一:地緣政治因素
巴基斯坦位於南亞次大陸西北部，東臨印度，西接伊朗，西北與阿富汗交界，南面是阿拉伯海，與印度在歷史、意識形態、克什米爾歸屬問題上有著不可調和的矛盾，屬於死對頭；與伊朗在教派、卑路支地區的歸屬上有矛盾，雙方在阿富汗又有代理人勢力的鬥爭，巴基斯坦親伊朗死敵沙特導致雙方不愉快；巴基斯坦在歷史上曾作為英國僕從軍入侵過阿富汗，1893年英國官員杜蘭德在阿富汗東部、北部邊境劃拉了一條“杜蘭德線”，把阿富汗普什圖人的居住地給劃到了英屬印度（如今的巴基斯坦），封死了阿富汗的出海口，阿富汗一直想要奪回來……
二:民族矛盾
巴基斯坦的人口結構中（旁遮普族佔56%，信德族佔13%）印度斯坦系，普什圖族佔16%（阿富汗系），俾路支族佔4%等，作為少數派的普什圖族和俾路支族不滿旁遮普族在巴基斯坦的主導，俾路支族由於經濟、文化原因一直想從巴基斯坦獨立，普什圖族也缺少國家認同感，傾向於他們的阿富汗同胞。
三:宗教矛盾
巴基斯坦在1947年的“印巴分治”獨立前不存在共通的歷史和文化認同，連國名（Pakistan）都是東拼西湊組成的【即旁遮普（Panjab）、阿富汗尼亞（Afghania，即西北邊境省）、克什米爾（Kashmir）、伊朗（Iran）、信德（Sindh）、土哈利斯坦（Tukharistan）、阿富汗（Afghanistan）和俾路支（Balochistan）】，這種民族、語言、文化多元的碎片化地區如何凝聚統一是一個棘手問題?由於唯一的共通因素是伊斯蘭教，加上反印度的需要，因此巴基斯坦以宗教立國，雖然巴基斯坦96％的居民信奉伊斯蘭教，但全國教派林立，大小派別有七、八十個之多，主要派別有遜尼派和什葉派，遜尼派人數佔全國穆斯林的91%，什葉派人數佔全國穆斯林的5%，遜尼派中還分聖訓派、德奧班德派等支派，什葉派中有伊瑪目派和伊斯瑪儀派等，各派為了爭奪教派話語權和政治權力，鬥爭非常激烈。
四:政治動盪
巴基斯坦“宗教立國”的國家政策雖然防止了國家的分裂，保證了國家的整體性，但也導致宗教勢力尾大不掉，政府在實行政策時容易遭受宗教勢力掣肘，雙方的權力博弈始終存在。巴基斯坦缺乏合理運行的民主制度，文官政府和軍政府常常交替執政，多數時候以軍政府為主，不管是哪種勢力都容易出現腐敗問題，引發民眾和反對勢力的不滿，導致政治不穩定。
五:民生問題
巴基斯坦除了印度河流域外大部分地區氣候乾燥，水資源缺乏，農業生產困難，經濟又不發達，而本身的高生育率導致的人口爆炸使得民眾生活困難，也是引起國家動盪的因素之一。
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