隨著畜牧業向集約化、現代化的方向發展，養殖場（戶）的觀念也逐步發生改變。從原來“治重於防”的想法轉變到“防重於治”的認識，重點圍繞“預防為主”的原則，因此，消毒藥物也就得到越來越廣泛的使用，如何選擇便宜、高效、安全的消毒藥？
鹼類消毒藥
包括氫氧化鈉（燒鹼）、生石灰及草木灰，它們都是直接或間接以鹼性物質對病原微生物進行殺滅作用。消毒原理是：水解病原菌的蛋白質和核酸，破壞細菌的正常代謝，最終達到殺滅細菌的效果。
氫氧化鈉對紡織品及金屬製品有腐蝕性，故不宜對以上物品進行消毒，而且對於其它設備、用具在用燒鹼消毒半天后，要用清水進行清洗，以免燒傷畜禽的蹄部或皮膚。
新鮮的草木灰含有氫氧化鉀，通常在雨水淋溼之後，能夠滲透到地面。常用對畜禽場地的消毒，特別是對野外放養場地的消毒，這種方法，既可以做到清潔場地，又能有效地殺滅病原菌。
生石灰溶於水之後變成氫氧化鈣，同時又產生熱量。通常配成10%~20%的溶液對畜禽飼養場的地板或牆壁進行消毒，另外生石灰也用於對病死畜禽無害化處理，其方法是在掩埋病死畜禽時先撒上生石灰粉，再蓋上泥土，能夠有效地殺死病原微生物。
強氧化劑型的消毒藥
常用的有：過氧乙酸及高錳酸鉀，它們對細菌、芽胞和真菌有強烈的殺滅作用。
過氧乙酸，消毒時可配成0.2%~0.5%的濃度。對畜禽欄舍、飼料槽、用具、車輛、食品車間地面及牆壁進行噴霧消毒，也可以帶畜禽消毒，但要注意現配現用，因為容易氧化。
高錳酸鉀，是一種強氧化劑，遇到有機物即起氧化作用。因此，不僅可以消毒，又可以除臭，低濃度時還有收斂作用，畜禽飲用常配成0.1%的水溶液，治療胃腸道疾病；0.5%的溶液可以消毒皮膚、粘膜和創傷，用於洗胃和使毒物氧化而分解，高濃度時對組織有刺激和腐蝕性；4%的溶液通常用來消毒飼料槽及用具，效果顯著。
新潔爾滅
新潔爾滅是一種陽離子表面活性劑型的消毒藥，既有清潔作用，又有抗菌消毒效果。它的特點是對畜禽組織無刺激性，作用快、毒性小，對金屬及橡膠均無腐蝕性，但價格較高。0.1%溶液用於器械用具的消毒，0.5%~1%溶液用於手術的局部消毒。但要避免與陰離子活性劑，如肥皂等共用，否則會降低消毒的效果。
有機氯消毒劑
包括消特靈、菌素淨及漂白粉等。它們能夠殺滅細菌、芽胞、病毒及真菌，殺菌作用強，但藥效持續時間不長。主要用於畜禽欄舍、欄槽及車輛等的消毒。另外，漂白粉還用於對飲水的消毒，但氯製劑有對金屬有腐蝕性、久貯失效等缺點。
複合酚
又名消毒靈、農樂等，可以殺滅細菌、病毒和黴菌，對多種寄生蟲卵也有殺滅效果。主要用於畜禽欄舍、設備器械、場地的消毒，殺菌作用強，通常施藥一次後，藥效可維持5~7天。但注意不能與鹼性藥物或其它消毒藥混合使用。
雙鏈季胺酸鹽類消毒藥
如百毒殺，它是一種新型的消毒藥，具有性質比較穩定，安全性好，無刺激性和腐蝕性等特點。能夠迅速殺滅病毒、細菌、黴菌、真菌及藻類致病微生物，藥效持續時間約為10天左右，適合於飼養場地、欄舍、用具、飲水器、車輛、孵化機及種蛋的消毒，另外也可用於對存有活畜、禽場地的消毒。
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