申繼亮表示，教育部一直很重視歷史教育，“隨著中華文明探源工程研究成果的發佈、發表，我們也在積極對接，把這些新的成果及時反映到教科書裡面。”並指出，現在初中歷史教科書對照文明探源工程的成果修改方案已經確定，基本內容也基本確定下來了，主要是三個方面：
一是根據工程新成果，增補了一些知識。比如像石峁文化、屈家嶺文化、寶墩遺址等，這些過去教科書裡是沒有的，將補充到教科書裡。
二是根據工程新成果，在原有的表述中又進一步細化。如良渚遺址中發現的大型水壩、古城遺址。
三是根據工程新成果，更新教科書裡的一些圖表。原來有一些遺址圖裡沒有，現在做了修改補充，有些照片採用新的考古照片。初中教科書已經修完了，高中歷史必修教科書關於中國史這部分也編完了，也對照研究成果進行了充實。高校《考古學概論》教材也做了適當的調整。
"歷史學科對學生進行愛國主義教育、培養民族自尊、增強文化自信都是非常重要的。"申繼亮強調，“歷史教科書的編寫也一直努力遵循這樣一個原則，不斷地充實更新歷史考古和研究成果。”並強調，“經過修改，我們希望能使學生更加充分的認識到早期農耕文明對中華文明起源的重要作用，”申繼亮強調，“也讓學生認識到中華文明起源和發展具有多元一體的特徵。”
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