山东科技大学并入中国能源大学的可能性不大。为什么这么说呢？目前没有公开的信息，所以我也是推理，不一定准确，也许事实会打我脸。
教育部有明文规定，高校改名不允许以中国命名，所以单独中国能源大学必然要在原先的一所国字头大学的基础上组建，那么位于山东的国字头大学只有中国海洋大学和中国石油大学，所以就如题主所言，中国石油大学必在其中。那么会不会是中国石油大学和山东科技大学合并呢？不大可能，原因有两点：
一、 虽然山东科技大学也算是能源类高校，但如果单纯的与中国石油大学合并，虽然诞生了一所庞然大物，但山东也失去了一所省属重点高校。就如同当年山东大学合并山东医科大学和山东工业大学一样，虽然诞生了巨无霸的山东大学，但却失去了两所优秀的专业类高校。而且中国石油大学是教育部直属高校，生源是面向全国的，只是对山东有一定照顾。而山东科技大学则不然，毕竟是山东省属高校，生源大部分还是来自山东。假如两校合并，生源必然还要全国统筹考虑，其实这对山东是不利的，加大了山东考生上好大学的难度。既然生源来自全国，那么毕业后留在山东的就相对少了，所以两校合并对山东来说并非好事。
二、 纵观高校大规模合并史，一般都是在2000年左右，大学合并大学、大学合并学院，但是进入21世纪，大学合并多以学院与学院合并升级为大学，或者大学合并学院为主，至于大学与大学合并的案例可以说几乎没有。所以中国石油大学与山东科技大学合并，在目前来说，基本不可能。
那么中国能源大学会如何运作呢？肯定是中国石油大学要参与其中了，不然“中国”二字可能不好保住。很有可能的就是参照齐鲁工业大学、齐鲁医科大学的模式，现有的大学与科研院所合并。比如齐鲁工业大学是齐鲁工业大学与山东省科学院合并，齐鲁医科大学是泰山医学院与山东省医学科学院合并，所以中国能源大学很有可能是中国石油大学与位于山东的中科院青岛生物能源与过程研究所合并组建，毕竟能源并非仅仅指矿物质能源，还包括新能源。
不过青岛生物能源所以属于中科院，中石油属于教育部，两者合并，还需要更高层的协调。 以上仅仅是个人推测，欢迎大家留言讨论指正。
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