飞机的飞行高度一般会考虑到很多因素，包括安全性、经济性、任务需要、性能限制等等。其中对于客机来说，安全性和经济性是要优先考虑的。
一般来说，高度越低的大气越稠密，随之而来的空气阻力就越大，需要消耗的燃料也越多。同时，地球的主要大气活动，例如飓风、雷电、暴雨等等基本发生在对流层，对流层的下界与地面相接，上界高度随地理纬度和季节而变化，它的高度因纬度而不同，在低纬度地区平均高度为17～18公里，在中纬度地区平均为10～12公里，极地平均为8～9公里，并且夏季高于冬季。这些大气活动是飞行安全的大敌，在螺旋桨飞机时代，由于飞行高度普遍较低，发生过不少恶劣天气造成的空难。
那么是不是飞得越高越好呢？也不是。毕竟飞机需要大气来提供升力，也需要空气来让发动机正常运转。飞行高度太高的话，飞机的飞行稳定性会变差，发动机性能也会下降，甚至可能停止运转，同样会影响安全。事实上，对流层之上平流层就有这方面的问题了，所以真正在平流层进行正常飞行的飞机也不是太多。
后来人们注意到，对流层实际上也可以再细分为下层、中层和上层。大气运动主要发生在下层和中层，而从6公里高度伸展到对流层的顶部的上层中，气温常年都在0℃以下，水汽含量较少，各种云都由冰晶和过冷水滴组成。除了在中纬度和热带地区，这一层中常出现风速等于或大于30米/秒的强风带，即所谓的急流之外，其他类型影响飞行的大气运动很少。而这些强风带一般也是能通过雷达提前发现的。
所以，两相权衡之下，现在的大一点的民用飞机一般都选择在对流层的上层飞行，按照相关规定，短航线的飞机一般在6000米至9600米飞行，长航线的飞机一般在8000米至12600米飞行。
至于军用飞机，一般是根据任务来确定。比如侦察机的高度一般都会比较高，当年的U-2侦察机飞行高度在22000米以上；对地支援飞机则会飞的比较低，为了便于及时反应，一般会在1000-2000米的高度飞行；战斗机就比较灵活了，基本上会根据需要来。（来源：刨根问底儿）
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