如果我们从研究的对象的角度用逻辑学和心理学来界定现象学，那么另一个可以用来对现象学进行划界的角度则主要涉及研究的方法，从这个角度来看，现象学被视为一种处在实证主义与形而上学之间的学科。莱维纳斯曾把现象学比作一个对健康的人类理智来说具有镇静作用的“精神植物园”，他认为：“由于放弃了描述的方法、类别的构成和概念的持守，传统的思辨方法跳越过了许多研究领域。现象学的无可争议的贡献在于要求，在‘回到实事本身’的过程中进行系统而耐心的、当然只是暂时的描述。因此，现象学既有利于实证主义者，也有利于形而上学家，它是任何一种唯心论和实在论的必然出发点，它对各种精神来说都意味着思维的坐标。”
实际的情况的确是如此：现象学的总体研究风格常常会令人联想到实证主义的要求。就此而论，胡塞尔虽然对实证主义的许多观点持有不满，但他应当会同意孔德将一门科学的成熟期定义为“实证科学”时期的做法。现象学不满足于那些“产生于遥远、含糊和非本真直观中的含义”，希望回到“实事本身”上去，希望“在充分发挥了的直观中获得明证性”，因为现象学的所有成就“都产生于那种真正切近实事本身、纯粹朝向其直观自身被给予性的研究之中，尤其是产生于那种朝向纯粹意识的本质现象学之观点的研究之中，而唯有这种研究才能为一门理性理论带来成效”。胡塞尔在其毕生的现象学的探讨中力求证实：为证实间接认识所须依赖的最终原则是一种直接的明察，即绝对真理的自身被给予。这种直接的明察就是一种真正的“经验”，它突破了经验主义对经验的狭隘理解。他甚至认为，经验主义只能通过这种本质直观意义上的、普全的和最彻底的“经验主义”来克服。这个意义上的“经验主义”也被他称作“先验的经验主义”。
另一方面，现象学的研究同样为作为实证主义对立面的形而上学提供了新的观察角度。姑且不论海德格尔的关于存在本身的形而上学思考是否还属于现象学的范畴，即使像胡塞尔这样贴近地面工作的“先验实证主义”现象学家也认为，“现象学只是将任何一门幼稚的、从事着悖谬物自体的形而上学排斥出去，但它并不排斥形而上学一般，现象学例如并不去强制那些以错误的提问和错误的方法从内部推动着古老传统的问题动机，并且它绝不会说，它会在‘最高的和最终的问题’面前停步”。当然，胡塞尔本人所理解和建构的形而上学已经不再是传统意义上的形而上学，而是一门新的、积极意义上的“形而上学”，即一门以先验的交互主体性、以共同体化着的单子大全为探讨课题的学说。在这些课题中也包括偶然事实性的问题，死亡问题、命运问题、“真正的”人类生活的可能性问题、历史的意义问题等等。这样一种“形而上学”已经与康德所设想的一门“非独断论的形而上学”相当接近，即一门作为“人类理性的所有文化之完善”、作为“所有科学之王”的形而上学。
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