在進行統一女真的過程中，為了更好地把民眾組織起來提高戰鬥力，並便於管理，努爾哈赤建立了八旗制度。
滿洲舊俗，凡出獵行圍，不論人之多寡，照依旗寨而行，每人各出箭一支，十人中立一總領，管率九人而行，各照方向不許錯亂，此總領呼為牛錄額真。牛錄，漢語是大箭的意思，額真是主的意思。可見牛錄額真是出師行獵的臨時性的十人之長。努爾哈赤起兵以後,歸順的人日益增多，但還沒有統一的組織，於是就將上述舊有的制度加以改造，於1601年(明萬曆二十九年)把原來的十人為一單位擴大成三百人為一單位，稱牛錄，立一牛錄額真(後來叫佐領)，旗分黃、白、紅、藍四色。到1615年(萬曆四十三年),努爾哈赤的勢力更為壯大，就確立了八旗制度，每三百丁立一牛錄額真，五牛錄為一甲喇，設甲喇額真(後之參領)，五甲喇為一固山，設一固山額真(後之都統)，固山額真左右置梅勒額真(即後來的副都統)，將原來旗幟的周圍鑲上一道邊(黃、白、藍三色旗鑲紅邊，紅色旗鑲白邊)，從而形成八種不同的旗幟。不鑲紅邊的黃色旗稱為整黃旗，就是整幅的黃旗,簡稱正黃旗;鑲紅邊的黃色旗稱鑲邊黃旗，簡稱鑲黃旗，俗稱廂黃旗。其他三色也一樣,合起來稱為八旗。
八旗制是滿族“以旗統人，即以旗統兵“的兵民一體，軍政合一的社會組織形式，這種制度將滿族全部人口都編入了八旗之內。牛錄是最基層的單位，而固山則是戶口編制的最大單位。以後即使人口增加了也不添旗，基層單位也不變動；為適應變化的情況，只將中間單位——甲喇(即參領)的數目加以調整。每旗的參領數目可以增加到八、九、十個。旗民在各級額真統轄下，“出則備戰，入則務農”，平時耕獵為民，戰則披甲當兵。每個滿族壯丁都有出征作戰的義務。
這時，滿族對義務的負擔和權利的分配都以八旗為單位。凡有任務就由八個單位(旗)分擔，八旗再分別往所屬的參領分派，最後則落在最基層單位——牛錄(佐領)之上。從要人、要馬、要錢乃至要人參和狐皮，都是平均負擔。所以史稱“凡有雜物收合之用，戰鬥力役之事,奴酋(努爾哈赤)令於八將(八旗主)，八將令於所屬柳累將(牛錄)，柳累將令於所屬軍卒，令出不少遲緩”,一切權利也按八旗平分。土地按八旗平分,搶來的人口、錢財和牲畜同樣要按八份分。這種平均分配的辦法是滿洲歷來的習慣。
八旗制度是在氏族聯盟制殘餘的基礎上發展起來的一種制度。努爾哈赤是高踞於八旗之上的最高統治者，而八旗的旗主都是由努爾哈赤的子侄及孫輩等宗室貴族擔任。從努爾哈赤到旗主、參領以至佐領、一般民眾，形成了階梯式的等級統治，所以這是具有封建性質的一種政治制度，同時還有氏族殘餘和畜奴成分。
八旗制度把換散的女真各部聯結起來，形成一個組織嚴密的社會整體、這不但鞏固了女真統一事業的成果，而且還消除了各部之間的差異，促進了滿族的行成。廣大滿族民眾統一在八旗之下進行生產和戰事，發展了社會經濟，增強了軍隊戰鬥力，為建立後金政權奠定了基礎。
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