首先要說明的是，農信社和農業銀行雖然都是金融機構，但他們的區別還是很大的，一個是“社”，一個是“行”。
1、組織機構
農村信用合作社(規模較大的可改製為農商行)是指經中國人民銀行批准設立、由社員入股組成、實行民主管理、主要為社員提供金融服務的農村合作金融機構，其前身是央行在農村的網點。農信社原來是隸屬於農業銀行管轄的，其國內的歷史最早能追溯到建國之前，國際上最早能追溯到1849年的德國。
直到1996年8月，國務院頒發《關於農村金融體制改革的決定》，明確農村信用社與中國農業銀行脫離行政隸屬關係，對其業務管理和金融監管分別由縣聯社和中國人民銀行承擔，然後按合作制原則加以規範。
農信社雖然也是銀行類金融機構，但是它是基於合作制的基礎上，吸收股份制運作機制組成的股份合作制的社區性地方金融機構，其業務經營是在民主選舉的基礎上由社員指定人員管理經營，並對社員負責。
農業銀行是按照公司治理形式組建的股份制企業，也是四大國有獨資商業銀行之一，是中國金融體系的重要組成部分。農業銀行的前身最早可追溯至1951年成立的農業合作銀行。
2、經營模式
很明顯，銀行這種事屬於典型的躺著賺錢的機構，而農信社系統雖然也賺不少，但其更多的負擔著支持農村發展的重任。
但農信社與農業銀行的級別也不是一個量級的。農信社原先是各社法人，後來變成縣聯社法人，接著又成立省聯社管理全省的農信社、農合銀行、農商銀行，因此可以算是縣聯社的上級機構，一般來說為正廳級機構，如果是這樣的話，那麼農信社差不多就是副廳級。而目前五大國有行包括三大政策行，都屬於副部級機構。
另外，農信社只有規模達到一定程度，資本充足率、不良貸款率和呆賬準備充足率等指標都符合農村商業銀行的標準，報中國銀監局審批，同意後，才能進行籌建改制掛牌成為農村商業銀行。
不過，農信社全面改組成農商行是大趨勢。因為地方政府無法通過股權控制農商行（國有企業成分不可超過10％、政府和融資平臺不得入股），在法人股東比例上升的情況下（縣域農商行法人股比例超過35％，市區農商行法人股比例超過50％），其控制力會不斷削弱。
就具體業務來說，農業銀行是具有信用創造功能、能向客戶提供多種金融服務的綜合性金融機構，而農信社功能比較單一，主要資金來源是合作社成員繳納的股金、留存的公積金和吸收的存款；貨款主要用於解決其成員的資金需求。
3、資產規模
別小看農信社，其網點比最多的郵儲銀行還多。論資產規模的話，如果算上整個農信系統，其資產規模比宇宙行，工商銀行還多。官方發佈的2015年度農村合作金融機構（包括農村信用社、農村合作銀行、農商銀行，下同） 共享數據顯示，截至2015年末，農村合作金融機構總資產25.81萬億元，而同期工商銀行2015年年報顯示其總資產為22.21萬億。
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