將成禮儀之邦”。寧玩我當時曾勸皇太極，要理解文治，就讀四書；要改進戰術，就讀《孫子兵法》；要了解王朝興衰，就讀《資治通鑑》。由此，皇太極讀漢家典籍，仿中原禮制，清軍還未入關，就已經建立了一個完全適應中原漢文化的上層建築了。
皇太極組建八旗時，將歸化的漢人編列其中，專門組建了漢軍八旗，這部分漢人入關以後成了與滿洲親貴一樣的貴族，沒有任何差別。同時，他還仿照明朝開科舉，在降將和奴隸中選拔漢族人才，充實後金的官員隊伍。
1636年5月14日，皇太極改國號為大清，將年號改為“崇德”，這標誌著清朝基本上完成了漢化，而這時距離清軍入關還有8年。
皇太極去世後，多爾袞繼續推進皇太極倡導的的漢化進程。他的做法也很極端:不顧滿洲親貴的反對，大力重用北方漢人，尤其是不計前嫌，接納原明朝的文人士大夫加入新政權。據記載，1644-1645年清廷任命的9名總兵中，3人是普通漢人，6人是漢軍旗人。1646年清廷任命的8個巡撫中，3人是普通漢人，5人是漢軍旗人。如果拋開後者旗人身份，其實所有的總兵和巡撫都是漢族人。
與此同時，多爾袞明確規定，以大明律為基礎制定清朝的法律，實際上改動的地方不多，清朝差不多全部繼承了明朝的法律體系和制度。
清廷還全面繼承明朝的官制，甚至為此不惜改變皇太極在後金時代的慣例，將實行明朝官制當成制度建設正規化來考量。中央部委按照明朝的六部九卿制，地方也按照明朝的督撫制，幾乎都是全盤照搬。明朝內閣中樞的大學士制度也完全承襲下來，直到雍正朝才改造成軍機處制度。
順治朝時，清廷已經開始檢討和完善漢化成果了。順治皇帝大力推行滿漢融合，在清廷的政治、經濟和文化生活中全面推行儒家禮儀制度，接受漢族思想文化傳統，同時使用帝王之術改造漢族士大夫的黨爭陋習，並進一步加強對漢族知識分子的思想禁錮，為清廷在中原統治的長治久安打下了良好的基礎。
康熙以後，清廷從骨子裡已經完全漢化了，除了保留髮飾、服飾和飲食起居等文化符號以外，滿清幾乎全盤照搬漢族文化傳統。進入民國以後，滿族甚至成為中國少數民族中最漢化的民族，徹底融入中原漢文化中了。
國史館
大概從兩個方面說一下吧。
首先，從宋朝和明朝來說！
宋朝相對來說是一個很得民心的朝代，民眾和大臣的忠誠度是比較高的，可以跟漢朝比了。
明朝就不同，明朝給民眾留下的不好的印記怕是比清朝好不到哪去。明朝本身就是被受壓迫的農民起義推翻的，只不過清朝撿了個大便宜。明朝從民眾到官員，都不得民心。。明朝殺大臣是歷朝歷代之最，明朝的東廠西廠錦衣衛等等也是歷史之最（清朝其實延續了明朝的各種制度，只不過鑑於歷史教訓，懂得一個“度”）..。。總之，當前一個朝代沒什麼值得懷念的時候，大家就沒多大情緒反對現在的這個朝代了。
其次，從元朝和清朝講。
元朝是一個徹底的武夫，打天下可以，治理天下就完全不懂。打天下靠的是強盜的方式，治理天下居然還是靠強盜的方式，這個自然很難長久。
清朝就不同，清朝不止懂得打天下，更懂得如何治理天下，懂得吸取歷朝歷代的教訓。（很有可能是跟漢人學的，清朝高層身邊總有一些厲害的漢人。）。。清朝懂得軟硬兼施，一邊大殺四方，一邊又表現出要治理出太平盛世的樣子。總之，清朝是極其聰明的，他們的武力用來對付可能威脅到自己的人，但對於已經徹底臣服的人卻是好好的治理的。
木府木初
因為蒙古族跟滿族不一樣蒙古人只懂得用武力來維護統治，並且民族等級觀念十分嚴重。而滿清剛開始是對反抗者動武。後來入主北京城以後，迅速學習漢族文化。繼承明朝絕大部分制度。厚葬明朝末代皇帝崇禎帝朱由檢。贏得了大部分民心。大家知道中國封建王朝是家天下。如果統治者對自己待遇不變，不過分殺戮。就會該幹啥幹啥。因為是家天下只不過是統治者換了一個與自己又沒多大關係。所以就繼續當順民。
小閆說歷史
元朝和清朝以不同的方式進入中原。元朝實際上是作為敵人進入中原的。元朝用武力摧毀了金國，然後摧毀了南宋，迫使陸秀夫跳入大海，已故的宋朝皇帝抱著他，成千上萬的士兵和平民死在海里。明朝被李自成摧毀時，清朝在中原，明朝的後裔領導著清朝。清朝的旗幟是為大明報仇，當時的人民是受歡迎的。後來，清朝南下摧毀明朝。一方面，清朝宣稱明朝已經滅亡，明朝是一個傀儡政權。元朝和清朝以不同的方式進入中原，這導致了老百姓對清朝的認可。
元朝不接受漢族的地方化，堅持老祖宗的管理方法。它一直把重點放在北方草原地區，掠奪並輸入南宋和其他古老的地方作為征服地區。並且根據民族血統，他們被分為蒙古人、色目人人、漢族和南方人，底層漢族相當於奴隸。此外，元朝，還廢除了科舉制度。因此有些知識分子還創作了大量反映社會黑暗的作品，喚起了人們的反抗意識。因此，自元朝建立以來，起義一直在繼續。
另一方面，清朝以前所有的皇帝都研究過漢文化，並承認為了民族融合，他們屬於中國人民和漢族人民。清朝接受了中原文化，繼承了明朝的制度，崇拜儒家，在山東崇拜孔子，跪拜孔子。總而言之，接受漢化的是清朝。
元朝的統治混亂不堪。40年內有10位皇帝被替換，因為權力繼承製度不完善，導致帝國內部不斷髮生糾紛。這種混亂直接影響到地方政府。元代地方政府的行政能力相當薄弱，甚至有人偽造聖旨殺害了一名省級官員。這顯示了元代管理的混亂。清朝自從康熙年間出了“九子奪嫡”事件後，穩定了繼承方式，這樣皇室內部不再因為權力鬧得你死我活，管理效能也提高很多。
因此，在文化、思想控制上，清朝做的比較好，所以，清朝即便有“反清復明”的暴亂，也只是少數人為爭奪權力而發動的，從某種程度上也可以認為不算老百姓反抗。
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清初，忠於明朝的各族人民一直在反抗，特別是漢民族百姓從沒臣服於滿清，百姓不畏強暴，英勇抗爭，前後被大清殺死了幾千萬人，直到洪秀全廣西起義，起義軍席捲大江南北，有力打擊了清政府統治，其前還有白蓮教起義，從沒間斷，直到辛亥革命推翻滿清政府，哪天服了清朝了？
海西望族
宋也好，元也好，明也好，清也好，始終都少不了普通民眾的暴力反抗，區別只在於，是不是能鎮壓下去。
魯迅說過一句話，大概意思是呼籲我們不做外族的奴隸當然很好，但千萬別因此就認為做自己人的奴隸就是應該的。
由唐到宋，是個巨大的轉變，歷史學界叫唐宋變革論。最核心的變化是集權加深了，權力都集中在上面，那靠什麼統治？只能靠官僚體系，而古今中外，自上而下的官僚體系都是再昂貴不過的統治工具。和自上而下官僚統治對應的是地方自治，地方自治成本低且效率高。
所以自宋開始經濟危機伴隨始終，官僚們想盡辦法多壓榨來維持這套體系運行，王安石變法就是為了解決經濟危機搞出來的，類似王安石的人物，後面每朝都有。
壓榨變重了，這些壓榨並不會落到統治階層皇權和士子頭上，顯然都會被轉嫁到底層人頭上。
今天多收一點，明天多收一點，很快就到了危險的生存線。這條線在風調雨順的時候能讓底層保持溫飽但無積蓄，一旦出現天災兵災，就維繫不下去，只能去做流民，流民是多米諾骨牌，流民開始搶劫後，還能掙扎在溫飽線的人就只能加入流民隊伍，就會指數級不停增長，直到被徹底鎮壓或者推翻王朝，過程中死掉大量的人口，重新開始。
這個鏈條自宋之後就沒變過，統治者高明，就會晚點出現，如滿清。統治者低能，就會出現的很早，如宋元。流民是每個王朝的噩夢。
這套死循環從東漢開始，不過東漢因為地方還有一定自治權，刺史們能帶兵打仗，所以鎮壓了下去。唐藩鎮還強大時候，也能壓住，唐削弱藩鎮重新集權後，就被黃巢幹掉了，非常諷刺。
先秦之前是分封制，地方本來就是自治的，各諸侯國也是獨立的，所以沒這個問題。秦和西漢徹底破壞了先秦的體制，皇帝集權一時爽，他的後代也要付出沉重的代價。
白完公會
探討這個問題，很有價值。
蒙元與滿清的共同之處在於：兩者均非中原漢族，卻最終能夠入主中原；
且在入主之前，蒙滿兩族的文明開化程度，均遠低於中原漢族。
中原百姓對兩個政權持不同態度：
最根本的一點在於：元蒙是繼趙宋王朝滅亡而來，滿清是繼朱明王朝滅亡而來。
人們常說“崖山之後無華夏”，不管這句話是否有理，至少它說明一點，在趙宋的王朝中，是完整保留著華夏氣質的。
錢穆先生認為，中國與別國最大的區別，就在於中國的傳統社會有“士”這個階層。
士在，中國在；士在，華夏在。
在趙宋王朝近300年間，不管它的政治有多少可批評之處，但“不殺一個文人”，讓它成為中國歷史上特別熠熠生輝的一個王朝。
在趙宋的王朝裡，士這個階層，無論是其來源，還是其成長渠道，以及政治作用，都堪稱楷模。
“先天下之憂而憂”的范仲淹，出身極為貧寒，最後也能通過自己的努力位極人臣。
從政壇來看，宋有王安石、司馬光、蘇軾……從學術來看，宋有朱子、程氏兄弟。
宋朝的士人之盛，在成就中國歷史上最錦繡王朝的同時，也為後世留下了富貴的精神遺產。
如果不知道這些，你就很難理解文天祥那種光照千古的精神氣質，從何而來？
你同樣不能明白陸秀夫投身赴海的從容淡定，如何而生！
所以，宋即使國亡，在中原的華夏文化中，有這樣一種精神氣質尚得以保存著。
於是，元蒙雖能以鐵蹄金戈入主中原，但在思想精神層面，他們永遠是一群低劣的暴徒。
翻翻元史，主動順從元蒙、配合元蒙統治中原的漢奸，基本上沒有。
而滿清在入主中原前，中原經歷的則是朱明王朝近300的統治。
對於朱明，我向來持一種否定的態度，在漢人政權中，朱明甚至比司馬氏的兩晉還惡劣，還醜陋。
它最大的罪惡之處，正在於整整近300年間，它全心全意地做著兩件事：
一是帝制集權；二是消滅士階層。
兩件事其實是一件事。
要做第一件事，就必須完成第二件事；而一旦完成第二件事，第一件事也就成了一大半。
從太祖罷相起，中國歷史在一千多年後，又退回到了秦始皇時代。
漢唐盛世、兩宋繁華，從此徹底走進了歷史，成為塵封往事。
翻看明史，基本就是這麼幾幅畫像：
變態的帝王、跋扈的太監、軟骨頭的讀書人、奴隸像的平民。
從開國殺了方孝儒之後，明朝基本上就再也沒有個有脊樑骨的讀書人了。
士沒了，整個中原百姓作為人的精神氣就沒有了，於是，
到了明未，中原大地，基本上就是一群年羊了。試看滿清當年如何入主中原的！
祖大壽、吳三桂、耿仲明、尚可喜、錢謙益、洪承疇、范文程……
隨手一翻，全是大名鼎鼎的漢奸帶路……
歷滿清一朝200餘年，說好聽點，是滿漢共治天下；說難聽點，就是滿清馭用漢奸來治理天下。
如此中原，焉能不治！
如果能理解這些，就可以更好地理解顧炎武那句話了：
——“有亡國，有亡天下……易姓改號，謂之亡國，仁義充塞，而至於率獸食人，人將相食，謂之亡天下……保國者，其君其臣肉食者謀之，保天下者，匹夫之賤，與有責焉耳矣”。
滿清入主中原，華夏亡的是國。而朱明統治中原，華夏亡的，已是天下。
風談天下
除了幾個漢奸例如：洪承疇、尚可喜、範文臣等之外誰臣服過蟎清野豬皮？“反清復明、驅逐韃虜、復我中華”等口號和反抗的義軍一直持續到蟎清滅亡……
周峰67876936
元不尊儒，也不尊重中原文明，忘想用巴思巴文替代漢語；用落後的草原文明替代先進的農耕文明，開文明的倒車肯定行不通。把人分為九等，加大民族矛盾，奴役、壓追人數最多的漢人……漢人豈能不反？清的統治者和儒生狼狽為奸欺騙、教化百姓為奴，使漢民族逐漸被奴化、失去了抗爭的勇氣和意願，從而鞏固了滿清統治。
天天一油
不是臣服，而是沒辦法了，滿清入關後平明百姓都起來反抗，與滿兵廝殺，死了很多人。 被鎮壓後頒發剃髮易服後又起來反抗，又死了很多人。 整個明朝7000多萬人，被滿清殺了好幾千萬人，都是起來抗滿清的，當了清初只剩幾百萬漢人。
