1939年夏，鑑於歐洲戰爭爆發在即，匈牙利科學家格拉德擔心德國造出核武器，便向美國政府提出應搶先研製，幾乎沒有這類知識的官員卻將此建議視為天方夜譚。
沮喪的格拉德只好找到愛因斯坦，說服他直接致信總統羅斯福，說明核裂變可製造出威力巨大的新型炸彈。
一向敬重愛因斯坦的羅斯福接信後，在10月接見了他。愛因斯坦如同教師輔導小學生那樣講解核裂變原理，使過去對此一竅不通的總統瞭解到製造原子彈的可行性。
通過這次有歷史意義的交談，羅斯福作出了一個重大的決策：要趕在德國人之前造出原子彈，這就是“曼哈頓工程”。
但是，有一個事實是：愛因斯坦從頭到尾，一直被排斥在“曼哈頓工程”之外。
作為聲望和能力兼備的世界頂級科學家，又是發起人，愛因斯坦為何沒有加入“曼哈頓工程”？
因為從1933年愛因斯坦從德國抵達美國開始，到1955年逝世為止，在美國超過20年的時間內，他始終被聯邦調查局局長鬍佛列在“首要黑名單”之上。
事實上，“曼哈頓工程”一開始圈定的31名科學家名單中，愛因斯坦的名字赫然在列，但是聯邦調查局卻以“愛因斯坦有共產主義傾向”為由，圈掉了他的名字。
愛因斯坦對人權、反戰、和平主義者甚至對社會主義者的同情和支持，都是聯邦調查局懷疑他的理由。
1983年開始解密的聯邦調查局秘密檔案顯示，對愛因斯坦的監控自“二戰”結束後開始變本加厲，他的電話開始被竊聽，信件開始被私拆，甚至垃圾桶都會被人翻，還有幾次被人闖進私宅搜查。
聯邦調查局甚至懷疑，愛因斯坦的住宅下有一條秘密電纜，愛因斯坦通過這條電纜用電報和莫斯科方面聯繫。
1950年，“麥卡錫主義”開始在美國盛行，美國移民局一度希望和聯邦調查局聯手，取消愛因斯坦的美國公民資格。
在1948年7月1日的一次晚宴中，愛因斯坦對波蘭駐美國大使說了這樣一番話：“我想你現在應該意識到，美國再也不是一個自由國家了。我們這段談話一定有人正在錄音。這個大廳裝了竊聽器，我的住所也受到嚴密監視。”
1955年，愛因斯坦因病在美國逝世。時任美國總統的艾森豪威爾在悼詞中說：“他在追求知識和真理的過程中，於此地找到了自由的氣息，為此美國人民深以為傲。”
而在聯邦調查局的秘密檔案中，愛因斯坦在1947年12月卻做過如下聲明：我來到美國是因為我聽說在這個國家裡有很大很大的自由，我犯了一個錯誤，把美國選作自由國家，這是我一生中無法挽回的錯誤。
可能由於這個錯誤，愛因斯坦去世前，寫下遺囑，要求不發訃告，不舉行葬禮。他的遺體火化時，只有12個最親近的人見證。他的骨灰被撒進不知名的河裡，沒有墳墓，也沒有立碑。人們至今都不知道這個偉大的科學家葬在哪裡。
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