所谓教会大学，是指从19世纪末起西方基督教会在中国所创办的高等教育机构，其中由基督教创设的大学有13所，由罗马天主教创设的大学有3所。
13所新教教会大学指齐鲁大学、福建协和大学、金陵女子大学、之江大学、华中大学、华南女子文理学院、岭南大学、金陵大学、圣约翰大学、沪江大学、东吴大学、华西协和大学、燕京大学。3所天主教大学指的是震旦大学、辅仁大学、津沽大学。
这些教会大学主要是应西方培养高级布道人员或宗教领袖或为了早期教会的初等和中等教育提供配套的高等教育的需要而由一个教派或几个教派联合设立。20世纪30年代教会大学获得了很大的发展，其特点是“以文理科为办学方向，以资产阶级传统为蓝本，重视校内社团活动，具有私立大学地位”。它们与公立高等学校共同存在，逐渐成为中国近现代高等教育的重要组成部分。新中国成立后，逐渐对高等教育进行了改造，其中也包括了教会大学。特别是抗美援朝战争爆发后，美国成了中国的头号敌人，而教会大学多是由美国传教士所创办，因此，50年代初，中国政府发布了一系列的法令，断绝教会大学与美国的经济往来，逐渐把教会大学国有化。1952年全国范围的高等院系调整，使教会大学与原来的公立大学和私立大学合并，组成新的大学，其原来的校名均被取消，教会大学随之消亡。
1948年9月，济南被解放军攻克，齐鲁大学成为第一个被解放的基督教大学。1949年1月，北平解放，燕京大学也归入人民政府的领导之下。随着解放战争的胜利进行，到1949年底，所有的教会大学均归于人民政府。
1950年6月25日朝鲜战争爆发，美国迅速卷入战争，中美两国关系空前紧张，特别是志愿军入朝参战之后，中美已处于严重对立的局面。这不可能不对与美国有密切联系的教会大学产生重大影响。朝鲜战争爆发之后，政府首先加强对教会学校的管理，而后各校又陆续开展了批判帝国主义利用教会进行文化侵略的活动。
1951年1月16—22日，教育部召开了处理外国津贴的高等学校会议，马叙伦在开幕词中指出，会议将“集中力量解决接受美国津贴的学校问题”，而对于“接受其他外国津贴的学校，除政治上坚决反对中华人民共和国者以外，目前一般地只采取履行登记，督促他们逐步改造，使其适合于中国人民利益的方针。”并进一步重申了处理办法的要点。经过讨论，会议拟定了对每个学校的处理方案，并呈请政务院批准。处理方案大致分为三种类型:(一)立即接收改为公立。(二)暂时维持私立，准备条件改为公立。(三)继续由私人办理，改组董事会及学校行政领导，使成为完全由中国人自办的私立学校。会议期间，参加会议的校长、校董和教授分别向《人民日报》记者发表书面和口头谈话，表示热烈拥护政务院决定。并于1月26日发表了联合宣言。截止到1951年底由政府接收改为公立的计有11校，其中华北区4校，燕京大学、津沽大学、协和医学院(改为公立后定名为中国协和医学院)、铭贤学院(部分系科改为山西农学院、部分系科与山西大学工学院及西北工学院合并);华东区4校，即金陵大学、金陵女子文理学院(前2校合并改为金陵大学)、协和大学、华南女了学院(前2校合并改为福州大学);中南区2校，即华中大学(改公立后逐渐调整成为师范学院)、文华图书馆学专科学校;西南区1校，即华西协和大学(改称为华西大学)。改为中国人民自己办理仍维持私立，政府予以补助的计有9校，其中华东区7校，即沪江大学、东吴大学、震旦大学、震旦女了文理学院(前2校合并为私立震旦大学)、圣约翰大学、之江大学、齐鲁大学(齐鲁与之江两大学将由政府分别接办)。中南区1校，即岭南大学;西南区1校，即求精商学院。
1951年底至1952年的全国高等院校的院系调整可以说是把教会大学融合到新中国教育体制的最后一步。尽管院系调整工作并非只针对教会大学，但对于教会大学来说，院系调整的进行却标志着教会大学在中国大陆的消亡。
1951年11月3 -9日全国工学院院长会议召开，会议拟定了以“华北、华东、中南三个地区的工学院为重点作适当的调整”的方案:1.将北京大学工学院、燕京大学工科方面各系并入清华大学。清华大学改为多科性的工业高等学校，校名不变，清华大学的文、理、法三学院及燕京大学的文、理、法方面各系并入北京大学。北京大学成为综合性的大学，燕京大学校名撤销。2.将南开大学的工学院及津沽大学的工学院合并于天津大学。3.将浙江大学改为多科性的工业高等学校，校名不变。将之江大学的土木、机械两系并入浙江大学，浙江大学的文学院合并入之江大学。4.将南京大学的工学院划分出来和金陵大学的电机工程系、化学工程系及之江大学的建筑系合并成为独立的工学院……。8将中山大学的工学院、华南联合大学的工学院、岭南大学工程方面的系科及广东工业专科学校合并成为独立的工学院。全国工学院院系调整方案于1952年4月16日公布，这时，由于经过了思想改造，各教会学校均公开表示拥护这个方案:认为“院系调整能够实现是‘三反’运动开展后所带给我们的胜利果实之一。”对于撤消校名这一点，认为是“绝对必要的，是意味着美帝国主义文化侵略的彻底破产。此外，还对于院系调整的意义进行了阐述，认为这“是中国高等教育脱离对于帝国主义的依附与无政府主义状态走上结合新中国的实际需要和有计划地发展的道路的第一步。对于国家工业建设与工业技术人才的培养具有决定的意义。”
1952年5月，教育部进一步公布了关于全国高等学院1952年的调整设置方案，经过调整，教会大学与原来的公立、私立大学融合到一起，组成新的大学，而教会大学原有的校名均被取
消。具体情形如下:
华北区:1.燕京大学的文学院、理学院系科，经济系理论部分并入到新北京大学;经济系财经部分并入到新设的中央财经学院;燕京大学工科各系科并入到新清华大学，其化工系的一部分并入到新天津大学。2.辅仁大学外文系一部分及经济系理论部分并入到新北京大学;经济系财经部分并到新设的中央财经学院里;其他各系科并入到新北京师范大学。3.津沽大学工学院系科并入到新天津大学;其文学院、理学院系科并到新南开大学，财经学院暂附在南开大学;津沽大学师范学院并入新设的天津师范学院。
华东区:1.沪江大学的文、理学院并入新的复旦大学;机械、电机、造船等系科并入新交通大学;教育系并入新华东师范大学;财政经济学院各系科并入新的上海财经经济学院;政治系则并入到新设的华东政法学院。2.圣约翰大学财经系科并入到新设的上海财经经济学院;文学院并入到新复旦大学;土木系科及建筑系并入到新的同济大学;教育系并入到新的华东师范大学;政治系并入到新设的华东政法学院;圣约翰大学医学院、震旦大学医学院与同德医学院合并成了上海第二医学院。
3.东吴大学财经系并入到新设的上海财经经济学院;化工系并入到新设的华东化工学院中;理学院各系并入新华东师范大学;文理系科并入新苏南师范学院。东吴法学院财经系并入到新设的上海财经经济学院;法律系并入到新设的华东政法学院。4.震旦大学的文学院和经济系并入到新的复旦大学;机械、电力、造船等系科并入到新的交通大学;土木系科并入到新的同济大学;化工系合并入到新设的华东化工学院;教育系并入新的华东师范大学;法律系并入到新设的华东政法学院;震旦大学托儿专修科并入新的南京师范学院。
5.金陵大学经济系并入到新的复旦大学;文学院、理学院系科并入到新的南京大学;土木、机械、电机、化工、食品工业等系科并入新南京工学院;体育系科并入到新设的华东体育学院中;音乐系并入到中央音乐学院华东分院;师范系科并入到新南京师范学院;农学院各系科并入南京农学院，其农学院森林系并入到新设的华东林学院，园艺系部分合并到新山东农学院，部分合并到浙江农学院;其农学院蚕桑师资设备并入安徽大学农学院。
6.齐鲁大学天文系并入新南京大学;文学院各系科并入到新山东大学;物理、化学、生物部分并入到新山东师范学院;医学院并入到新山东医学院;理学院药学系及东吴大学药学专修科合并到新设的华东药学院;经济系并入到山东财经学院。7.之江大学建筑系并入到新同济大学;工学院系科并入到新浙江大学;教育、中文及外文系并入新浙江师范学院。
中南区:1.岭南大学的文、理、政法、财经各院系并入到新中山大学;工学院并入到华南工学院;医学院并入到华南医学院;农学院并入到华南农学院;教育系并入到新华南师范学院。2.华中大学经济系并入到新武汉大学。新华中大学由原华中大学与湖北海省教育学院地合并组成。3.当时这个方案制定时，华西大学的调整方案未定。1953年院系调整时，华西大学更名为四川医学院，设医学、口腔、卫生、药学4个系和1所综合性附属医院。
1952年院系调整结束之后，教会大学的命运走到了历史的尽头。
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