以下內容為第一季和第二季的關鍵劇情！
距今超過一百年前，人類出現了天敵巨人，他們與人類之間有著壓倒性的力量差距，倖存的人類為此築起了圍牆，但在845年，這一百年的平衡最終被打破，隨著超大型巨人和鎧之巨人的襲來，堅固的城牆被輕易打破，人類再度陷入了被巨人所支配的恐懼當中，對於自身弱小感到絕望的艾倫，最後也只能眼睜睜的看著母親被巨人給吃掉。
為此艾倫與童年玩伴三笠，艾爾敏一同加入了訓練兵團，與104期的同伴一同學習為了打倒巨人而開發的立體裝置，每天勤奮進行訓練之時，超大型巨人再次來襲，並破壞了託洛斯特區的城牆，巨人從破壞的破洞中再次襲來，而艾爾敏也因此遇到危機，在絕境之時，艾倫為了拯救艾爾敏被巨人給吞噬。
三笠以為艾倫已經死於巨人之口，為此失去了應有的冷靜，在面對無可奈何的大量巨人時，一位神秘的巨人出現了，而這位謎之巨人的身份正是艾倫，由於被巨人吞噬，導致艾倫體內的巨人得到覺醒，為此艾倫也被人類視為了人類的敵人，艾倫為了證明自己，再度巨人，併成功堵住了城牆的大洞，這也是人類對抗巨人第一次獲得勝利。
艾倫也為此得以進入，由艾爾文團長，利威爾兵長，韓吉分隊長等人所率領的調查兵團，而艾倫則是被分配到了利威爾班，調查兵團再次出城進行調查，這次出現了與至今巨人不同的女巨人，並且具有明確的意識，只為了追逐艾倫的行蹤，面對這樣的強敵，調查兵團卻想到的是將其活捉，但作戰失敗了。
由於活捉女巨人作戰失敗，利威爾班的成員一個個相繼犧牲，艾倫在後悔與憤怒之下再度巨人化，但與女巨人作戰再度以失敗告終，艾倫還差點被活捉，最後在利威爾與三笠的努力之下才得以倖存，但依然付出了慘重的代價，不過通過作戰，團長確認了女巨人的身份是阿妮，阿妮的身份暴露之後，與艾倫再次展開激戰，在戰鬥絕境之時，阿妮使用巨人的硬化能力，將自己封入了水晶的結晶之中。
在巨人的秘密逐漸明瞭之時，巨人再次來襲，為了調查羅塞之牆的狀況，調查兵團兵分四路進行調查，而此時出現了一位會說人話的“野獸巨人”，並且還能命令部分無垢巨人，後來獸巨人再次向西班的克里斯塔等人襲來，在整個小隊陷入絕境之時，尤彌爾化身巨人登場，憑藉一人之力與大量巨人戰鬥。
而尤彌爾之所以不惜暴露自己化身巨人進行戰鬥，只是為了克里斯塔一人，最後在三笠等人陸續趕來，戰鬥才得以取勝，克里斯塔也為此說出了她的真實身份，名叫希斯特莉亞，此戰之後，萊納和貝爾托特將自己的身份向艾倫全盤托出，正在艾倫困惑之時，三笠發現狀況後，率先發動攻擊，但還是沒能阻止他們兩人的巨人化。
萊納和貝爾托特巨人化之後，艾倫也立刻變身巨人迎擊鎧甲巨人，就在艾倫看似優勢之際，隨著超大型巨人的介入，讓形式立刻逆轉，失去意識的艾倫與尤彌爾一同被帶走，醒來的艾倫得知了萊納和貝爾托特原來是來自於牆外的戰士，就是為了能帶走艾倫體內的力量才來到了牆內潛伏這麼多年。
團長在此時帶領調查兵團抵達了巨大樹之森，鎧甲巨人再次帶著他們幾人準備逃跑，團長為了能不擇手段都要救回艾倫，下令引來了大量的無垢巨人，為此團長也失去了一條手臂，併發生了團長在巨人口中指揮的一幕，也讓人看的熱血沸騰，最後艾倫被成功救回。
但剛脫離鎧甲巨人之手的艾倫，新危機再次來臨，當年那個吃掉了艾倫母親的巨人再次出現，阻擋這艾倫與三笠的去路，在這絕境之時，三笠對艾倫來了一個深情告白之後，不知為何，艾倫體內的力量再次覺醒，並使出了強大的“座標之力”，並命令在場的無垢巨人使他們成功脫險。
此戰之後，巨人的秘密逐漸公開，團長也發現了，其實巨人本身也是人類，而具體蘊含著怎樣的不可告人的秘密，在今晚即將上映的第三季中，想必會逐漸揭曉，盡請期待吧
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