《監察法》和《國家監察委員會管轄規定（試行）》出臺後，明確監察機關以級別管轄和地域管轄相結合的管轄原則，並明確規定工作地點在地方，幹部管理權限在主管部門的公職人員涉嫌職務違法或職務犯罪的管轄辦法。但在實踐中，因各地具體情況不同，仍留下不少值得探討的空間。
關於駐地國企職務違法犯罪案件的調查問題。實踐中，如中鐵、中建等大型國企雖設有紀委部門，但缺乏行使監察工作的法律依據。同時，改革前由於檢察機關調查職務違法和職務犯罪案件實行的是屬地原則，導致該類單位人員職務違法犯罪案件的查辦長期依靠駐地檢察機關辦理。改革後，該類單位在調查此類案件時，無論經驗、能力、人員，還是專業性都與案件查辦要求差距較大。如按照現有規定，需逐層報至國企單位的派駐紀檢監察組後，由派駐紀檢監察組與地方監委協商指定管轄後再移交案件線索，這無疑增加監督執紀的時間成本和機會成本，給人員控制、財產追繳等帶來巨大挑戰。
案件移交環節如何履行審批程序的問題。《國家監察委員管轄規定（試行）》第二十九條規定“派駐紀檢監察組認為由其工作所在地監察機關調查更為適宜的，應當及時同其工作所在地有關監察機關協商決定，並履行相應的審批程序。”但該條對如何履行審批程序的細則卻未予以明確。過往各地檢察機關與國企單位就案件線索移交、辦案協作等方面，都會建立相應的移送協查制度和聯席會議制度。而在監委成立後，這一塊的銜接存在空白，這就給國企單位不少“大官小貪”“小官小貪”留下縫隙。再如對國企管理人員的有關問題向地方監委舉報，由於不屬於管轄範圍而需履行相應的審批手續，但因審批程序不明確，導致銜接不順暢，易發生“跑風漏氣”的情況。
要處理好以上問題，就需要下好“頂層設計”這盤棋。可以嘗試從以下兩個方面探索和實踐。
一是派駐之上“再派駐”。大型國企往往管理層級較多、整體架構龐大、下屬單位較多。如中國中鐵下設中鐵一局、二局等多家一級單位，中鐵一局又下設廣州分公司、重慶分公司等多家二級單位，這就導致在查辦國企基層單位公職人員職務犯罪案件時手續繁瑣、難度較大。據此建議可按照分級管理原則，由派駐在國企的紀檢監察組向下屬單位再派駐紀檢監察機構或監察專員，同下屬單位的紀委合署辦公，按照幹部管理權限，給予其移送案件線索的權限。
二是建立地企協作機制。按照幹部管理權限，強化地方監察機關和駐地國企單位的協作配合，充分利用地方監察機關辦案經驗、人員配置、調查手段、專業能力的優勢，探索建立案件移送制度，實現與駐地國企案件移送的順暢銜接。駐地國企下屬單位發現所屬公職人員存在職務違法犯罪線索的，按照幹部管理權限，以派駐紀檢監察組名義向被調查人工作所在地監委發出商請指定管轄函，由地方監委進行調查。地方監委發現駐在國企人員職務違法犯罪線索的，層報至上一級監委審批後，將線索移交至駐在國企的上一級單位，由其進行處置查辦或聯合辦理，從而實現線索互通，推動國企領域反腐敗工作向縱深開展。
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