秋季也是高投餵期與魚病高發期重疊在一起的重要時期，應該把握好育肥和防病這兩點。
1、育肥
在水溫合適的條件下，抓緊養分的攝足，使錦鯉吃飽吃好。如果沒有很好地育肥，養分攝足不好，那將不利於錦鯉抵抗冬季的低溫。比較全面和健康的投餵方式是專用育成飼料＋活體乾燥餌料（水蚤、赤蟲等）。
選用飼料要注意品牌的選擇，有些飼料的消化吸收效果並不理想，維他命、氨基酸、蛋白等成分搭配可能也不是非常合理。使用優質的飼料是很有必要的！
活體乾燥餌料能夠彌補成品飼料的不足，同時對錦鯉的色彩很有好處，尤其是優質的南極蝦，不但具有高養分以及增豔作用，同時還有增強免疫、抗病等作用。
不同情況下的投餵方式：
A、水溫18～28℃之間：每日投餵4～6次，建議中午投餵活體乾燥餌料兩次，投餵原則以“少量多餐，每次7成飽”為準。
B、水溫12～18℃之間：每日投餵1～2次，以7、8成飽為宜，同時注意觀察錦鯉的活躍程度，如果不怎麼活躍，每日改投餵一次，以6、7成飽為宜。
C、水溫10～15℃之間：注意觀察錦鯉的活躍程度，如果狀態不錯，使用的又是優質的飼料每日投餵1～2次即可，以7成飽為宜；如果飼料品牌不怎麼好，則每日一次，6成飽即可；如果不放心，可改投專用的胚芽飼料。
D、水溫5～10℃之間：每日投餵胚芽飼料一次，6成飽，5℃以下停喂。
注意：投餵活體乾燥餌料不可過量，每次以錦鯉在5分鐘內吃完為宜，過量投餵有可能引發消化不良類疾病，同時容易壞水。
2、防病
秋季是魚類一年兩次高發病期的最後一次，秋季錦鯉的發病情況雖然沒有春季嚴重，但很有可能會使錦鯉攜帶病菌過冬，並在第二年開春回暖後暴發。
可採用的防治方法：
A、在隔離缸中進行一次“細菌性藥物＋體外寄生蟲藥物”檢疫。
B、在飼料中拌入防治腸炎類的藥物進行投餵，隨拌隨喂，一般連續投餵7天左右。
自制飼料可直接按比例拌入，成品顆粒飼料則可以取1克藥物溶於5～10毫升水中，將飼料放入此水中浸泡3～5分鐘後再進行投餵。每次以魚在3分鐘內吃完為佳。
C、如果不方便進行隔離檢疫，水質控制得比較好，則可以考慮對水體進行殺菌消毒處理。方式有藥物、器具兩種，其中以臭氧機處理最佳，殺菌燈其次，藥物處理最後考慮。
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