1944年初，太平洋戰場的戰略優勢已經全面倒向美軍了，日軍非但不承認失敗，反而開始大肆擴軍，希望用幾場關鍵性的勝利一舉扭轉頹勢。8月，日軍開始在菲律賓擴軍，第14軍擴編為第14方面軍，除了9個滿編的師團和3個旅共計23萬人外，日軍高層還將剩餘的較有戰鬥力的海軍部隊悉數調集到該地區。在一番調整後，整片地區的日軍部隊總數突破50萬，當然，這只是賬面實力，其實真正有戰鬥力的僅僅佔其中一部分。
這也算得上是二戰日軍最後一支比較成規模的部隊了，高層經過一番考慮，最終將這支部隊的統帥權交給了山下奉文。美軍方面的應對工作也做得相當充分，1944年10月20日，麥克阿瑟兌現了他的諾言，帶著規模龐大的艦隊重新回到了菲律賓，而美軍進攻的突破口便是萊特島。萊特島戰役分為陸戰和海戰，萊特島海戰相當有名，“大和”號的姊妹艦“武藏”號慘遭擊沉，相比之下顯得默默無聞的陸戰卻更加慘烈。
萊特島海戰後，日軍喪失制海權，萊特島上的第16師團也陷入潰敗，倉皇撤出。但高層卻計劃通過一系列出其不意的進攻，重新奪回主動。為此，日軍制定了一套險中求勝的策略：他們計劃利用颱風季節的惡劣天氣，偷偷往萊特島上增兵，然後對美軍發動突襲，一舉將對方擊潰。計劃聽起來很完美，但這份計劃執行不久，萊特島就成了日軍的地獄。
起初，日軍的計劃還是有一定效果的，惡劣天氣確實讓 美軍放鬆警惕，當萊特島的日軍總數達到7萬時，美軍居然還不知情。但人算不如天算，11月中旬，颱風季節突然停止，天氣轉晴，美軍又無意間破獲了日軍密碼，發現了日軍一系列軍事活動，立刻推測出了日軍的意圖。緊接著，美軍在第一時間出動347架飛機，對萊特島南部地區展開了夜以繼日的狂轟濫炸，最終，這7萬日軍幾乎全軍覆沒，因為慌亂而衝進海中淹死的就不下1萬人，精銳的第一師團只活下來743人。
眼看奪回萊特島是沒有可能了，日軍又將目標轉定為呂宋島。美軍這次直接沒有給日軍任何機會，出動各類艦艇超過850艘，將呂宋島團團包圍。島上日軍本身就缺少補給，被美軍打擊後迅速陷入潰敗。然而日軍高層卻不準該島守軍投降，無奈之下，日軍部隊智能化整為零，藏入叢林中與美軍周旋。
在熱帶雨林中，首先向日軍發難的是各類熱帶疾病。在很短的時間內，因為患革登熱和爛腳病而身亡的日軍士兵就數以百計，隨後，一種叫“迴歸熱”的疾病開始蔓延。這種病非常有趣，患者最初會高燒數天，然後突然好轉，接著又開始發燒，如此循環往復，週期卻不斷縮短。患病的日軍士兵根本沒得救，他們只能在絕望中等死。
在疾病肆虐的同時，飢餓也在摧殘著日軍。他們幾乎吃遍了島上所有能吃的東西，首先是野果和野生動物，其次是各類昆蟲，最終連樹皮都被啃光後，不少日軍士兵被迫吞食泥土。後來，飢餓剝奪了日軍士兵的人性，他們開始殘害戰友為食。曾有幾名飢腸轆轆的士兵被一名日軍軍官打罵，到了深夜，這幾名士兵偷襲了長官，並將長官當成了一頓美餐。一名叫做荻原長一的日軍士兵就在回憶中提到，他不但目睹戰友們從其他戰友大腿骨上剃下肉，他還親口品嚐過，“有種奇特的香味”。
日軍在菲律賓戰役中傾注了最後的精銳力量，有超過50萬軍隊作戰。這其中有個很有趣的說法：日軍的慘敗，陸軍完全是被海軍坑了，因為海軍謊稱全殲了美軍艦隊，大本營頭腦一熱，才讓方方面面處於劣勢的陸軍發動反擊。根據《日本陸海軍事典》統計，此役日本陸軍陣亡36.87萬人，海軍陣亡11.79萬人，加上民兵等其他武裝，損失人數超過50萬人，美軍傷亡最多不到3萬。放眼整個二戰，日軍都很少打如此大規模的戰役，更別說吃這麼大的虧了。值得一提的是，被美軍用槍炮消滅的日軍，只佔這個數字很小的一部分，大多數人都是在飢餓和疾病中等死，或是死在自相殘殺中，這樣的過程實在是太過驚悚了。
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