塞尔吉奥·阿奎罗出生在被称为“南美巴黎”的阿根廷首都布宜诺斯艾利斯市内也有一处叫比利亚-伊塔蒂的贫民区。因为阿奎罗小时候很调皮捣蛋，他的爷爷觉得他像《大顽皮库姆库姆》（日本动漫）里的主人公kum kum一样，该主人公kum kum的名字西班牙语正常情况下无此发音，于是自然改为kun发音。KUN就是足球小将里主角“太空翼”的名字！
阿奎罗8岁时，踢球的技术已经相当了不起了，很有观赏性。冈萨雷斯把阿奎罗推荐给了独立队的技术官员拉姆博特。1997年，年仅9岁的阿奎罗加入了阿根廷独立俱乐部。接下来，他的成长速度是惊人的。短短几年间，他就从独立俱乐部第8级梯队打到了一队。
2003年7月7日，在独立队对阵圣洛伦索竞技足球俱乐部的比赛中，阿奎罗首次代表独立队亮相阿根廷甲级联赛，这一天，他年仅15岁零37天。这一年纪，打破了之前球王迭戈·马拉多纳于1976年创下的纪录。
2006年5月，西甲马德里竞技队宣布花费2300万欧元将其挖至门下，这也是该俱乐部有史以来支付的最昂贵的一笔转会费。在2007-08赛季，阿奎罗以19粒进球排在西甲射手榜的第三位，仅次于丹尼尔·冈萨雷斯·古伊萨和路易斯·法比亚诺，并且荣获07-08赛季西甲最佳拉丁美洲球员的称号。
在2008-09赛季，阿奎罗已经成为马德里竞技队中稳定的射手，他与乌拉圭前锋迭戈·弗兰形成了强有力的前场组合，而且弗兰也是前独立队的前锋。在2009年3月1日，阿奎罗与弗兰分别为马德里竞技建功，最终帮助球队以4-3战胜了联赛领头羊巴塞罗那足球俱乐部。 阿奎罗在这个赛季排在了射手榜的前十名，而他的队友弗兰拿到了金靴奖（射手榜第一名）。最终马德利竞技排名联赛第四，保住了一张晋级欧洲冠军联赛的门票。
在2009-2010赛季，2009/10赛季欧冠小组赛第四轮马德里竞技对阵英超切尔西足球俱乐部，阿奎罗替补出场，独中两球，最终帮助球队2-2与对手战平。
在效力马竞期间，阿奎罗共为球队出场234次，奉献102粒进球和37次助攻，并随队夺取09/10赛季欧联杯冠军和欧洲超级杯冠军。
2011年7月阿奎罗以曼彻斯特城足球俱乐部队史上的转会标王的身价转投曼城，签约五年。曼城将向马德里竞技支付3500万英镑的转会费，此外还有300万英镑的有条件浮动转会费。同年8月16日阿奎罗在英超首轮便完成两射一传，帮助曼城4-0大胜斯旺西，从此开启了英超生涯。
2012年5月13日，2011-12赛季最后一轮英超联赛展开争夺，曼城主场迎战女王公园巡游者队，第94分钟阿奎罗上演绝杀，3-2的比分帮助曼城时隔44年后再夺英格兰顶级联赛冠军，也是该队历史上首次获得英超冠军，除此之外，这还是英超有史以来第一个以净胜球决出的冠军。阿奎罗在联赛中进23球助攻10次的成绩。
2011-12赛季欧联杯1/16决赛首回合的一场比赛卫冕冠军波尔图主场对阵英超劲旅曼城，替补上场的阿奎罗完成逆转绝杀，曼城客场2-1获胜。
2015-16赛季，曼城在官网宣布阿圭罗将会在新赛季身披曼城10号球衣。在10号球衣原来的拥有者哲科离队后，阿圭罗成为了它新的主人。
2017年10月6日，英超联赛官方宣布，塞尔吉奥·阿奎罗入选9月最佳球员候选提名。在11月初进行的与那不勒斯队的比赛中，阿圭罗攻入了他在曼城队的第178个进球，打破了俱乐部的个人进球纪录，成为俱乐部历史上的头号射手
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