由於這些記載都出於儒家經典，又得到後世眾多學者的肯定，所以從西漢以來就成為不可動搖的定論，幾乎沒有人表示懷疑。人們一般都認為，從大禹治水開始就有了九州這樣的政區，以後又演變為十二州。直到現在，一些在敘述一個地方行政區域的歷史時，往往還要從九州講起，似乎這是歷史事實。
由於全國就分為九州，所以九州又一直被當作全國、“天下”的代名詞。如南宋詩人陸游《示兒》詩中的名句“死去原知萬事空，但悲不見九州同”，就是取這樣的用意；晚清詩人龔自珍“九州生氣恃風雷”一句也是如此。
五四運動以後，學者們向儒家經典提出了挑戰。經過反覆的爭論和研究，歷史學界已經把這傳統的九州說推翻了。原來，《禹貢》中的記載並不是歷史事實，九州也不是中國最早的行政區劃。
《禹貢》雖然託名為大禹所作，其實卻是戰國後期人的作品。具體的證據很多，最主要的理由是《禹貢》中所記的不少地理狀況都是戰國時的現象，有的地名和水名甚至要到戰國後期才出現，如果真是大禹所作，他豈能未卜先知？而且在《尚書》各篇中，《禹貢》的語言照理應比出現在它以後的《盤庚》（記錄商朝中期的君主盤庚遷都事）等篇難懂，事實恰恰相反；這也只能說明《禹貢》問世的時間較晚。
《禹貢》所講的內容不符合歷史事實，至多隻有傳說的價值。到目前為止的考古發掘和研究的成果，還只能證實商朝的歷史。近年來在河南等地發現的一些文化址，一些學者認為就是屬於夏朝。
如果這一觀點得到進一步的證明和普遍的承認，那末夏朝的主要統治區應該在今河南一帶，與文獻記載傳說中的夏都不超出今山西南部、山東西部和河南的範圍是一致的。而《禹貢》所敘述的九州的範圍，北至燕山山脈和渤海灣，南至南嶺一帶，西至隴東高原；至於具體涉及的理內容更廣；當然不可能是夏朝的事實。
現有的研究成果足以證明，不僅傳說中的大禹時代還不可能有什麼行政區劃，就是商朝和更後的西周時代也還沒有出現行政區劃。既然《禹貢》是戰國後期的產物，那麼九州制是不是當時的制度呢？也不是。大家知道，到戰國後期，周天子的權力早已蕩然無存，而秦始皇還沒有統一六國，七個主要的諸侯國各自為政，又有誰有這樣的權威能制定並且實行包括各國的疆域在內的行政區劃呢？
可見，九州制只是當時學者對未來統一國家的一種規劃，反映了他們一種政治理想。
秦始皇在全國推行了郡縣制，卻沒有在郡以上設立州。到了公元前二世末，也就是在《禹貢》問世的一二百年以後的西漢元封五年（前１０６年），漢武帝將全國除首都附近的七個郡級單位以外政區分屬於十三部，即豫州、兗州、青州、徐州、冀州、幽州、幷州、涼州、益州、荊州、揚州、交趾、朔方；每部設刺史一人，負責巡察境內的地方官和豪強地主；稱為十三刺史部， 簡稱十三部或十三州。
但那時的州還是一種監察區，而且這十一個以州命名的單位中沒有《禹貢》九州中的梁州和雍州，增加了涼州、益州、幷州和幽州。在公元１世紀後的東漢，州才成為最高一級的行政區域。朔方併入了幷州，加上管轄首都一帶的司隸校尉部，總數仍為十三。
由於交趾改稱交州，以州命名的單位就有了十二個，也不是九個。東漢末年曹操曾想按九州來重劃政區，卻沒有成功；從此再也沒有人作過這樣的嘗試。從這一角度來講，九州從來沒有成為中國的現實。
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