（一）预算体制存在问题，预算外资金管理不善
第一，预算体制传统的编制方法属于基数加增长的方法，极不科学，没有严谨的项目论证系统，预算不具灵活性，极易形成各部门资金分配不合理的格局，严重制约了整体发展的布局调整。其二，预算执行与编制相互隔离进行，不具协调性，预算不透明，在执行中不断增加额外的预算，学费、住宿费等收入没有纳入财政管理范畴，造成高校的预算外资金管理混乱，使得资金利用率不高，严重制约了高校的经济运转，更加影响了国家对高校的经济活动的宏观调控，同时也影响了国家教育战略的实现[1]。
（二）高校财务理财意识的严重缺乏与效益观念的误区
中国特色社会主义经济体制的不断深入，使得高校财务管理部门面临重大挑战，唯有快速调整财务管理制度，才能适应知识经济的大环境，使得高校保持办学优势，保持高校自主办学能力。但是当前高校财务管理一直对政府管理模式心存依赖，没有树立健康的理财意识，在开拓市场、开辟新路，谋求思路上缺乏积极进取的精神，致使高校财务管理制度发挥不出应有的作用。另外我国高等院校的财务管理人员总体素质不高，缺乏专业技能，成本效益、理财理念的概念模糊，使得高校投资决策都缺乏科学性，可持续性，与中国特色社会主义科学办学理念相违背，致使资金利用率低，隐形资产流失严重，高校财务管理必须尽快更新与改革。
（三）会计管理的无序，财务信息的欺瞒
会计的基本职能之一会计监督职能，是对高校科学财务管理的保障。在高校，内部财务管理监督制度是具有实践意义的管理制度，也是高校财务工作能够顺利开展的保障。但是，目前高校普遍存在内部监管机构不健全，监督力度远远不足的现象，会计管理在不受监督的条件下就会出现各种问题，如高校账目失真，高校账目中假账较多等。“内部牵制”的机制不健全，实事求是原则得不到落实，在没有合法有效的原始会计凭证的支持下缺乏合法有效的会计凭证填制，故意造假，故意篡改、捏造、编造会计报表、会计凭证等会计数据。
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