塞爾吉奧·阿奎羅出生在被稱為“南美巴黎”的阿根廷首都布宜諾斯艾利斯市內也有一處叫比利亞-伊塔蒂的貧民區。因為阿奎羅小時候很調皮搗蛋，他的爺爺覺得他像《大頑皮庫姆庫姆》（日本動漫）裡的主人公kum kum一樣，該主人公kum kum的名字西班牙語正常情況下無此發音，於是自然改為kun發音。KUN就是足球小將裡主角“太空翼”的名字！
阿奎羅8歲時，踢球的技術已經相當了不起了，很有觀賞性。岡薩雷斯把阿奎羅推薦給了獨立隊的技術官員拉姆博特。1997年，年僅9歲的阿奎羅加入了阿根廷獨立俱樂部。接下來，他的成長速度是驚人的。短短几年間，他就從獨立俱樂部第8級梯隊打到了一隊。
2003年7月7日，在獨立隊對陣聖洛倫索競技足球俱樂部的比賽中，阿奎羅首次代表獨立隊亮相阿根廷甲級聯賽，這一天，他年僅15歲零37天。這一年紀，打破了之前球王迭戈·馬拉多納於1976年創下的紀錄。
2006年5月，西甲馬德里競技隊宣佈花費2300萬歐元將其挖至門下，這也是該俱樂部有史以來支付的最昂貴的一筆轉會費。在2007-08賽季，阿奎羅以19粒進球排在西甲射手榜的第三位，僅次於丹尼爾·岡薩雷斯·古伊薩和路易斯·法比亞諾，並且榮獲07-08賽季西甲最佳拉丁美洲球員的稱號。
在2008-09賽季，阿奎羅已經成為馬德里競技隊中穩定的射手，他與烏拉圭前鋒迭戈·弗蘭形成了強有力的前場組合，而且弗蘭也是前獨立隊的前鋒。在2009年3月1日，阿奎羅與弗蘭分別為馬德里競技建功，最終幫助球隊以4-3戰勝了聯賽領頭羊巴塞羅那足球俱樂部。 阿奎羅在這個賽季排在了射手榜的前十名，而他的隊友弗蘭拿到了金靴獎（射手榜第一名）。最終馬德利競技排名聯賽第四，保住了一張晉級歐洲冠軍聯賽的門票。
在2009-2010賽季，2009/10賽季歐冠小組賽第四輪馬德里競技對陣英超切爾西足球俱樂部，阿奎羅替補出場，獨中兩球，最終幫助球隊2-2與對手戰平。
在效力馬競期間，阿奎羅共為球隊出場234次，奉獻102粒進球和37次助攻，並隨隊奪取09/10賽季歐聯杯冠軍和歐洲超級盃冠軍。
2011年7月阿奎羅以曼徹斯特城足球俱樂部隊史上的轉會標王的身價轉投曼城，簽約五年。曼城將向馬德里競技支付3500萬英鎊的轉會費，此外還有300萬英鎊的有條件浮動轉會費。同年8月16日阿奎羅在英超首輪便完成兩射一傳，幫助曼城4-0大勝斯旺西，從此開啟了英超生涯。
2012年5月13日，2011-12賽季最後一輪英超聯賽展開爭奪，曼城主場迎戰女王公園巡遊者隊，第94分鐘阿奎羅上演絕殺，3-2的比分幫助曼城時隔44年後再奪英格蘭頂級聯賽冠軍，也是該隊歷史上首次獲得英超冠軍，除此之外，這還是英超有史以來第一個以淨勝球決出的冠軍。阿奎羅在聯賽中進23球助攻10次的成績。
2011-12賽季歐聯杯1/16決賽首回合的一場比賽衛冕冠軍波爾圖主場對陣英超勁旅曼城，替補上場的阿奎羅完成逆轉絕殺，曼城客場2-1獲勝。
2015-16賽季，曼城在官網宣佈阿圭羅將會在新賽季身披曼城10號球衣。在10號球衣原來的擁有者哲科離隊後，阿圭羅成為了它新的主人。
2017年10月6日，英超聯賽官方宣佈，塞爾吉奧·阿奎羅入選9月最佳球員候選提名。在11月初進行的與那不勒斯隊的比賽中，阿圭羅攻入了他在曼城隊的第178個進球，打破了俱樂部的個人進球紀錄，成為俱樂部歷史上的頭號射手
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