愛琴海是世界上島嶼最多的海，共有大小約2,500個島嶼，其中2400多個島嶼屬於希臘，剩下的60多個屬於土耳其。希臘的大部分島嶼位於愛琴海，幾乎成了希臘的內海。對土耳其來說，是其從北部、西部進入地中海的通道。
愛琴海的島嶼可以劃分為七個群島：色雷斯海群島、東愛琴群島、北部的斯波拉澤斯群島、基克拉澤斯群島、薩羅尼克群島（又稱阿爾戈－薩羅尼克群島）、多德卡尼斯群島（十二群島）和克里特島。克里特島是海中最大的一個島嶼，面積8000多平方公里。
奧斯曼土耳其帝國從1453年滅掉拜占庭帝國後開始統治希臘，此後長達300多年的統治給希臘的經濟、文化遭受到嚴重的摧殘，也給希臘民族帶來了極大的心理創傷和仇恨，被希臘人稱為“400年受奴役時期”。1821年，希臘人民發動起義，反抗奧斯曼土耳其帝國的統治和壓迫。獨立後的希臘和土耳其互相仇視，從1897年到1922年20多年的時間裡，希臘和土耳其發生了多次戰爭，包括第一次希土戰爭、第一次巴爾幹戰爭和第二次希土戰爭。
1913年5月, 在第一次巴爾幹戰爭中失利的奧斯曼帝國被迫簽署《倫敦和約》, 將克里特島割讓給希臘, 愛琴海東部薩莫色雷斯( Samothrace)、利姆諾斯( Lemnos)、萊斯沃斯( Lesvos) 等島嶼的歸屬則交由英國、法國、德國、奧匈帝國、意大利和俄羅斯等6 個歐洲大國裁決。同年11 月, 六國根據《倫敦和約》 作出決定, 所有被希臘實際佔領的愛琴海島嶼, 除格克切島( Gokceada)、博茲卡達島( Bozcaada) 和梅斯島(M eis) 外, 均劃歸希臘所有, 前提條件是希臘不得在這些島嶼上構築防禦工事或者將它們用於軍事目的, 並撤出其在阿爾巴尼亞南部的軍隊。 1923 年7月, 取得民族獨立戰爭勝利的土耳其同協約國簽署了《洛桑條約》, 取代了此前喪權辱國的《色佛爾條約》, 維護了國家主權和民族獨立, 但同時被迫在領土方面作出很大讓步。《洛桑條約》確認了《倫敦和約》和《1914年決定》 的有關規定, 並將土耳其在愛琴海的領土範圍限制在了3英里以內, 這意味著只有距離本國海岸線不超過3英里的愛琴海島嶼才屬於土耳其。 該條約導致大部分愛琴海島嶼都歸屬希臘, 土耳其對此無法接受, 並長期耿耿於懷。1947年2月, 有關國家同意大利、羅馬尼亞、保加利亞、匈牙利和芬蘭等5個第二次世界大戰戰敗國簽署了《巴黎和平條約》, 其中《對意大利和約》規定將意屬多德卡尼斯群島, 包括羅得島( Rhodos)、科斯島( Kos)、錫米島( Sim i) 等14個有名字的島嶼及其毗連小島及十二群島割讓給希臘。該和約雖未涉及土耳其, 但由於多德卡尼斯群島緊鄰土耳其本土, 而條約並未對所有島嶼尤其是小島和岩礁的歸屬一一作出明確規定, 這就給日後土耳其和希臘之間產生爭端埋下了隱患。
希臘和土耳其曾分別於1936年和1964年宣佈各自的領海寬度為6海里。1958年, 在日內瓦召開的第一次聯合國海洋法會議客觀上加劇了世界沿海國家對海洋權益的爭奪, 刺激了它們擴大本國領海的願望。希臘便是其中之一, 於1974年提出了12海里領海主張。按目前6海里領海範圍劃分, 希臘領海約佔愛琴海的43.68% , 土耳其領海僅佔7.46%, 公海佔48.185%; 若按12海里劃分, 這一比例則分別變為71.53% 、8.76%和19.71%。 按此標準, 愛琴海幾乎成為希臘的內湖， 土耳其在愛琴海的各項權益, 包括航海、航空、漁業、資源開發等, 都將受到極大的不利影響。由於希臘早已控制了愛琴海大部分區域,，其領海擴張將進一步限制土耳其出入地中海。因此, 土耳其堅決反對希臘擴大領海範圍。
十二群島，又音譯佐澤卡尼索斯群島或多德卡尼斯群島，原本與薩摩斯島、伊卡利亞島合稱南斯波拉澤斯群島，位於愛琴海的東南部，靠近安納托利亞西南部的海岸。現時群島由希臘統治，主島為羅得島。群島的名字源於最初認為這組群島由12個大島和一系列小島組成。事實上，群島有12個較大的島嶼和150多個小島，其中26個有人居住。
羅德島位於佐則卡尼薩群島的最東端，它也是該群島的主島和希臘所轄最東的島嶼，距離土耳其僅18公里。
北愛琴海諸島，又稱東北愛琴海諸島，指愛琴海北部海域的一系列互不相連的島嶼。北愛琴海諸島大部分隸屬希臘，其餘屬土耳其。北愛琴海諸島以南為基克拉澤斯和佐澤卡尼索斯群島（南斯波拉澤斯群島），以西則為北斯波拉澤斯群島。
北愛琴海諸島的希臘屬島嶼主要有薩索斯島、薩莫色雷斯島、利姆諾斯島、萊斯沃斯島、希俄斯島、薩摩斯島和伊卡利亞島等；其中除了薩索斯島和薩莫色雷斯島外，其他島嶼均靠近安納托利亞（今屬土耳其）的海岸。
薩羅尼克群島，又稱阿爾戈－薩羅尼克群島，是希臘的一個群島，以群島所在的薩龍灣命名。主要島嶼為薩拉米斯島。位於伯羅奔尼撒半島東北方的Hydra島與Dokos島（阿爾戈利斯灣與薩龍灣之間），有時也作為該群島的一部分。
斯波拉澤斯群島（北斯波拉澤斯群島），是希臘東海岸的一個群島，位於愛琴海北部海域，埃維亞島東北處。總面積約500平方公里。群島包括24個島嶼，其中4個島嶼有常住人口，包括斯基羅斯島、阿洛尼索斯島、斯科派洛斯島和斯基亞索斯島。該群島有多處名勝古蹟。
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