市場上有種聲音，建議通過對PRRSV進行測序，並根據測序的結果選擇相似性高的PRRSV疫苗，這種觀點是否正確可行呢?
讓我們來利用科學的方法分析一下：
PRRSV總序列約15kb左右，目前測序的主要片段是GP5蛋白序列，這段序列的總長度約603bp[1] ，約佔總序列長度的4%，只通過對這段序列的測定說明其是否與某種PRRSV疫苗相似是不科學的，且病毒的多樣性，變異速度快，GP5的序列分析已經不能夠定義不同毒株之間的相似性。上萬養豬戶都加了18837103681，這個問題值得大家深思加掌握更信多養殖知識。
PRRSV的變異非常頻繁，不同毒株之間經常發生重組、缺失等，比如NADC30-like毒株在NSP2序列上發生3段缺失，總長度約131氨基酸，所以即使GP5測序的結果與某種PRRSV疫苗相似，也不能確證其他序列是否與其相似 。
PRRSV是RNA病毒，病毒的複製酶缺乏3′至5′端的校驗活性，保真性較低，病毒的變異是必然趨勢，並且豬場內往往存在多個毒株，PRRSV同一基因型的不同毒株間的致病性或毒力存在差異，有些毒株儘管基因型相似性很高卻有完全不同甚至天壤之別的致病性或毒力[1] 。所以豬場追求相似性高的疫苗防控PRRS疾病不具實際操作性。
那麼測序的目的是什麼呢?
1區分野毒還是疫苗毒
PRRSV弱毒疫苗注射機體後，會在體內增殖，並在體內存在一段時間(不同組織、不同毒株，機體的帶毒時間不一樣)。通過測序確定病毒是否為野毒感染，從而判斷豬場PRRSV感染的現狀和壓力。
2判斷豬場PRRS防控效果
使用合適的防控方法後，豬場內的PRRS野毒多樣性會下降，通過測序監測豬場野毒株的多樣性的變化，從而判斷豬場PRRS防控的效果。
3追蹤野毒的來源和演化
過測序發現野毒的來源，並據此為豬場確定正確的防控策略，如：毒株在本場以前存在，我們就需要加強內部生物安全和生產管理，而毒株來源於外部，說明豬場在外部生物安全方案存在問題。
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