哥白尼在1506～1515年間已經寫成“太陽中心學說”的提綱——《試論天體運行的假設》，提出太陽中心學說，可是《天體運行論》一書卻直到1543年他臨終時才出版。他在《天體運行論》一書的“序言”裡提到這種情況時說：“在漫長的時光裡，我遲疑不決。”
哥白尼延遲出版的主要原因就在於他害怕教會的迫害。他親眼看到宗教裁判官對違反教綱者的鎮壓，許多人都被抓起來燒死。宗教裁判頻頻上演。哥白尼也經常受到威脅。
羅馬教廷對哥白尼的學說也很擔心。雖然他的日心說現在看並不科學，但在當時已經是大逆不道的言論。而他書中提到的原子學說更是對唯心論的打擊和對上帝造人一說的威脅。
教皇在聽過“太陽中心學說”的基本原理以後。對哥白尼學說的內容大為震驚，並想辦法把哥白尼的手稿控制起來。當教會索取手稿時，哥白尼拒絕此要求。
1539年春天，一個青年學者拜哥白尼為師。他就是德國數學教授列提克，後來成為哥白尼唯一的門徒。在學生的鼓勵下，他們一起修訂原槁，準備出版。同時也得到社會各界的支持。
最後，積勞成疾的哥白尼將他幾十年來心血交給他的朋友出版，後經多次易手，竟然被教會手下掌握，並利用出版之際竄改了原稿。
由於哥白尼當時還有一定的影響力，他們不敢斷然停止出版引發更多矛盾，所以就利用哥白尼此時已經病入膏肓的無力監管的機會將原序替換，偽序宣稱“日心說”不過是一種臆想並無根據，同時刪掉了原子說的理論。
1543年5月24日，當這部書印製完成送到哥白尼手中時，哥白尼已危在旦夕。他根本無力去翻閱此書發現問題，一小時後便與世長辭。
然而真相不容扭曲，19世紀中葉，哥白尼的原稿才意外地在布拉格一傢俬人圖書館裡被發現。於是在1873年，出版了增補哥白尼原序的新版本。1953年，又補足了原有的原子說章節，而這時離哥白尼逝世已經過去了410年。
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