9·11事件當中的主要疑點包括飛機撞毀一摩天大廈的可能性，五角大樓的缺口直徑與飛機直徑不符，聯合航空93號班機的碎片以及劫機者的生死等疑點。襲擊後，美國政府旋即公佈劫機者名單，不久後以消滅塔利班政權及捕捉本·拉登為名向阿富汗宣戰，之後又以搜尋大殺傷力武器為名向伊拉克宣戰；因此陰謀論者認為該襲擊目的是布什政府自導自演為維護美國的國際地位，達到霸權和平目的，以便控制世界。
在美國，陰謀論通常都不會受到媒體的歡迎，並運用科學證據加以批評，九一一陰謀論也不例外。然而九一一陰謀論不乏知名人士相信，更有組織地遊行示威、出版書籍、紀錄片等向民眾宣傳九一一陰謀論，其中較著名的便是紀錄片《脆弱的變化》。
2017年7月，前CIA特工馬爾科姆·霍華德（Malcom Howard）在臨終前透露，他曾隨一個4人爆破小隊炸燬世貿中心七號樓。
9·11事件是美國最嚴重的恐怖攻擊事件。美國東部時間2001年9月11日早晨8:40，四架美國國內航班幾乎被同時劫持，其中兩架撞擊位於紐約曼哈頓的摩天大樓世界貿易中心，一架襲擊了位於首都華盛頓特區西南方弗吉尼亞州阿靈頓縣的五角大樓——美國國防部所在地。世貿的兩幢110層大樓在遭到攻擊後相繼倒塌，附近多座建築也受震而坍塌，而五角大樓的部分結構被大火吞噬。第四架被劫持的飛機聯合航空93號班機在賓西法尼亞州墜毀，失事前機上乘客試圖從劫機者手中重奪飛機控制權。這架被劫持飛機目標不明，但相信劫機者撞擊目標是美國國會山或白宮。
有報道分析，認為大樓的倒塌並不是因為飛機的直接衝撞，而是飛機內滿載的航空煤油傾瀉進入大樓引起的大火所釋放出的巨大熱量，軟化了支撐大樓的鋼筋骨架，最終導致世貿中心大樓在自身重力的作用下坍塌。但是，也有一批建築學家認為僅憑大火併無法令大樓倒塌。
根據《脆弱的變化》，指出建築歷史上的所有鋼筋大樓，並沒有一棟是因為燃燒而倒塌的，大樓倒塌的速度與裝有炸藥的拆樓解體相類似。當時的紐約市長魯迪·朱利安尼迅速地將世貿殘骸當作廢物運出國外，當中有否炸藥引致的爆炸痕跡已經不能被鑑別。至於飛機撞擊大樓後漏出的燃油所燃燒的高溫，並不足以將鋼筋燒溶以至影響全棟大廈的結構。前美國勞工局首席經濟師摩爾根·雷諾茲，九一一真相運動參與人，一樣認為那兩架客機並不能推倒世貿大樓。
一些反對陰謀論的人認為兩架波音767客機的衝擊，損毀雙塔支撐柱與鋼板樓面支架，導致雙塔周邊支柱向內坍塌，以及鋼板樓面被直往下拉。
世貿七號大樓並沒有受到任何飛機撞擊或恐怖攻擊，但在一號及二號大樓倒塌後不久，七號大樓亦隨之倒塌。根據《脆弱的變化》，七號大樓倒塌前有一些閃光，因此認為是建築物內的炸藥引爆而發出的閃光，導致七號大樓倒塌，但有人指出是因為世貿一號和二號大樓倒塌後，使鄰近的七號大樓受到大面積波及破壞，而樓內變電站油庫起火令七號大樓倒塌。 [3]
襲擊當天，BBC在報道世貿中心7號樓已倒塌的消息時，人們可以清晰地看見直播畫面中的七號大樓還是完好無損的，20多分鐘後才爆炸。2017年7月，前CIA特工馬爾科姆·霍華德（Malcom Howard）在臨終前透露，他曾隨一個4人爆破小隊炸燬世貿中心七號樓。根據《九一一調查報告》，聯合航空93號班機墜毀於賓夕法尼亞州，原因是劫機失敗，不過有人指出是一架美國軍機擊落的。此說法是由David Ray Griffin在他的書籍《新珍珠港》（The New Pearl Harbor）提出。
在四架被劫機的航班之中，當中每航班至少一名劫機者有操控飛機的能力。《脆弱的變化》指出，美航77的其中一人Hano Hanjour曾在2001年8月去馬里蘭州租借一架小型飛機，但是當他進行第三次飛行測試時，表現出他對單引擎飛機塞斯納C-172的操控能力非常糟糕，飛行能力中等偏下。然而，美航77在撞擊五角大樓前，曾在2分半鐘內下降至7000尺，期間轉了270度，展現出一個螺絲型俯衝，以便對準目標。陰謀論者認為對於一個飛行能力中等偏低的人，幾乎是不可能的。
生死之謎
2001年9月14日，美國官方公佈了19名劫機者名單，但在9月23日，英國廣播公司找到至少9人仍然生還，
在九一一事件發生之後，美國大大小小的官員對九一一事件的說法不一：
“有很多預警。”——國防部長拉姆斯菲爾德
“是政府的失敗。”——白宮顧問理查·克拉克
“我認為沒有人可以預見這些恐怖份子會劫持客機像導彈一樣撞向世貿大樓。”——國家安全顧問康多莉扎·賴斯：
“沒有預警。”——新聞秘書長阿里·弗萊舍：
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