為貫徹落實黨中央、國務院關於建立和實施國家海洋督察制度的重要決策部署，根據國務院批准的《海洋督察方案》，2017年11月20日~12月19日，國家海洋督察組第五組（簡稱督察組）對廣東省開展了圍填海專項督察和例行督察。經國務院批准，督察組於7月2日向廣東省政府進行反饋，自然資源部黨組成員、副部長庫熱西·買合蘇提通報督察意見，自然資源部黨組成員、督察組組長林山青出席會議。廣東省委副書記、省長馬興瑞作表態發言，副省長葉貞琴主持會議。廣東省政府有關部門、各沿海地市政府負責同志等參加會議。
督察認為，黨的十八大以來，廣東省政府堅決貫徹黨中央、國務院關於海洋強國建設和生態文明建設的決策部署，按照習近平總書記對廣東提出的“四個堅持、三個支撐、兩個走在前列”要求，把海洋生態文明建設貫徹到經濟社會發展的全過程。廣東省第十二次黨代會提出，要建設海洋經濟強省，打造沿海經濟帶，拓展藍色經濟空間；出臺《廣東省海岸帶綜合保護和利用總體規劃》，作為全國首個省級海岸帶規劃試點，積極推進陸海統籌協調發展的制度創新。
廣東堅持綠色發展理念，大力發展海洋經濟，海洋生產總值連續22年居全國首位。加強海洋資源環境保護，出臺《廣東省生態文明建設行動計劃（2016年~2020年）》，統籌推進近岸海域綜合治理。探索建立海岸線使用佔補平衡和有償使用制度，將海洋生態紅線等指標列入全省生態文明責任制目標考核內容。下大力氣解決歷史遺留用海問題，目前已立案查處歷史違法圍填海項目149宗，處罰金額逾108億元。
廣東省高度重視海洋督察工作，按照督察組邊督邊改的要求，嚴肅查處群眾舉報的問題並及時向社會公開，營造了良好的輿論氛圍。截至2018年4月30日，督察組轉辦的322起舉報已辦結305件，其中立案處罰19件、責令整改196件、罰款1335.7382萬元、約談50人。
督察指出，廣東省海洋工作取得積極成效，但隨著實體經濟轉型升級和高速發展，沿海經濟社會發展與海洋環境資源承載能力之間的矛盾依然突出，海洋生態環境現狀與黨中央、國務院的要求以及人民日益增長的優美生態環境需要仍有差距。
一是圍填海項目審批不規範、監管不到位。省有關部門明知違法案件正在查處，仍然為茂名博賀新港區防波堤等3個項目辦理海域使用手續。潮州市、汕頭市在批准項目用海過程中論證、把關不嚴，導致本應由省政府審批的非透水構築物由市政府審批。深圳市、珠海市超越審批權限，違規將圍堰、暗渠等8宗改變海域屬性的非透水構築物或永久性用海作為臨時用海審批。
存在化整為零、分散審批現象。茂名市2個項目填海面積合計63.79公頃，填海位置相鄰、同屬粵西LNG項目的先期造陸工程，為項目接收站提供建設用地、用海申請人相同、同時辦理用海手續。上述項目均被拆分為單宗不超過50公頃的項目由省政府審批，規避國務院審批。
政府主導違法填海問題突出。2012年以來，全省查處未批先填的違法案件281宗，確認違法面積1627.42公頃。其中，政府主導違法填海面積1528公頃、佔比93.93%，其中廣州南沙開發區土地開發中心填海564.37公頃，珠海高欄港經濟區管理委員會填海239.64公頃，湛江經濟技術開發區東海島開發投資有限公司填海280.47公頃。
廣州、深圳等市填海成陸後空置嚴重。廣州市龍穴島2014年已填海成陸416公頃，至今仍有290公頃空置，空置率69.7%。深圳市大鏟灣港區項目2007年完成填海，436.14公頃陸域長達10年沒有項目落地，長期閒置。2002年以來，全省實際填海成陸14027.84公頃，空置2429.11公頃，空置率17.32%。
不按照海域使用管理規定辦理用海審批手續，對海域內用海項目直接辦理用地相關手續。海岸線修測成果經省政府批覆後，沿海市縣政府和有關部門貫徹落實不力。2012年以來，全省未依法辦理用海手續、直接辦理用地相關手續的海域258宗，面積1503.4公頃，佔用大陸自然岸線1.48千米，佔用海洋生態保護紅線區面積69.25公頃，不符合《廣東省海洋功能區劃（2011-2020年）》管控要求面積27.19公頃。
二是圍填海執法監管不力。存在以罰代管、填大罰小現象。陽江市2015年9月查處陽江港J7#碼頭工程違法填海行為，在當事人繳納罰款後繼續違法施工的情況下，對新增4.13公頃違法填海未立案查處，2017年3月仍取得海域使用權證。2011年7月至2012年11月期間，東莞虎門鎮人民政府未經批准填海5.64公頃建設環島路，2013年省海洋部門僅對其中0.2公頃違法填海進行查處，另有5.44公頃直至2017年10月才查處。
個別違法填海查處不及時、行政執法亂作為。珠海市2014年1月發現橫琴深井灣北岸臨時碼頭項目非法填海，直至2017年9月才立案查處。2017年，江門市新會區對廣東粵電新會發電有限公司廠區護岸工程非法填海，未及時依法作出處罰決定，使違法企業逃避海域監管，少交罰款3187.45萬元。廉江市2013年8月發現的龍頭沙國家一級漁港項目違法填海，直至2015年審計署審計指出時方立案，審計結束後立即撤案。
行政處罰名罰實保。中山翠亨新區管委會向其下屬企業返還違法填海罰款，目前已撥付2.7億元。茂名電白區財政局直接用財政資金支付電白區水東堤圍工程管理所應繳罰款3038.31萬元。湛江市對東海島開發投資有限公司違法填海處罰5.17億元，指定當事人將處罰款繳入湛江經濟開發區賬戶，未按規定繳入市財政的罰沒款專戶。
三是海洋生態環境保護問題突出。入海排汙口摸排清理工作滯後，底數不清，部分排汙口存在超標排放現象。督察組在瞭解入海排汙口設置等情況時，廣東省提供了548個入海排汙口、299個養殖排水口的情況，經督察組排查發現，全省各類陸源入海汙染源2839個（含891個養殖排水口），大量入海排汙口未納入監管。全省合法審批的入海排汙口僅125個，開展監測的75個入海排汙口中，有26個連續五年超標排放，部分重點排汙口鄰近海域水質常年超標。
部分海域陸源汙染治理形勢嚴峻。經河流攜帶入海的汙染物總量高達471萬噸/年，其中珠江口海域匯聚了全省入海汙染物總量的83%。2017年，全省40條入海河流斷面水質優良率為58%，劣V類比例為23%。陸源垃圾處理能力不足，成為海漂垃圾來源之一。受陸源汙染物排海影響，全省近岸仍有12%的海域為劣四類水質，主要分佈在珠江口、汕頭港、湛江港等近岸海域。
個別海洋保護區管理不到位。徐聞縣違規為徐聞珊瑚礁國家級自然保護區緩衝區內的圍塘養殖用海發放海域使用權證，直至海洋督察進駐結束才註銷。湛江國家級紅樹林自然保護區實際管控邊界與公佈邊界不一致，歷史形成的4800多公頃養殖場至今未完全清退，局部侵佔或破壞紅樹林現象依然存在；位於該保護區內的湛江晨鳴70萬噸木漿項目排汙口長期超標排放。
四是例行督察發現的其他問題。海島保護與管理工作存在薄弱環節。《海島保護法》實施以來，湛江市東耳環沙、汕尾市兩峽礁、牛屎礁、揭陽車礁等4個無居民海島，因粵東LNG等項目造成海島特性喪失；多個海島未經批准開發利用。海洋防災減災工作履職不到位。海水養殖活動缺乏有效監管。全省海水養殖面積約19.6萬公頃，辦理海域使用權證的面積僅2.67萬公頃，確權面積僅佔13.6%，大部分養殖用海未納入海域使用管理。大多數新建、改建、擴建海水養殖場未按照《海洋環境保護法》要求開展環境影響評價，各級漁業、環保和海洋部門均未將海水養殖廢水排放納入監管範圍，廢水直排破壞海洋生態環境。珠江口海域盜採海砂問題依然突出。
督察要求，廣東省各級政府要堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，全面貫徹落實新發展理念，徹底扭轉重開發輕保護的慣性思維。按照真追責、敢追責、嚴追責的要求，對政府主導未批先填，化整為零、分散審批，財政代繳或返還罰款等審批監管不作為、亂作為的情形，釐清責任，按有關規定嚴肅問責。實施最嚴格的圍填海管控制度，分期分批拆除違法且嚴重破壞生態環境的圍海。實施流域環境和近岸海域綜合治理，開展入海河流綜合整治，規範入海排汙口管理，嚴控陸源汙染物排放，切實保護海洋生態環境。加大無居民海島保護和海洋防災減災工作力度，切實推進有關問題整改到位。
督察強調，廣東省政府應根據《海洋督察方案》要求，結合督察組提出的意見建議，抓緊研究制定整改方案，在30個工作日內報送至自然資源部，並在6個月內報送整改情況。整改方案和整改落實情況按照《海洋督察方案》要求，及時通過中央和省級主要新聞媒體向社會公開。
督察組對督察發現的突出問題進行了梳理，形成問題清單，已按程序移交廣東省政府。
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