新乡黄河湿地鸟类国家级自然保护区
保护区位于新乡市封丘县和长垣县境内，总面积22780公顷。1988年经批准建立省级自然保护区，1996年晋升为国家级，主要保护对象为天鹅、鹤类等珍禽及内陆湿地生态系统。
本区地处我国暖温带向亚热带的过渡区，其地貌特征为广阔的黄河滩涂和背河洼地，是我国中原人口稠密地区的重要天然湿地。区内生境多样，物种丰富，动植物区系成分复杂，是南北方动植物类群交汇处及通道，也是鸟类南北迁徒的主要途径和华北水禽越冬的北界。目前己发现鸟类有161种，其中国家重点保护的珍稀鸟类有白鹳、白头鹤、白鹤、大鸨、天鹅、灰鹤等39种，列入中--日、中--澳候鸟保护协定的候鸟有80余种。区内有陈桥、青龙湖、大留寺等旅游景区。
黄河湿地国家级自然保护区
保护区是以保护湿地生态系统和湿地水禽为主的自然保护区。保护区在河南省原有的3个省级保护区和2个国有林场的基础上组建而成，于2003年6月批准设立。保护区横跨三门峡、洛阳、济源、焦作四市，面积6.8万公顷。其中保护区三门峡段总面积2.85万公顷，占整个保护区面积的42%。
保护区内有植物743种，动物934种，其中鸟类242种、兽类22种、昆虫437种、鱼类63种、爬行类17种、两栖类10种、其它动物143种。属国家一级重点保护的动物有黑鹳等10种，属于“中日”、“中澳”候鸟保护协定的鸟类有105种。
白天鹅是保护区三门峡段的主要保护物种。从90年代以前的几十只、几百只，增加到现在的上万只，蔚为壮观，三门峡因此被誉为“天鹅之城”。
小秦岭国家级自然保护区
保护区（三门峡河西林场）位于灵宝市西部，总面积15160公顷，森林覆盖率74.5%，活立木蓄积量85.9万立方米。2006年2月，经国务院批准，建立河南小秦岭国家级自然保护区，属于森林生态类型保护区。
保护区内动植物资源丰富。本区有国家级重点保护植物13种，其中国家Ⅰ级保护植物2种，银杏和红豆杉。分布于本区的国家重点保护鸟类有19种，其中Ⅰ级保护鸟类2种，即金雕、黑鹳。属于国家重点保护兽类有7种，其中Ⅰ级保护动物2种，即豹和林麝。
本区大的气候环境基本保持了比较湿润、温暖的条件，因而保留了许多第三纪植物区系成分，使本区植物区系在起源上具有一定的古老性。本区植物群落垂直带谱清晰，植物替代明显。该区是研究过渡地区森林生态系统垂直分布的理想场所。
南阳恐龙蛋化石群国家级自然保护区
保护区分布于南阳市伏牛山南麓的西峡、内乡、淅川、镇平县境内。自然保护区面积达78015公顷，主要保护对象为恐龙蛋化石，保护区范围内恐龙蛋化石有8科12属25种。
该保护区具有很高的生物多样性及物种和生境的稀有性、典型性与代表性，在保持水土、调节气候、维持生态系统良性循环方面具有重要的保护价值，尤其是恐龙蛋化石群的保护性开发，对于研究古代生态结构、古生物进化、探索自然资源持续利用方面，具有极其重要的价值。
南阳恐龙蛋化石群是目前中国境内面积最大、数量最多、种类最全的恐龙蛋化石群，同时南阳恐龙蛋化石群也是中国发现年代最早的恐龙蛋化石群，时代大约为中生代白垩纪早期，因此被称为“世界第九大奇迹”。
伏牛山国家级自然保护区
1982年经省人民政府批准在伏牛山国有嵩县五马寺林场、栾川老君山林场、鲁山林场、南召乔端林场、西峡黄石庵林场的基础上建立了嵩县龙池漫、栾川老君山、鲁山石人山、南召宝天曼、西峡老界岭5个省级自然保护区。1997年12月经国务院批准将上述5个自然保护区合并为一体，并将南召乔端林场、内乡万沟林场、西峡黄石庵林场、嵩县五马寺林场的部分林区划入在内，建立河南伏牛山国家级自然保护区，总面积5.6万公顷，主要保护森林生态系统和野生动植物。
区内维管束植物共有175科，892属，2879种，其中国家保护植物31种；共有陆生脊椎动物320种，其中两栖类14种、爬行类31种、鸟类213种、兽类62种。全区共有国家重点保护脊椎动物49种，其中一级保护7种。
宝天曼国家级自然保护区
保护区是我国中部地区保存最为完好的过渡带森林生态系统，也是河南省生物多样性最为丰富的地区之一。既是世界生物圈保护区，也是林业示范自然保护区，被《中国生物多样性保护行动计划》列为国际生物多样性保护的热点地区。
宝天曼自然保护区不仅是野生动植物的天然物种基因库，也是开展科学研究、生态监测、环境教育、教学实习和生态旅游的理想场所。自然保护区茂密的森林、丰富的生物物种、复杂的群落结构，对发挥森林生态系统的服务功能，促进人与自然和谐也具有重要意义。
宝天曼面积绵延辽阔，又名“满天宝”。1980年4 月，河南省人民政府批准建立宝天曼自然保护区，这也是河南省建立的第一个自然保护区；1988年5月国务院批准宝天曼为国家级自然保护区。
丹江口湿地国家级自然保护区
保护区位于南阳市淅川县境内，地处鄂、豫、陕三省交界处。保护区总面积64027公顷，其中陆地面积31458公顷，水域32969公顷，是中国南水北调中线工程的核心水源地，以湿地水生和陆栖野生生物及其生境共同形成的次生内陆河口湿地生态系统为保护对象。保护区原为省级，2007年4月经国务院批准晋升为国家级。
保护区内有中国一级保护动物如白鹤、朱鹮等，二级保护动物如大天鹅、鸳鸯、隼、锦鸡等，国家二级保护植物如香果树、杜仲、银杏等。保护区的兴建，在保护物种资源、维持生态系统良性循环等方面将产生重要作用。
鸡公山国家级自然保护区
鸡公山位于信阳市境内，是中国四大避暑胜地之一，也是新中国第一批对外开放的全国八大景区之一，第一批列入全国44个国家级重点风景名胜区之一。鸡公山是国家级自然保护区，面积2917公顷，山水相连，为亚热带向南温带的过渡地段，地处中国南北的分水岭，主要保护对象为亚热带森林植被过渡类型及珍稀野生动植物。区内森林茂密、生物资源丰富，有国家重点保护动植物大鲵、长尾雉、香果树等，是河南农林、师范、医药等高校教学和科研基地。
鸡公山有“青分豫楚、襟扼三江”之美誉，“佛光、云海、雾凇、雨淞、霞光、异国花草、奇峰怪石、瀑布流泉”被称为八大自然景观，山上有清末民初不同国别和风格的建筑群，有“万国建筑博物馆”之美称，是中国历史上第一个公共租界。
董寨国家级自然保护区
保护区位于豫鄂两省交界的大别山北麓。2001年6月，董寨国家级自然保护区经国务院批准成立，总面积4.68万公顷，区内分布有植物1879种，兽类37种，两栖爬行类44种，鸟类237种，其中国家重点保护鸟类39种，列入中日候鸟保护协定名录的有95种，被誉为“鸟类乐园”，是一个集自然保护、生态旅游、鸟类观赏、科学考察、教学实习、休闲娱乐、避暑疗养于一体多功能综合性的自然保护区。
有6大景区，72洞天，108景点，以其“山秀、寺古、石奇、洞幽、水美、物华”而享誉海内外。坐落在灵山脚下的灵山寺是中原四大古寺之一，佛教历史源远流长，文化内涵博大精深。千百年来，以“庙门东开、僧尼同寺、带发修行”在宗教界独树一帜，被誉为“灵山三奇”。灵山与鸡公山、南湾湖构成了信阳旅游的“金三角”，灵山已成为豫鄂皖旅游热点。
连康山国家级自然保护区
保护区位于信阳市新县境内，地处大别山北麓鄂豫两省交汇处。总面积10580公顷，是以国家二级重点保护野生动物——白冠长尾雉及其栖息地和北亚热带森林生态系统为主要保护对象的野生动物类型自然保护区。
连康山又名莲塘山，原始森林遮天蔽日，人文古迹遍地可见。《光山县志》记载，三国青年连康反抗朝廷暴政在此占山为王，保存了众多人文景观景点。
连康河绵延20余公里，发源于莽莽林海之中，水质甘甜醇厚，富含多种矿物质微量元素，为一类饮用水标准。河谷盘折通幽形成落差100余米的峡谷，上游奇峰突起，怪石参差，下游一段峡谷成“U”形，常绿阔叶林高达数十长，郁郁葱葱，如一只天鹅伸开双翅抱住鹅蛋，有“天鹅抱蛋”之称。
太行山猕猴国家级自然保护区
保护区位于河南省北部太行山南端，横跨河南省济源、焦作、新乡三个地市，1998年经国务院批准为国家级自然保护区，是华北地区面积最大的野生动物类型自然保护区，不仅拥有丰富的动植物资源，保存着较为完整的天然次生植被和原生植物群落，是世界猕猴类群分布的最北界，为新定名的华北亚种，为中国所特有。
保护区总面积56600公顷，属野生动物类型自然保护区，主要保护对象为野生猕猴种群及其生境。区内有云台山、王屋山、八里沟、五龙口、白松岭等著名风景旅游区。
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