6歲上學，天資聰穎，勤奮好學，成績優異。
1919年，考入濟寧甲種工業學校。
1923年馬霄鵬以優異的成績考入東南大學（現南京大學）心理系。在校期間，逐步接受了一些馬克思主義學說和進步思想，閱讀了大量進步書籍，努力探求革命真理。
1927年底，馬霄鵬受黨組織派遣趕赴上海，和一位德國僑民在法租界合辦書店，以書商作掩護，從事秘密工作，在政治環境十分險惡的形勢下，出色地完成了組織交給的各項任務。
1931年春，離開上海，回到山東開展黨的工作，被派到濟南第一師範學校任教。他利用合法的講臺，結合教學，向學生宣傳革命道理，宣傳國內外形勢。同年秋，被派往平原省立第五鄉村師範學校任教，以教學為掩護，從事黨的秘密工作。通過教學，向學生灌輸馬克思、恩格斯指導無產階級革命的基本觀點，還親自編印講義和教材，公開講授社會發展史、辯證唯物論，並經常透露一些有關蘇聯社會主義革命和建設的情況、中國工農紅軍在中國共產黨領導下堅持革命鬥爭的情況。
1932年，馬霄鵬改任國文課老師，他以魯迅的《狂人日記》、《阿Q正傳》等反映民眾疾苦的作品為教材，向學生們灌輸革命思想，著力培養學生的反帝反封建意識。1932年夏，馬霄鵬以他所任教的班級為主，又吸收其他班級的學生，與黨員教師李竹如一起創辦了學生“讀書會”。他組織學生廣泛閱讀具有革命思想的進步作品，指導學生閱讀恩格斯的《家庭私有制和國家的起源》、列寧的《國家與革命》、《唯物主義和經驗批判主義》，還有“五·四”時期的進步書刊，如《狂人日記》、《子夜》、《母親》、《鐵流》、《大眾哲學》等，還經常召開座談會，交流學習心得，評議政治時事。他和李竹如的革命啟蒙教育，使一批進步學生很快成長起來，走上革命道路，從而大大提高了學生的思想覺悟。
1934年下半年，他指導王祿清等進步學生辦起了《禹聲報》，宣傳馬列主義，鼓動抗日救國鬥爭。同年9月，他和李竹如相互配合，將在實際鬥爭中經受考驗的4名學生積極分子發展為共產黨員。10月，幫助馬誠齋等人建立了平原五鄉師黨支部。馬霄鵬作為省立第五鄉師黨組織的創始人之一，擔任中共魯西北特委委員。還把畢業的學生組織起來，聯合農村一部分小學教師，成立“醒民劇社”，深入到農村、集鎮，向群眾宣傳進步思想，大造革命輿論並及時把在鬥爭中湧現出來的革命積極分子發展入黨，不斷壯大黨的隊伍。
1935年12月，北平爆發了抗議國民黨投降的學生運動。他結合當時的鬥爭形勢，對學生進行愛國主義思想教育，激勵學生關心國家大事，並且組織宣傳隊上街演講，聲援北平學生的請願鬥爭。
1937年夏，在他的組織發動下，平原五鄉師建立了“中華民族解放先鋒隊五鄉師分隊”。同年暑假，調惠民鄉師任教。在新的環境中，又發展了一批新黨員，建立了學校黨支部，並任支部書記。同年10月，將部分“民先”隊員和進步學生共90餘人，分三批送往山西臨汾八路軍一一五師，隨軍學習深造，然後去延安參加革命。
1937年12月底，黨組織通知馬霄鵬及其妻子去延安學習，但他考慮當時地方缺少幹部，就請求組織先讓其妻子去延安，自己則留下來堅持對敵鬥爭。
1938年1月，馬霄鵬被調到金鄉縣擔任工委書記，後任縣委書記。他根據魯西南工委的指示，組織了金鄉縣第一支抗日武裝—第五戰區第二遊擊縱隊，並任政治部主任。後來奉上級指示到魚臺，在魚臺成立了“抗日動員委員會”，任主任。同年4月，調到魯西南工委工作。5月初，魯西南工委改稱魯西南特委，任特委宣傳部部長。7月下旬，魯西南工委和徐西北區委合併，建立蘇魯豫特委，任特委民運部部長。11月，特委改組，改任宣傳部部長。
1939年5月，蘇魯豫特委改為蘇魯豫區委，仍任宣傳部部長。期間，他忘我工作，先後在蘇北豐縣的歡口、吳莊、沙莊等地舉辦各種類型的抗日訓練班，為各縣培訓了大批抗日骨幹，組織了隨區黨委機關行動的宣傳部，走到哪裡，宣傳鼓動工作就做到哪裡，還辦起了區黨委的機關報——《團結日報》。
1939年秋天，正當湖西地區抗日鬥爭蓬勃發展的時候，發生了駭人聽聞的“肅託事件”。9月14日，馬霄鵬被暗藏在黨內的野心家王須仁和王宏鳴以“肅託”為名逮捕。他們對馬霄鵬烈士墓位於魚臺縣唐馬鄉陳丙村南一公里處
霄鵬進行嚴刑拷打，馬霄鵬忍受著肉體上和精神上的巨大疼痛和折磨，他寧願自己受刑，也不連累其他同志。1939年9月19日深夜，在江蘇省豐縣於王莊被折磨致死，時年36歲。
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