南普陀寺位於鷺島東南，五老峰下。五老峰為鷺島八大名勝之一，稱“五老凌霄”，坐山面海，與太武山隔海相望，下有“大石嵌空，其下虛敞”的天然巖洞，據清乾隆《泉州府志》、嘉慶《同安縣志》記載：“五代僧清浩所建，其初名泗洲”，說明五代僧清浩就此巖洞結茅住修，該泗洲是為南普陀寺前身發祥地的首稱，距今已有1000多年的歷史。故稱南普陀寺是鷺島唯一具有千年歷史的古剎。
1000多年來，南普陀寺的興革盛衰，均與地方社會不同時代的歷史發展密切相關。
唐末五代，隨著大批中原移民徙居福建東南沿海地區，土地開發和人口劇增，促成改大同場升級為同安縣。在大規模人口遷徙和開發高潮中，有陳、薛兩家族跨海首登嘉禾嶼（今廈門）拓荒。五代僧清浩亦於此時進入鷺島，依五老峰巖結茅住修，稱“泗洲”。關於“泗洲”的稱號有著很多傳奇的歷史來歷。
泗洲和尚為唐朝西域碎葉高僧，與李白同鄉。唐高宗龍朔元年（661）到江蘇洪澤湖畔的泗洲臨淮縣，建“泗洲院”，弘法傳經佈道，聲名遠播。圓寂後，後人為建泗洲塔紀念，李白曾寫《僧伽歌》稱頌泗洲。相傳唐末乾符年間，黃巢起義，揮軍南下，泗洲佛化身為身披大袈裟的和尚，趺坐於大軍進軍的大道中。兵將強拉不動，如磐石落根，要求面見黃巢。兵將回稟，黃巢騎馬來見。和尚面勸黃巢，應多行善事，勿濫殺無辜。黃巢一時性急，揮劍將其斬首，詎料首級落地，躍起自合。黃巢大驚，下馬謝過，面許所請，揮軍繞路而過。後人為紀念泗洲抗暴保民的功德，用大石雕造和尚原形，盤坐於就義址，雕像頸部留有劍砍痕跡。
唐末，中原大亂，王潮兄弟帶領大批士族移民入閩。移民們為感念泗洲和尚的大德。在路過的嶺頭、路口以及居住的村莊，都供有石雕泗洲和尚聖像，作為抗暴安民的神靈。在閩南同安一帶移民居住的地方，都建有泗洲院，奉祀“泗洲佛”。據《同安縣志》記載該時期建有許多“泗洲”，同安大輪山梵天寺遺址、同安杏果院、北辰巖等都有初稱“泗洲”的記載。由此可見，五代僧清浩將他在鷺島依巖結茅的住所，稱為“泗洲”，故清浩應是隨中原移民而來的禪師。
清浩之後，及至北宋治平年間（1064——1067），方有一位苦修禪行的高僧文翠上人就泗洲舊址住修，改稱“無盡巖”。據有關地方史志看來，自唐末五代至元末明初，僅有此兩位禪師進島依巖住修見於歷史記載。造成這一歷史現象的原因是：鷺島孤懸海外，海上“往來有風濤之險”，島上風沙大，水源缺，土地資源貧乏，進島開發的移民人數不多，社會經濟發展相對滯後。直到明代，由於“禁海”，遂將鷺島列為抗禦海寇的海防要塞，在島上創建中左千戶所城，駐紮重兵。於是沿海居民紛紛徙居島上，開始對鷺島進行全面開發。這樣使流放進島的覺光和尚，得以應機募化開建普照寺。
摘自《南普陀寺志》之“寺院沿革”
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