9·11事件当中的主要疑点包括飞机撞毁一摩天大厦的可能性，五角大楼的缺口直径与飞机直径不符，联合航空93号班机的碎片以及劫机者的生死等疑点。袭击后，美国政府旋即公布劫机者名单，不久后以消灭塔利班政权及捕捉本·拉登为名向阿富汗宣战，之后又以搜寻大杀伤力武器为名向伊拉克宣战；因此阴谋论者认为该袭击目的是布什政府自导自演为维护美国的国际地位，达到霸权和平目的，以便控制世界。
在美国，阴谋论通常都不会受到媒体的欢迎，并运用科学证据加以批评，九一一阴谋论也不例外。然而九一一阴谋论不乏知名人士相信，更有组织地游行示威、出版书籍、纪录片等向民众宣传九一一阴谋论，其中较著名的便是纪录片《脆弱的变化》。
2017年7月，前CIA特工马尔科姆·霍华德（Malcom Howard）在临终前透露，他曾随一个4人爆破小队炸毁世贸中心七号楼。
9·11事件是美国最严重的恐怖攻击事件。美国东部时间2001年9月11日早晨8:40，四架美国国内航班几乎被同时劫持，其中两架撞击位于纽约曼哈顿的摩天大楼世界贸易中心，一架袭击了位于首都华盛顿特区西南方弗吉尼亚州阿灵顿县的五角大楼——美国国防部所在地。世贸的两幢110层大楼在遭到攻击后相继倒塌，附近多座建筑也受震而坍塌，而五角大楼的部分结构被大火吞噬。第四架被劫持的飞机联合航空93号班机在宾西法尼亚州坠毁，失事前机上乘客试图从劫机者手中重夺飞机控制权。这架被劫持飞机目标不明，但相信劫机者撞击目标是美国国会山或白宫。
有报道分析，认为大楼的倒塌并不是因为飞机的直接冲撞，而是飞机内满载的航空煤油倾泻进入大楼引起的大火所释放出的巨大热量，软化了支撑大楼的钢筋骨架，最终导致世贸中心大楼在自身重力的作用下坍塌。但是，也有一批建筑学家认为仅凭大火并无法令大楼倒塌。
根据《脆弱的变化》，指出建筑历史上的所有钢筋大楼，并没有一栋是因为燃烧而倒塌的，大楼倒塌的速度与装有炸药的拆楼解体相类似。当时的纽约市长鲁迪·朱利安尼迅速地将世贸残骸当作废物运出国外，当中有否炸药引致的爆炸痕迹已经不能被鉴别。至于飞机撞击大楼后漏出的燃油所燃烧的高温，并不足以将钢筋烧溶以至影响全栋大厦的结构。前美国劳工局首席经济师摩尔根·雷诺兹，九一一真相运动参与人，一样认为那两架客机并不能推倒世贸大楼。
一些反对阴谋论的人认为两架波音767客机的冲击，损毁双塔支撑柱与钢板楼面支架，导致双塔周边支柱向内坍塌，以及钢板楼面被直往下拉。
世贸七号大楼并没有受到任何飞机撞击或恐怖攻击，但在一号及二号大楼倒塌后不久，七号大楼亦随之倒塌。根据《脆弱的变化》，七号大楼倒塌前有一些闪光，因此认为是建筑物内的炸药引爆而发出的闪光，导致七号大楼倒塌，但有人指出是因为世贸一号和二号大楼倒塌后，使邻近的七号大楼受到大面积波及破坏，而楼内变电站油库起火令七号大楼倒塌。 [3]
袭击当天，BBC在报道世贸中心7号楼已倒塌的消息时，人们可以清晰地看见直播画面中的七号大楼还是完好无损的，20多分钟后才爆炸。2017年7月，前CIA特工马尔科姆·霍华德（Malcom Howard）在临终前透露，他曾随一个4人爆破小队炸毁世贸中心七号楼。根据《九一一调查报告》，联合航空93号班机坠毁于宾夕法尼亚州，原因是劫机失败，不过有人指出是一架美国军机击落的。此说法是由David Ray Griffin在他的书籍《新珍珠港》（The New Pearl Harbor）提出。
在四架被劫机的航班之中，当中每航班至少一名劫机者有操控飞机的能力。《脆弱的变化》指出，美航77的其中一人Hano Hanjour曾在2001年8月去马里兰州租借一架小型飞机，但是当他进行第三次飞行测试时，表现出他对单引擎飞机塞斯纳C-172的操控能力非常糟糕，飞行能力中等偏下。然而，美航77在撞击五角大楼前，曾在2分半钟内下降至7000尺，期间转了270度，展现出一个螺丝型俯冲，以便对准目标。阴谋论者认为对于一个飞行能力中等偏低的人，几乎是不可能的。
生死之谜
2001年9月14日，美国官方公布了19名劫机者名单，但在9月23日，英国广播公司找到至少9人仍然生还，
在九一一事件发生之后，美国大大小小的官员对九一一事件的说法不一：
“有很多预警。”——国防部长拉姆斯菲尔德
“是政府的失败。”——白宫顾问理查·克拉克
“我认为没有人可以预见这些恐怖份子会劫持客机像导弹一样撞向世贸大楼。”——国家安全顾问康多莉扎·赖斯：
“没有预警。”——新闻秘书长阿里·弗莱舍：
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