瑪哈嘎拉傳至薩迦五祖八思巴後，他前往大都時，途徑青海文都地方，用袈裟罩住頭部，弟子請教緣故，他說：“此地滿山佛像，遍地咒語，將來此地佛法將會得到大力弘揚。”
二臂瑪哈嘎拉——丹達怙主（措達怙主）
當亦憐真前往大都接替八思巴大師的帝師法座時，八思巴帝師將瑪哈嘎拉傳承的語加持秘密寶物（塞烏臼）賜給亦憐真帝師，令他在文都地方建寺傳法，從此瑪哈嘎拉法脈傳承到文都薩迦昆氏家族中，直到今天。
瑪哈嘎拉性情暴躁，非一般護法所具有，他性起之時，會將託在肘上的棒子扛在肩上，衝出大殿，剿滅歹徒魔軍，所以，他的身邊總有一尊四臂金剛手守護。
二臂瑪哈嘎拉——具善怙主
另外，彌勒菩薩為廣行派傳承祖師，以弘揚菩提心為特色，文都寺因此在護法殿專供彌勒菩薩像，用以防止瑪哈嘎拉因盛怒而傷及無辜。
自元朝始，瑪哈嘎拉像備受推崇，元朝皇帝登基，皇宮內要專門舉行瑪哈嘎拉法會，明朝皇帝亦曾受薩迦瑪哈嘎拉護法神灌頂。北京白塔寺可以說是北京最早的瑪哈嘎拉道場，薩迦寺珍藏明代《八思巴畫傳》巨幅唐卡，其中也繪有在重建白塔寺大塔時，瑪哈嘎拉及其八位眷屬，一個個手舞足蹈，甚是可愛。
瑪哈嘎拉——鉞刀怙主，格魯傳承
《大藏經•佛祖歷代通載》數次提及瑪哈嘎拉護法神的神勇威力：八思巴大師命尼泊爾工匠阿尼哥在河北涿州之山陽建瑪哈嘎拉護法神殿，由阿尼膽巴誦經，以助元軍。忽必烈命丞相伯顏統兵滅南宋。但戰事開始並不順利，忽必烈不解的問：南宋久攻不下，大黑神為什麼不出力氣？阿尼膽巴答道：“人不使不去，佛不請不說。”忽必烈遂親自祈請瑪哈嘎拉。這時滿城民眾祈禱真武大帝降筆，得到占卜的結果：“有瑪哈嘎拉領兵西北方，吾當避於是。”於是民眾紛紛歸附，兵不血刃；當元軍進攻常州時，大黑神“出入其家”，民眾都不知是怎麼回事，後知這是大黑神顯現。蒙古統治者認為，由於瑪哈嘎拉的護佑，平定江南才會“自古未有如此之速者”。此後涿州地方凡出現水旱蝗疫，民眾祈禱此神，立刻消除災害，十分靈驗。
寧瑪傳承四臂怙主瑪哈嗄拉
這尊十分獨特的護法神王，在中原也留下了諸多奇妙傳說。滿族入住北京，建立清朝，在京城建起多座瑪哈嘎拉殿宇。這是什麼緣起呢？這要從滿族的一種習俗說起。滿族有一種習俗：不殺狗，也不吃狗肉，並視烏鴉為“神鳥”。他們把豬掛在“神竿”上，供烏鴉食用。
他們對烏鴉的尊崇據說是源於清太祖努爾哈赤。據說，當初努爾哈赤是鎮守吉林的馬總鎮的“郭什阿”，即伺候馬總鎮的奴僕。一天晚上，努爾哈赤給馬總鎮洗腳時，發現他腳心上有三個紅痦子哩！這就叫做“腳踏三星，平步青雲”！努爾哈赤說“我的每隻腳心上都有七顆紅痦子，不信？你看！”馬總鎮震驚不已，但他默默無語，心想：不除此人，將成帝王，毀我江山。馬總鎮小妾得到馬總鎮的計劃，立刻密告努爾哈赤說：“今夜，趁馬總鎮不在府上，你快快逃命吧！”馬總鎮由外地歸來，發現努爾哈赤跑了，立刻派兵追趕。努爾哈赤跑了一天一夜，再也跑不動了，追兵已經趕到，情急之下，他便躲藏在一片荒地之中，但人無法藏身。這時，忽見遠天飛來一群遮天蔽日的烏鴉。鴉群很快飛到他的身邊，上下翻飛不止，不肯遠去，把他遮蔽起來。追兵只見荒地上漫天遍野的烏鴉亂飛亂叫，心想那努爾哈赤一定是死了，烏鴉們正爭啄他的屍體，便放火燒荒。頓時漫天大火燒紅了半邊天，馬總鎮這才放心回去了。努爾哈赤因疲勞過度，倒在地上昏睡過去了，他身邊的黑狗見到大火，急忙用嘴將努爾哈赤拖到一片茂密的雜草叢中，又在泥水中打滾兒，將火擋在泥濘外圍，使努爾哈赤大難不死。而黑狗卻被活活累死。努爾哈赤醒來時，明白了一切。從此，滿族人對狗和烏鴉都格外崇敬，如有不敬，會遭砍頭的懲罰。
瑪哈嘎拉——烏鴉面怙主，格魯、噶舉（惹瓊巴）傳承
這個傳說與瑪哈嘎拉護佑眾生的方法十分一致。因為瑪哈嘎拉會變化出各種形象來保護人們，最常見的是烏鴉、黑狗、青狼和黑人。這個故事體現出滿、蒙、藏民族之間長久以來存在著文化相互融合的現象。皇太極執政時期，在與察哈爾部的征戰中，該部的墨爾根喇嘛牽著一頭白駱駝，駝滿寶物投奔後金。寶物中有瑪哈嘎拉金佛像、金子佛經和傳國玉璽，其中瑪哈嘎拉金像由大元帝師八思巴親手製作，經世代相傳被視為蒙古的鎮國之寶。當白駱駝走到盛京近郊便臥地不起，不久死去，皇太極得到金佛像，以為“統一天下”之吉兆，後金天聰九年（1636）皇太極敕建實勝寺供奉瑪哈嘎拉，金像被安放在大雄寶殿與佛同龕。但瑪哈嘎拉像莫名其妙地三次飛到大殿頂上，面朝東方。於是，寺院特建瑪哈嘎拉像金佛樓，金佛面朝東方，與西藏薩迦寺、青海文都寺、北京白塔寺的瑪哈嘎拉像的朝向完全一致。清朝定鼎後，康熙、乾隆、嘉慶、道光等皇帝東巡駐蹕盛京時，皆到實勝寺拜佛。乾隆皇帝還在北京的香山仿建此寺院，亦賜名“實勝寺”，用來供奉瑪哈嘎拉護法神。
現在瀋陽市中心的皇寺（實勝寺）門前雕塑著一頭巨大的白駱駝，背上箕踞著一尊瑪哈嘎拉像，真實的記載著當年的歷史場景。
清朝入住北京後，建立瑪哈嘎拉廟等諸多瑪哈嘎拉道場。
香巴噶舉傳承瑪哈嗄拉
1748年，清軍平定四川大小金川，首戰失利，於是參酌入關前與明軍作戰經驗，在北京香山“設石碉”、“造雲梯”、訓練攻碉部隊。當大金川一役勝利後，乾隆皇帝仿皇太極在香山建實勝寺，慶祝大金川之戰勝利，並祈禱瑪哈嘎拉戰神，最終大獲全勝，乾隆皇帝賦詩並留下四體文《御製實勝寺碑》。
四臂瑪哈嘎拉，為《勝樂續》所出，為勝樂的不共護法
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