應充分理解中央精神，以“創新、協調、綠色、開放、共享”為發展理念，迴歸特色小鎮建設的基本價值，正確處理政府和市場主體的關係，客觀看待房地產企業投資特色小鎮行為，建立有效的約束和激勵機制，真正建設一批“生產、生活、生態”深度融合的特色小鎮。
當前，我國處於經濟社會發展的新常態時期，也是全面建設小康社會的決勝期。特色小鎮建設為我們提供了產業發展新平臺、“四化同步”新載體和新型城鎮化供給側改革新抓手，具有重要的時代性意義。當前和今後一個時期，是推進特色小鎮建設的關鍵時期。我們研究發現，當前特色小鎮建設熱情高漲，各級政府也推出了一系列支持政策，取得了很大成效，但政府、企業和相關支持部門在認識上還存在一定的偏差，我們需要回歸特色小鎮的價值本位，從“產城人文”四位一體的視角出發，系統性設計特色小鎮的支撐架構，有效促進特色小鎮健康發展。——國務院發展研究中心
特色小鎮 • 管理混亂
行政主管機構多頭，基本申報條件存在分歧，給特色小鎮的申報和推進工作帶來了較大困擾。
主管部門分歧：發改委？城鄉建設部？體育總局？林業局？其他？
資金來源分歧：專項資金？內部預算？其他機構？
鎮制分歧：建制鎮？非建制鎮
特色小鎮 • 模式同化
開發區模式傾向凸顯，存在將特色小鎮建設作為招商引資“風口”和指標任務逐級下派傾向
地方政府和企業對政策理解存在不同程度的偏差，且越往基層越嚴重。
些地區將特色小鎮概念無限擴大，將一些新規劃的農業項目、教育項目、工業項目、安置項目、生態保護項目等都冠以特色小鎮的名義；有些地區想借助特色小鎮的概念來爭取款項改造舊城區；有的地區想借助特色小鎮的概念來解決道路交通、汙水處理問題；還有些地區急於搞特色小鎮，抓住任何一個產業或行業的名字，或某房地產樓盤的名字都直接披上特色小鎮的外衣。
開發區式的行政主導，存在政府大包大攬、盲目追求短期政績傾向
一些地方習慣於投資驅動思維，習慣於建設產業園區的傳統模式，仍以地方國企和政府投資平臺為主體，潛藏著鉅額政府債務風險。一些地方政府貪大、求多、圖快，追求短期利益和表面形象變化，而對於特色小鎮培育週期、投資規模、完成數量設置過高要求。為急於出成果、忙於出政績，一些經濟發展基礎比較一般的地級市也提出要打造數十個特色小鎮。
一些地方政府存在計劃經濟思維，要求逐級下派分配任務，完成某些數量指標
有些地方要求各市、區、縣均要選擇出各自的特色小鎮培育試點，計劃形成所謂“省、市、縣分級創建的特色小鎮格局”。這種分級創建的思路聽上去很美，尤其是將特色小鎮按行政級別分為不同的層次後，看上去很具有層次性、邏輯性和可操作性。但是，這與國家要求集中力量重點培育基礎條件較好的特色小鎮的初衷並不一致。尤其是，在中西部落後地區，這種分級創建的思路和“撒胡椒麵”式的配置有限優質資源沒有多大區別，這很有可能造成新的投資浪費和爛尾工程。
特色小鎮 • 市場定位不準
市場主體定位不準，存在將特色小鎮作為“拿地拿錢”的招牌和盲目跟風現象
特色小鎮相關通知中明確要求“政府引導、市場（企業）主導”，但一些地方政府認為一些“穩賺不賠”的生意尤其是一些壟斷性的收費項目必須由政府牽頭來做，將一些難度大、賺錢少、週期長甚至賠錢的項目讓企業來主導，這顯然難以成功。有的政府在與社會資本合作過程中在特許經營、合理定價、財政補貼等方面會擔心承擔很多責任，或者擔心一些稅收來源消失，拒絕與社會資本進行合作，持觀望態度。有些政府甚至“無為而治”，給出一片荒地，要求投資企業完全“自投、自建、自運營”，還要求過一段時間後進行“移交”，這完全是將政府本應該承擔的一些基礎公共設施和服務責任轉嫁給了投資企業這個“冤大頭”。事實上，只有政府和企業認清職責、站好位置、深度合作，才能將特色小鎮建設運營成功。
尤其是一些房地產企業，因為具有投資資金，所以誘導政府合作建設特色小鎮，但真實目的可能是要拿地和拿政府貼息貸款，並沒有打算對特色小鎮的“產業、文化、旅遊、社區功能”進行系統性的投資、運營，還美名其曰從“生活側”入手，事實上是搞住宅小區建設，而對小鎮未來主導產業的設計則主要是根據地方政府領導的偏好來進行，目的是形成能順利通過的方案，而不是發展可以支撐小鎮發展的產業。
特色產業是支撐特色小鎮可持續發展的生命力，也是特色小鎮賴以存在的基本理由。一些地方對本地特色產業、資源稟賦、文化遺存等比較優勢認識和挖掘不深，不顧發展階段、經濟水平和特色小鎮生成與發展的基本規律，所確定的產業和功能脫離實際，在發展模式上簡單模仿、生搬硬套，在建設標準和行動步驟上盲目設定，希望通過稅收優惠、資金補貼、用地傾斜等優惠政策來維持小鎮運轉。
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