天才物理學家湯川學（福山雅治 飾）此次又受內海薰（柴崎幸 飾）所託，調查一件不可思議命案。受害人富樫慎二被發現死在河邊，面目指紋盡毀。最大的嫌疑人是他的前妻花岡靖子（松雪泰子 飾），然而靖子卻有著完美的不在場證明。一個人能夠同一時間出現在不同地方嗎？當湯川發現住在靖子隔壁的是當年的大學同學、同為天才的數學家石神哲哉（堤真一 飾）時引起興趣。
畢業後因要照顧父母沒有留校反而去高中教數學、一直生活得很落魄的石神每晚利用公用電話教靖子如何應對警察追查，靖子漸漸感到被束縛，但是由於給出的口供毫無可疑之處，警察決定放棄對靖子的調查，這時湯川卻指出石神是關鍵人物。
案件的真相如何？世界上真有一個人同時出現在兩個地方的事情嗎？本片改編自日本人氣推理小說家東野圭吾06年的直木獎獲獎作品。
東野圭吾，日本著名作家。1958年生於大阪。1985年，以第31屆江戶川亂步獎獲獎作品《放學後》出道，開始揚名立萬。20年作品逾60部，幾乎囊括了日本所有大獎，1998年，《秘密》獲第52屆日本推理作家協會獎，入圍第120屆直木獎；1999年，《白夜行》入圍第122屆直木獎；2001年，《暗戀》入圍第125屆直木獎；2003年，《信》入圍第129屆直木獎。2006年，《嫌疑人X的獻身》終於捧得日本文學最高榮譽直木獎。
《嫌疑人X的獻身》講述了百年一遇的數學天才石神，每天唯一的樂趣，便是去固定的便當店買午餐，只為看一眼在便當店做事的鄰居靖子。
靖子與女兒相依為命，失手殺了前來糾纏的前夫。石神提出由他料理善後。石神設了一個匪夷所思的局，令警方始終只能在外圍敲敲打打，根本無法與案子沾邊。石神究竟使用了什麼手法？
故事從靖子母女失控殺人說起。
被殺者是靖子的前夫，一個十足的混混。遊手好閒、揮霍度日，沒錢的時候向靖子伸手，若是不給，自然少不得一頓狠揍。忍無可忍的靖子與其離婚，為躲避他的糾纏更是幾番搬家。我想平靜度日應該是這對母女最大的心願，但這樣的心願竟也是無法被滿足的。那個混混再一次找上了母女二人。而這一次，憤怒的母女衝動之下將他殺了。坦白說這樣的人被殺我並不同情，我同情的是這對母女必須為此而承擔的後果。在她們驚惶無措之下，隔壁鄰居，一直暗戀著靖子的石神伸出了援手。他用自己過人的天資設了一個局，讓警方無論如何抓不準案子的關鍵。我以為如果沒有湯川，石神的計謀應該是會成功的。但顯然讓有罪之人逍遙法外這樣的情節不會出現在東野圭吾的書裡，哪怕那個罪人多麼值得同情。
我們所知的真相是靖子母女殺了富樫慎二，石神哲哉幫其掩蓋真相。而當故事一步步推進，真相之後的真相被一點點揭開，內心的震撼實難言表。我可以想象一個人會因為愛另一個人而去撒謊、去欺騙、去頂罪甚至去殺人……但我不曾想到的是石神會因為想要幫靖子掩蓋殺人真相而去殺害另一個無辜人……
愛情是什麼？是索取還是付出？而石神的愛情應該像徐志摩說的那樣“不求有結果 ，不求同行，不求曾經擁有，甚至不求你愛我”，因為他說“一個人只要好好活著 就足以拯救某人”。
故事的最後，真相大白於天下，靖子崩潰了，石神也崩潰了。
在《犯罪嫌疑人X的獻身》裡，看到了最醜陋的人性、最無私的奉獻、最深情的愛意以及最絕望的結局。
在小說行將結束的地方，靖子接到學校老師打來的電話，聽到女兒美里割腕自殺的消息，當即心理防線全面崩潰，並覺悟自己照此下去將終生良心不安，最終向警方自首。
將美里的割腕解釋為促使靖子自首的最終推動力，未嘗不可；但是假如說美里的自殺也暗示著靖子內心同樣不可能平靜地享受石神以自身犧牲換來的幸福生活，也就是說，即使沒有湯川學的來訪和美里的自殺，在自己良知的譴責下，靖子也完全可能自行感化、投案自首，那麼，對這部小說的解讀會呈現出另一種面貌，一些被認為枝蔓的細節，也就可以被重新解讀為必不可少了。
石神和這對母女的初次相見，被人認為是畫蛇添足。然而，這一段的語言卻是解讀石神之愛的重要資料。“怎麼會有眼睛如此美麗的母女？”“但是想象母女倆的生活就令人開心，在世界這個座標上，竟有靖子和美里這兩個點，”“星期天最幸福，只要打開窗子，就能聽到她們說話。”“他壓根兒沒有要和她們發生關聯的慾望，他們不是他該觸碰的對象。”在這兩頁的篇幅裡，東野可曾將靖子一人單獨提出來？石神的“愛戀”對象究竟是一個靖子還是那一對母女？
日本文化中有一個重要的主題，那就是守護。在這部小說裡，石神守護的“崇高的東西”，並不是靖子一個人，而是靖子和美里兩個人的幸福。
所以，靖子和美里從來不是可以分開來看待的兩個人，她們有著相同的情感、相同的良知，也就會有相同或者相似的命運。美里的割腕，也就暗示著，即使真相未被湯川學揭露，靖子也將承受不了良知的巨大壓力，走向投案自首的道路。書中P243最後一段似乎是反證：“得知他去自首時，她以為他只是替她們母女頂罪。聽了湯川的敘述，蘊藏在這段文字中的深情，才真正強烈地朝她心頭湧來。”湯川學的敘述確實起著十分重要的作用，但是畢竟只是催化劑，而非必要的化學成分。必要的化學成分已經準備好了，那就是石神的頂罪替死。而催化劑可能是靖子獨處時良心的責問，也可能是反覆閱讀石神最後告白時感動的緩慢積累和猛烈噴發。
從某種意義上來說，美里是另一個靖子，美里在內心的煎熬下選擇了割腕，靖子也就會在良知的逼問下選擇自首。
更進一步說，因為這種情感的因素的存在，石神的騙局從一開始就註定了失敗。這一失敗並不表現為他自己身陷囚牢，因為這恰恰是他騙局中最關鍵的一步。他的失敗是未能保護靖子和美里的幸福。他每一步都算得很好，但是他沒有把靖子和美里的情感算進來，所以，從一開始他的騙局就有致命的缺陷。直到小說的倒數第二頁，一切仍然在石神的掌控之中，即使他的騙局本身被識破，他也能夠利用警察和起訴制度上的固有缺憾實現他的目標——靖子和美里將不會受到起訴，她們的生活將像童話的結尾一樣，從此永遠幸福下去。但是，臨到最後一頁，這個看似完美的佈局卻受到致命的一擊，頃刻間，石神的一切謀劃都灰飛煙滅，而導致這一後果的，正是連本人也無法控制的感情因素——靖子良心上的譴責和對石神之愛的感動。這是東野的高明之處。
也許“只要拋屍就好了”這種指責在尋常的推理小說中可以暢行無阻，另殺一人反而顯得拖沓累贅。但是，感情這一因素的介入，卻讓這種指責寸步難行。石神煞費苦心切斷命案和靖子母女的一切聯繫，就必須製造另一樁命案。這樣的構思不可謂不絕妙。作案時間和殺人現場既是偽造，也非偽造。如果不製造另一具屍體，警察勢必能夠通過各種高科技手段查出死者的實際死亡時間是三月九日。美國那些食之無味的高科技破案片就是明證。石神必須製造另一具屍體，讓一切無懈可擊。他唯一要做的就是混淆身份。兩樁看似稀鬆平常的殺人案，巧妙地混為一談，警察被耍得團團轉，卻始終碰不到一點兒邊。石神分配給靖子母女的任務只是實話實說。這是最輕鬆的任務，對任何演技都沒有要求。
但是石神忽略了最重要的一點：靖子和美里是有感情、有良知的人，不是聽任他操縱的木偶，能夠抱愧一生卻又幸福一生。這又是壓在靖子和美里身上最沉重的任務，不，是不可能完成的任務：在感情和良知的雙重重壓下，美里選擇了割腕，靖子選擇了自首。
另一面，石神卻任憑自己宣洩感情。這個在數學上堪稱百年難遇的天才，在感情上卻是個白痴。他以為不吐露一個愛字，對方就感受不到自己的愛意。試想如果他最終不僅在警察面前，也在靖子和美里面前打扮成一個變態跟蹤狂，或者以其他的方法將他所作的一切歸因於他自私的變態愛戀，靖子和美里還會承受那麼重的壓力嗎？靖子之前就萌生過這樣的念頭：要是逃脫了前夫的糾纏，又落入了石神的魔掌，自己這一生將永無出頭之日。如果石神按照這一思路，把自己塑造成一個自私的殺人狂，他的投案自首，在靖子和美里看來，不啻是徹底的解脫。那時，她們奔向新生活，也就不再有任何良心上的阻礙了。
可是，石神偏偏要寫下那最後的告白，一遍一遍地敲擊靖子那脆弱的情感和良知，以至於“她從未遇到過這麼深的愛情。不，她連這世上有這種深情都一無所知。石神面無表情的背後。竟藏著常人難以理解的愛。”
讓石神構思出這個精美騙局的是他的愛，讓這個騙局徹底破產的也是他的愛。真是成也蕭何，敗也蕭何。
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