故事的最開端，失控的浩克大鬧拉斯維加斯造成26個人員傷亡（詳見Fantastic Four 533-535），鋼鐵俠召集光照會投票表決後設計將浩克放逐進太空（之後造成了大事件“浩克世界大戰”）。
光照會最初由鋼鐵俠、奇異博士、X教授、神奇先生、黑蝠王、納摩組成，意在解決威脅地球乃至宇宙的重大危機，他們希望能在危機發生之前就防患於未然，並由他們來承擔地球的命運。
在浩克事件之後，政府更加急迫的推進超級英雄註冊法案，鋼鐵俠在私下弄到法案的初步草案後，再次召集光照會。鋼鐵俠希望在法案表決之前光照會的成員能先接受法案，然而此時X教授在大事件“馬格納斯之殿”後失蹤，奇異博士與納摩在嚴厲反對法案後離開，黑蝠王希望自己的子民能融入人類因此表示支持鋼鐵俠，只有同為高端科學家的神奇先生能完全理解鋼鐵俠並願意幫助他。鋼鐵俠之所以會支持法案，是因為作為科學家及未來學家的他看得更遠,他希望能在危難發生之前阻止危難，這也正是他組建光照會的原因（雖然最後往往事與願違）。鋼鐵俠並不是站在政府一邊，他同樣不信任政府，但他知道超級英雄與政府甚至公民間的矛盾最終會到不可調和的地步，他願意能由自己來掌控這一切（實際他希望能由光照會來掌控）。
鋼鐵俠的預言幾乎言中大半。少年英雄組織兼真人秀明星“新戰團”在一次抓捕超級惡棍的真人秀直播中出現重大失誤，反派硝化人自爆造成了大約八九百的人員傷亡（新戰團僅有速球一人倖存，而其他死傷者大多是附近學校的孩子），這就是壓死駱駝的最後一根稻草——“斯坦福德事件”。在追悼會上，一位失去孩子的母親痛斥了鋼鐵俠。
普通公民與超級英雄的矛盾日益激烈，神奇四俠之一的霹靂火在酒吧玩樂時被失去理智的市民襲擊入院，超級英雄註冊法案勢在必行。超級英雄們聚集在神奇四俠的巴克斯特大廈商討關於法案的問題，然而大多數英雄對法案持悲觀態度，蜘蛛俠為了自己的親人與愛人不願公開身份，夜魔俠等街頭英雄甚至認為“我們的事業完了”。與此同時，神盾局主管希爾將隊長招至紐約上空的天空母艦，她告訴隊長神盾局已經建立了一隻對抗超級人類的部隊並希望隊長能帶領復仇者站在神盾局及政府一邊。隊長自然不會答應，隨後激進的希爾妄圖抓捕隊長，隊長逃掉後正式轉入地下活動，開始組建並領導反註冊派。
同時，觀察者出現在巴克斯特大廈，這也正預示著悲劇即將發生。
華盛頓的政客們利用輿論手段加速超級英雄註冊法案的推行，鋼鐵俠自薦做為註冊派的領袖，與神奇先生及黃衫俠（漫畫中的黃衫俠是一代蟻人，漢克·皮姆）一起承諾將解決隊長及反註冊派的問題。可以看出科學家們思考問題的方式比較一致。
隨後，註冊法案正式通過。註冊派重要成員有鋼鐵俠、神奇先生（包括神奇四俠）、黃衫俠（以及前妻小黃蜂）、女浩克（其身份為律師，因此支持註冊）、驚奇女士（當時還未改名號為驚奇隊長，其為軍人所以支持註冊）。反註冊派重要成員有美國隊長、獵鷹、夜魔俠（雖然同為律師，為了保護其秘密身份而反註冊）、海格力斯、歌利亞（其為皮姆的助手，能力是變大）、幻視。鷹眼在大事件復仇者解散中死亡，雖然在隨後的大事件馬格納斯之殿中被複活，但並未露面因此沒有參加此次內戰，浩克已被放逐而雷神經歷了諸神黃昏處於失蹤狀態也同樣錯過了內戰。
神盾局此時開始秘密抓捕超級罪犯並強迫他們成為雷霆特工隊為政府效力，同時開始抓捕在時限內未註冊的超級英雄。少年復仇者在被抓捕後被偽裝混入的隊長及獵鷹救出，同時加入了反註冊派。隊長通過這種方式壯大反註冊派的隊伍。
鋼鐵俠在華盛頓召開發佈會，蜘蛛俠公佈了自己的身份並希望能為註冊法案贏得更多信任。
這個時候，不論是註冊派還是反註冊派，甚至代表政府的神盾局都還是保有理智的。鋼鐵俠像上帝祈禱希望自己正在做正確的事，神奇先生為了“正確的未來”演算無數種方案，隊長只是希望能救更多不願註冊的人，神盾局抓人時也儘量減小損失縮小傷害。
然而隨著雙方的第一次交鋒，事情終將朝著宿命中的悲劇發展。
隊長轉入地下後依舊喬裝打擊罪犯，鋼鐵俠利用這點，發出了假的化工廠著火的警報（實際上是一處鋼鐵俠私人的廢棄工廠），隊長及反註冊派全數到場救援，卻遭遇到了鋼鐵俠及註冊派，神盾局的部隊也在附近待命。為了防止反註冊派傳送逃跑，註冊派用鎮靜劑武器放倒了年輕的英雄斗篷與法師。鋼鐵俠說明來意，鋼鐵俠為隊長他們向神盾局爭取了最後一次特赦，希望隊長能投降。
但是隊長知道神盾局就埋伏在周圍，他們沒打算讓反註冊派離開（不管隊長選擇了什麼），同時隊長也為鋼鐵俠的圈套以及傷害了兩位年輕的英雄感到憤怒，因此隊長選擇了開戰。
戰鬥終究是殘酷的，尤其發生在英雄之間。
膠著的戰鬥隨著一道巨大閃電而變的失去了懸念。
雷神天神一般降臨戰場，反註冊派潰不成軍（漫畫中雷神的實力遠高於其他英雄）。但這個雷神彷彿失去了理智，一擊閃電殺死了歌利亞，並妄圖對所有反註冊派的人下殺手。關鍵時刻，目睹歌利亞死亡的隱形女開啟力場保護住反註冊派所有人，鋼索弄醒了斗篷，斗篷將所有人傳回了反註冊派秘密基地。同時神奇先生念出一段口令，雷神停止了動作。原來這個雷神是黃衫俠幫助（他弄出了奧創你們懂的）神奇先生製作出的仿生機器人,而這個仿生機器人失控了。
歌利亞的死對雙方的打擊都很大，反註冊派的一些人在見識到雷神的威力後選擇投奔註冊派，隊長對此並不反對。
而註冊派的動盪更大，隱形女在給神奇先生留下一封深情的信後帶著弟弟霹靂火離開巴克斯特大廈投奔隊長，石頭人選擇離開美國遠離這場紛爭。荒衫俠因為自己參與制造的機器人殺死了自己的好朋友及助手歌利亞再次陷入抑鬱症之中（抑鬱症始於奧創），蜘蛛俠也開始懷疑自己的立場與整件事的初衷。
鋼鐵俠雖然非常悲痛失去了一位曾經的戰友，但也更加堅定了他必須要完全掌控這一切的信念。
註冊派失去了大量人手，五十州別動隊（由科學組製作仿生機器人及接受註冊和訓練的超級英雄組成，計劃分佈到美國五十個州承擔之前超級英雄們的任務）尚未完成，於是只能將雷霆特工隊投入戰鬥。
蜘蛛俠找到鋼鐵俠，表示要退出復仇者以及註冊派。
鋼鐵俠苦心想攔下蜘蛛俠，而心意已決的蜘蛛俠一心只想離開，卻引來了神盾局的別動部隊，希爾在得到了消息後決意派出雷霆特工隊抓捕蜘蛛俠，拒絕了鋼鐵俠想再和蜘蛛俠談談的請求（鋼鐵俠依然沒有放棄蜘蛛俠），但事情已經脫離了鋼鐵俠的掌控。雷霆特工隊的小丑與南瓜頭傑克雖然得到命令（其實是被神盾局以生命要挾）不能傷及蜘蛛俠的性命，卻把蜘蛛俠打的半死，好在懲罰者這時出現將小丑與南瓜頭傑克爆頭後救下蜘蛛俠，將其送往隊長的新總部。英雄們雖然看不爽懲罰者平日的做派（見反派便殺戮之），但這種危難時刻也只能勉強的接受了懲罰者的加入。
與此同時隱形女和霹靂火也到達隊長新基地。但是包括斗篷（有關鍵的傳送能力）和匕首在內的越來越多的未註冊超級英雄被神盾局抓住送往42號反物質監獄。隊長開始策劃劫獄，將擁有變身能力的小浩克派往亞利桑那州。
一向以理智著稱的科學組（神奇先生及鋼鐵俠）在抓捕未註冊英雄的同時，也沒有停止自己的思考與對未來的規劃。
此時在亞利桑那州的神盾局基地，漢克·皮姆一邊吃著抗抑鬱藥一邊加班加點的對各種神的仿生機器人進行調試以及訓練。然而小浩克已經潛入了這裡。
今天先介紹到這，感謝各位明天繼續觀看~
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