在江苏省会南京市，有三所医药类顶尖院校，分别是南京医科大学、中国药科大学、南京中医药大学。南京医科大学是全国首批六年制医药院校，全国首批博士、硕士学位授予单位。中国药科大学一所在药学界享有盛誉的教育部直属、国家“211工程”和国家“双一流”建设高校（一流学科）。2018“软科世界一流学科排名”，世界药学学科排名里，学校排名全球第40名，位列亚洲第二，中国第一。南京中医药大学是国家“双一流”建设高校，被誉为中国“高等中医教育的摇篮”。
南京医科大学
南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。2015年9月，获准成为首批教育部、国家卫生计生委与省政府共建医学院校。
学校现有一级学科博士学位授权点8个、二级学科博士学位授权点50个、3个交叉学科博士学位授权点；一级学科硕士学位授权点12个、二级学科硕士学位授权点73个；博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类。
学校拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、28个国家临床重点专科、2个江苏省一级学科重点学科、3个江苏省一级学科重点培育学科。在全国第四轮学科评估中，公共卫生与预防医学在全国54所参评高校中获评A+等级。临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学和毒理学、免疫学、一般社会科学7个学科进入ESI全球排名前1%。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。
中国药科大学
中国药科大学坐落于古都南京。是一所在药学界享有盛誉的教育部直属、国家“211工程”和国家“双一流”建设高校（一流学科），是我国首批具有博士、硕士学位授予权的高等学校之一。2018“软科世界一流学科排名”，世界药学学科排名里中国内地共有50所大学上榜，其中学校排名全球第40名，位列亚洲第二，中国第一。
在历次教育部学位与研究生教育发展中心组织的全国学科评估中，药学、中药学学科排名始终名列前茅。在第四轮学科评估中，药学学科位列第一档。现有药学、中药学2个一级学科博士点，24个二级学科博士点；6个一级学科硕士点，37个二级学科硕士点。设有药学、中药学2个博士后流动站，可在23个专业接收博士后人员。
2017年，学校药理与毒理学、化学、临床医学3个学科领域的ESI排名进入全球前1%。最新数据显示，药理与毒理学学科排名跨入全球前1‰。在最新公布的自然指数排名中，我校排名位居内地高校第44位。根据2016中国科学评价研究中心（RCCSE）发布的指标，2016-2017年中国药科大学的药学、临床药学、药理学、药物分析学、生药学、药物化学、药剂学等7个学科，均位列全国第一。
南京中医药大学
南京中医药大学是国家“双一流”建设高校和江苏省高水平大学建设高校，是江苏省与国家中医药管理局共建高校。学校始建于1954年，是全国建校最早的高等中医药院校之一，南京中医药大学为新中国高等中医药教育培养输送了第一批师资，主持编写了第一套教材和教学大纲，诞生了中医药界最早的学部委员，为新中国高等中医教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为中国“高等中医教育的摇篮”。
学校现有国家一级重点学科1个，国家二级重点学科2个，国家重点（培育）学科2个；江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科2个、重点序列学科2个；江苏省重点学科10个；国家中医药管理局中医药重点学科33个。临床医学、药理学与毒理学2个学科进入ESI全球排名前1%。在全国第四轮学科评估中，学校中医学、中药学、中西医结合三个主干学科均进入A类。
学校是全国首批具有硕士学位、博士学位授权的单位之一。现拥有中医学、中药学、中西医结合、护理学4个博士一级学位点，学位点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科。2016、2017、2018连续三年《中国大学评价》综合排名位居全国中医药院校之首，2017年入围U.S.News世界大学排行榜。
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