盐酸随食糜排入小肠后，可间接地引起胰液、胆汁和小肠液的分泌。
盐酸造成的酸性环境，有助于小肠内铁和钙的吸收。但盐酸分泌过多对胃和十二指肠黏膜有侵蚀作用，是溃疡病发病的主要原因之一。
胃蛋白酶原：胃蛋白酶原由泌酸腺的主细胞合成并分泌。胃蛋白酶原本身无生物学活性，进入胃后，在盐酸的作用下，它被水解掉一个小分子的肽链，转变为有活性的胃蛋白酶。胃蛋白酶本身也可激活胃蛋白酶原。
胃蛋白酶的生物学活性主要是水解蛋白质分子内部的肽链，产生多肽与少量的氨基酸。胃蛋白酶作用的最适pH为2～3.5，随着pH的升高，酶活性逐步降低，当pH超过5时，将发生不可逆的变性。因此，胃蛋白酶进入小肠后，将失去水解蛋白质的能力。
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